（巫师3是开放世界游戏，不同于巫师1、2，没有章节的限制。不过由于剧情之间的段落还是比较明显的，而且主线任务都有推荐等级，所以还是能人为分出剧情章节的。）
众里寻她，蓦然回首（白果园）
随着尼弗迦德军队的入侵，北方已被战火点燃。循着丁香与醋栗之味，杰洛特和维瑟米尔在战火的余烬中搜寻着叶奈法的踪迹。
在家园一般的凯尔·莫罕，杰洛特和爱人一般的叶奈法、女儿一般的希里、兄弟一般的艾斯凯尔和兰伯特，还有父亲一般的维瑟米尔一起生活着。希里听厌了维瑟米尔的教导，独自去练剑了。之后大家一起聚在中庭练剑，就在杰洛特转身的瞬间，狂猎过境了……
这一切都是虚幻的梦，杰洛特和维瑟米尔还在寻找叶奈法的途中，杰洛特收到过一封来自叶奈法的信，根据信中约定的地点，杰洛特和维瑟米尔来到了维吉玛附近的白果园。二人发现一只狮鹫正在袭击马车，救下了车夫，但狮鹫还是飞走了。车夫听说杰洛特正在找人，于是推荐去他亲戚开的旅店打听消息。白果园原本就在维吉玛附近，但如今已经在尼弗迦德的控制之下，老板娘也只能取下了泰莫利亚银百合的盾徽。另一方面，拉多维德借口整合北方的军事力量，实际上吞并了泰莫利亚和亚甸等国的土地。
杰洛特在旅店和村庄附近打听叶奈法的消息，途中还遇到一个来自奥森福特的学者介绍了一种名为昆特牌的游戏。旅店中一个外号镜子大师名叫刚特·欧迪姆的人告诉杰洛特，曾在尼弗迦德的军营中见过叶奈法。
尼弗迦德的军营队长不想再看见平民和麾下的士兵被害，让杰洛特去消灭狮鹫，事成之后会透露叶奈法的行踪。杰洛特和维瑟米尔设下陷阱引来了狮鹫，经过一番搏斗最终将狮鹫杀死。再回去找尼弗迦德军营队长，却发现他露出本性，对待村民不再友善。至于叶奈法，他只是说叶奈法就在维吉玛。
杰洛特和维瑟米尔在旅店汇合，准备买些食物然后动身去往维吉玛。一群泰莫利亚爱国分子也在旅店中，维瑟米尔看出气氛不对劲想要离开，但这时一个爱国的女性质问老板娘为什么撤下了银百合盾徽，然后殴打了老板娘。维瑟米尔想要帮老板娘，但酒过三巡的爱国分子们围了上来，杰洛特和维瑟米尔也只能血溅当场。看到这种情况，那个女性害怕地逃跑了，而老板娘也请求两个狩魔猎人赶快离开。
杰洛特和维瑟米尔离开旅店就被尼弗迦德的士兵包围，而带领他们的却是杰洛特一直在寻找的叶奈法。杰洛特想象过无数种重逢的场景，可如今叶奈法却带着尼弗迦德的士兵主动找了过来，这一切都是如此突然，如此不真实。叶奈法让杰洛特赶快和她去往维吉玛，因为尼弗迦德的恩希尔大帝，人称“在敌人坟上起舞的白焰”正在等着他。维瑟米尔要回凯尔·莫罕过冬了，这也为了防止尼弗迦德在进军时发现凯尔·莫罕的位置。在去往维吉玛的途中，杰洛特和叶奈法一行人遭遇了狂猎，尼弗迦德的士兵们被狂猎所杀，最终叶奈法用魔法炸断了桥梁才摆脱了狂猎。
一天以后，杰洛特来到了维吉玛的王室城堡内，在洗漱修面时见到了帝国将军，莫尔凡·符里斯。（没有导入巫师2存档的玩家可以通过莫尔凡·符里斯在这里向杰洛特确认的情况来模拟巫师2中的选择。其中有亚历安的生死，第一章最后选择罗契线还是伊欧菲斯线，第三章时选择拯救特莉丝还是另一个选择，席儿的生死，雷索的生死。）虽然是在维吉玛。但如今坐在杰洛特面前的不再是弗尔泰斯特，而是恩希尔了。恩希尔直接说明，他的亲生女儿希里已经重新出现，找杰洛特来也是让杰洛特找回希里，具体情况会让叶奈法和杰洛特说明。
莫尔凡·符里斯，在系列小说中他成为了下一任尼弗迦德皇帝
（恩希尔的父亲曾是尼弗迦德的皇帝，但后来被篡位者杀死，恩希尔也被施以诅咒变成了半人半刺猬的怪物。一次机缘巧合下，恩希尔救助了当时辛特拉王国的国王，并要求意外率作为报酬。所谓意外率，就是用一个自己拥有但却不自知的东西作为报酬。而国王不知道的是当时卡瑟兰王后已经怀有身孕。多年后他们的女儿帕薇塔长大成人，卡瑟兰大摆宴会邀请帕薇塔的追求者。杰洛特和丹德里恩当时也在现场。宴会中恩希尔突然闯入，他和帕薇塔已经多次幽会，有了感情，要来迎娶帕薇塔。卡瑟兰不肯，但帕薇塔身上流有上古之血，在宴会上爆发出了强大的魔力。好在杰洛特和史凯利杰群岛的德鲁伊尔米亚一起平息了魔法，还解除了恩希尔身上的诅咒，让卡瑟兰最终同意二人在一起。杰洛特也要求意外率作为回报，但大家都不知道的是帕薇塔此时也有了恩希尔的孩子。这个继承了母亲上古之血的孩子就是希里。多年后一家三人在海上遭遇了风暴，帕薇塔离奇死亡，恩希尔后来回到尼弗迦德击败篡位者成为皇帝，而希里被保护在了史凯利杰群岛。恩希尔上台后对北方诸国发动了战争，辛特拉就是第一个被征服的国家，那时卡瑟兰殉国，而希里在经历重重困难之后终于和杰洛特相见。）
希里雅·菲奥娜·爱伦·瑞雅伦
叶奈法把希里看作自己的女儿，所以才会和尼弗迦德联手，同样杰洛特也无法拒绝恩希尔找回希里的要求。希里曾在威伦和诺维格瑞被目击，帝国的密探会在威伦等待杰洛特，而特莉丝现在就住在诺维格瑞，杰洛特可以寻求她的帮助。叶奈法将会去往史凯利杰群岛，据说最近发生过一场魔法爆炸，可能和希里有关。叶奈法迟迟不与杰洛特联系，也是因为吃特莉丝的醋。
战火寒风，深林泥沼（威伦）
威伦是位于泰莫利亚北部的地区，南边沼泽密布，北方紧邻诺维格瑞。杰洛特虽然找到了密探所住的村落，但由于一天前狂猎曾经到来，密探已经死去，不过还是从密探的笔记中找到了有用的信息，笔记中提到了血腥男爵和女巫。
杰洛特通过当地人找到了被称为女巫的人，她正是前泰莫利亚的王室顾问女术士凯拉·梅兹。现在拉多维德掀起了女巫狩猎运动，凯拉作为女术士集会所的一员也迫不得已来到威伦躲藏。凯拉并没有见到希里，但曾经有一个神秘的精灵法师向凯拉问起过希里的事情，并约定带希里到一处精灵遗迹见面。杰洛特和凯拉来到了洞穴，但狂猎已经抢先一步赶到，两人通过神秘精灵留下的口信找到传送门，而神秘精灵留给希里最后的提醒是当心沼泽中的老巫妪。据凯拉说，威伦沼泽地带的人们信仰神秘的林中夫人，认为她们是威伦的守护神，可能就是神秘精灵说的老巫妪。
神秘精灵曾答应给凯拉一个魔法灯，虽然神秘精灵已经离开，不过凯拉还是在洞穴中找到了那个魔法灯。通过魔法灯可以听见亡者的回响，凯拉让杰洛特带着魔法灯前往被诅咒的费克岛上的塔楼，了解诅咒的真相。岛上有一个特殊的鬼魂名叫安娜贝，她是岛上领主的女儿。据她说，当时农民们上岛向领主讨要粮食，但后来农民直接杀死了领主一家抢走了财宝。安娜贝通过在塔楼上研究卡特利欧纳瘟疫的法师亚历山大拿到了一瓶假死药水，在农民们企图侵害她时喝了下去。之后安娜贝醒来，暴民们也已经散去，可是她还没有恢复知觉就被做实验用的老鼠活活啃死。杰洛特看出安娜贝已经成为瘟疫妖女，当时她深爱的渔夫葛拉汉也在场，但他不知道安娜贝是假死，于是愤怒地诅咒了费克岛，岛上的魔法能量使得诅咒生效。杰洛特把葛拉汉带到了塔上，葛拉汉吻向了瘟疫妖女，这真爱之吻夺走了葛拉汉的生命，但也使得诅咒解除，安娜贝也知道葛拉汉没有抛弃自己而安息。（玩家也可选择将安娜贝的遗骨带给葛拉汉祭拜，但瘟疫妖女会得以自由并杀死葛拉汉。这部分剧情和主线剧情关系不大，但由于会延伸出后续凯拉的命运，所以要提一嘴。）不过对于凯拉来说，最重要的还是得知了塔上的法师亚历山大当时在研究瘟疫。之后凯拉邀请杰洛特参加她的宴会，她向商人订购了红酒香料和美食，又将小白鼠变成两匹白马。威伦的环境并不优美，但不妨碍两人在林间驰骋，最后到达了烛光晚餐举办的地点。吃过晚餐后两人又在林中捉迷藏并且激情互动。但事后凯拉用法术让杰洛特睡着了，第二天早晨凯拉已经不在身边，杰洛特知道她一定是去费克岛了。凯拉已经受够了威伦的乡村生活，她企图通过亚历山大的笔记找到破解瘟疫的方法，期待得到拉多维德的赦免。但杰洛特知道拉多维德对女术士毫无宽恕之情，建议凯拉去往凯尔·莫罕。（基于玩家的选择，也可能会杀死凯拉。或者放任凯拉去找拉多维德，但拉多维德最后还是会处死凯拉。）
密探提及的血腥男爵本来是泰莫利亚的军人，后来趁着威伦的局势混乱，带领部下和逃兵占据乌鸦窝成了山大王。男爵早知道杰洛特会为了找希里而来，男爵自己的妻女在前段时间也失踪了，他让杰洛特帮忙找到她们，然后把希里故事说给杰洛特听。
杰洛特搜索男爵妻子安娜的房间，发现失踪前有打斗的痕迹，最后找到一个护身符。安娜的护身符是由一个巫医做制作的，巫医从预兆中看见一个非生也非死的孩子，他告诉杰洛特这个孩子就是安娜流产的女儿，但没有得到妥善的安葬已经成为了尸婴，想要找到妻子安娜和女儿塔玛菈必须解除尸婴的诅咒，或者用尸婴的血来占卜。回到乌鸦窝，男爵醉酒后又放火烧了自己的马厩，好在杰洛特及时赶到让男爵清醒了过来。男爵也承认自己确实经常殴打安娜，那天他喝得烂醉又和安娜起了冲突，酒醒后妻子和女儿都已离开，只留下了死胎，男爵也没有多想就匆匆将其埋葬了。杰洛特和男爵按照狩魔猎人的方法给尸婴取名为蒂雅，再把她埋葬在自家的门槛下，将其变成了家事妖精。变成了家事妖精的蒂雅一路带着杰洛特来到一处农家，农家受过塔玛菈的帮助，答应帮母女俩逃离男爵，但接应的时候安娜被怪物袭击，消失在了森林中，而塔玛菈现在去往了奥森福特。（玩家也可选择杀死尸婴，让巫医用她的血来占卜，对后续剧情没有影响。）杰洛特在瑞达尼亚的城市奥森福特找到了塔玛菈，她现在也确实没有再回到男爵身边的意思，来到奥森福特后她结识了永恒之火教派的女巫猎人，准备联合他们找到安娜。
杰洛特深入沼泽，发现了一个小聚落，这里没有别人只有一个中老年的奶奶带着一群战争孤儿生活。奶奶并不欢迎杰洛特，但孩子们说有个叫强尼的男孩住在森林里而奶奶却说强尼并不存在。孩子们口中的强尼其实是一只小地灵。杰洛特通过强尼说服奶奶带他去见了老巫妪。房间中只看见一副挂毯，上面织着三个年轻的女性，奶奶触碰挂毯就被附体，杰洛特向他们问起了希里的踪迹，而附身于奶奶的声音让他去消灭盘踞在附近的邪恶力量。杰洛特从附近村落的长老口中得知，山丘中总是能听见离奇的低语，而村民们都认为最近发生的倒霉事都是那个邪恶力量作祟。山洞中果然存在着一个被根须束缚的难以名状的血肉之物。它自称被老巫妪关押在这里，她们才是威伦真正的邪恶，而它能从老巫妪那里救出孤儿们。玩家可以选择按照约定杀死这个邪恶存在，或者帮它逃出老巫妪的束缚，这个选择将对后续剧情产生重大影响。无论怎么选，它都会离开呢喃山丘，而长老则按照老巫妪的规矩，切下了自己的一只耳朵交给杰洛特。杰洛特回去，只见三个腐臭、扭曲、溃烂的生物从屋中走出，那正是老巫妪织婆、煮婆、呢喃婆。她们用奶奶手掌上的印记控制着她，而这印记，和农家所描述的安娜手掌上的印记一模一样。老巫妪们按约定说起了希里的事情：那时希里刚到威伦，被老巫妪捡到。虽然忌惮狂猎伊勒瑞斯，但她们还是抵不住上古之血的诱惑想要吃掉希里。好在希里暗中听到，用自己的闪现能力逃出了老巫妪和伊勒瑞斯的魔掌。得知老巫妪想要吃了希里，杰洛特恨不得杀了她们，但她们很快就消失在了迷雾之中。
沼泽中的奶奶也就是男爵的妻子，安娜·斯特伦格
林中夫人的挂毯，真身就不给大家看了
杰洛特把塔玛菈和安娜的事告诉给了男爵，当时安娜不想再怀上男爵的孩子，于是求助于老巫妪，但代价是成为老巫妪的奴仆，供她们吸取生命，所以逃跑时会被袭击带去沼泽中。男爵也继续讲他和安娜的故事：他们两人在战场上一见钟情，但连年征战让男爵很难顾家，安娜和别的男人搞到了一起。有一次安娜直接带着塔玛菈投奔情人，男爵找到他们后直接杀死了安娜的情人。此后安娜就不断地激怒男爵，男爵被酒精冲昏头脑时也会动手打安娜，两人冤冤相报。男爵按照约定根据杰洛特调查安娜和塔玛菈的进度把希里的故事逐步说完：希里在林中救下了被狼群袭击的小女孩，并且发现附近有狼人伤人，最后杀死了狼人，救下了村民。村民把两人带到了乌鸦窝，男爵热情款待了希里，小女孩现在也还在男爵这里。希里来到乌鸦窝后经常和大家一起喝酒打猎，一天她和男爵赛马，获胜后遭遇了石化蜥蜴。石化蜥蜴将男爵抓到了高塔之上，眼看男爵危在旦夕，希里直接传送到塔上斩杀了石化蜥蜴。但她知道，狂猎一定会追踪着魔力找上她，为了不连累乌鸦窝的人，希里很快就与男爵作别，去往了诺维格瑞，说是要去找一个女术士。男爵还是放不下安娜，他让杰洛特和他一起去沼泽找回安娜。谈话间，一个长相丑陋、畸形的小怪人闯了进来，男爵叫他乌马，因为他只会发这个音，是男爵从一个史凯利杰群岛的商人手里赢来的。虽然说不清楚乌马是什么东西，但看着无害，杰洛特也没有多管。（乌马，还有上面说的尸婴就不给大家看图了。）
杰洛特在沼泽附近的村落和男爵见面，准备去找回安娜，而塔玛菈此时也带着女巫猎人深入了沼泽。虽然塔玛菈依旧无法原谅父亲，但面对危险的沼泽，女巫猎人的指挥官还是提议两方人马联手，最终大家找到了安娜。如果玩家先前选择杀死呢喃山丘的邪恶力量，那么村落的人没事，但被安娜照顾的孤儿们将会消失，而安娜也因此失去了理智。男爵会带着安娜离开威伦去往各处求医问药。如果玩家选择放呢喃山丘的邪恶力量离开，那么它会杀死企图消灭它的村落人民，但会救出孤儿们，安娜会恢复理智和丈夫女儿相认，但是很快就被老巫妪夺去了生命，而男爵也在不久后上吊自杀了。无论选哪个选项，老巫妪都不会出现，塔玛菈都会和女巫猎人们离开，而乌鸦窝也因为失去了男爵这个首领，变本加厉地欺压百姓。
另外，在威伦寻找希里的期间杰洛特在机缘巧合之下遇见了雷索（如果巫师2中没有选择杀死雷索），洛穆涅的峰会以后，尼弗迦德一直在通缉雷索，现在雷索无处可去，杰洛特推荐他去凯尔·莫罕暂且避一避。
诺诚虽小，五毒俱全（诺维格瑞）
诺维格瑞就在威伦的北方（游戏中威伦、诺维格瑞和奥森福特在一张地图上），虽在瑞达尼亚境内，但却是自由都市。永恒之火教派在此盛行，有着很大权力，而各路黑社会组织则在暗处布置自己在城内的势力。女巫狩猎运动已经蔓延到了诺维格瑞，杰洛特到达时正赶上永恒之火神殿守卫迦勒·曼吉行刑，其中一个是在洛穆涅与杰洛特做过买卖的女术士学徒菲丽霞，另一个是伪装成神殿守卫指挥官的变形怪。女巫狩猎发展至此已经扩大了迫害的范围，炼金术士也难以幸免，据说卡尔克斯坦在不久前也被烧死了，烧死他的火焰都在天空中咒骂着拉多维德。
杰洛特恢复记忆以后回想起了叶奈法，和特莉丝之间的情感也随之降温。特莉丝现在就住在诺维格瑞，但由于城内局势动荡，她已经离开了原本的房子。搜刮特莉丝家中财产的流氓说城内有个乞丐王专门收留那些受到歧视的人。杰洛特跟着乞丐和小偷，进入了乞丐王的势力范围，见到了特莉丝。作为昔日的王室顾问，特莉丝现在只能接清理粮仓中的老鼠这种工作，还要冒着被老板举报给女巫猎人的风险，好在难得有和杰洛特独处的时光。特莉丝没有遇见希里，但推荐杰洛特去找城中的卜梦师可琳。一个银行家最近购置了新房，但房间却闹鬼，于是叫来了可琳找出原因。银行家得知狩魔猎人要见可琳，也让杰洛特进去驱鬼。杰洛特发现原来是一只小地灵把可琳困在了噩梦中。杰洛特帮可琳解除了噩梦，可琳则帮助杰洛特回忆起了希里的事情。如果希里来到了诺维格瑞，却没见到特莉丝，那很有可能去找了丹德里恩，杰洛特在梦中看见了丹德里恩。
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丹德里恩在诺维格瑞有一定的名气，据说他现在继承了一家酒馆。酒馆没有在经营，丹德里恩也不在这里，倒是卓尔坦在留守，还养了一只猫头鹰作为宠物。杰洛特找到了丹德里恩的记事本，他把一些私下约见的女性写成了诗歌。杰洛特去找了这些女性，其中有热爱女装的精灵族男性，有尼弗迦德大使的女儿，还有露薏莎男爵夫人的侍女。露薏莎男爵夫人现在就住在诺维格瑞，杰洛特去找她时她正要和符里斯将军去看赛马。如果玩家在巫师2中选择劝降亚历安，那么露薏莎和符里斯会邀请杰洛特一起去赛马，然后见到侍女莫莉。如果玩家在巫师2中选择杀死亚历安，那么露薏莎见到杰洛特就没有心情了，而莫莉会嫁给露薏莎的侄子，成为贵族的一员，现在热爱赌马。符里斯邀请杰洛特一起去看赛马，后来也见到了莫莉。通过调查这些人，杰洛特得知丹德里恩最近经常和一个女性吟游诗人在一起。卓尔坦知道这个人叫做普西拉，是丹德里恩难得的真爱，她经常在诺维格瑞的酒馆中演出。普西拉将杰洛特和叶奈法的爱情故事改编成歌曲，她的歌声宛转悠扬，动听而又感人，许多客人甚至为之流泪，杰洛特也忍不住起身鼓掌。普西拉最后一次见到丹德里恩时，他正在策划抢西吉·卢文的金库，后来又听说他在霍桑二世的地盘大闹了一番。这两个人再加上乞丐王，还有矮人屠夫克里弗，就是诺维格瑞的四大黑帮之首。
西吉·卢文正在和另外两个首领在自家的澡堂见面，很快霍桑二世的人就冲了进来，杰洛特和三个首领一起击退了他们。西吉·卢文的真实身份其实是前瑞达尼亚的特务头子迪科斯彻，他曾经和菲丽芭一起辅佐过拉多维德，两人也是恋人，但后来反目成仇了。迪科斯彻和杰洛特也是旧相识，通过迪科斯彻的情报，杰洛特搜寻了霍桑二世经营的地下场所，发现他和拉多维德暗中交易，企图搅乱四大黑帮，让拉多维德趁虚而入。迪科斯彻现在已经不再效忠于瑞达尼亚，无法帮杰洛特联系到拉多维德，他建议去找罗契。尼弗迦德入侵泰莫利亚时，弗农·罗契和薇丝也上了前线，但被打败，现在只能带着残兵躲进山洞中打游击。虽然名义上效忠于北方诸国，但罗契也知道拉多维德的野心绝对不亚于恩希尔。罗契近期正好要和拉多维德见面，让杰洛特也同行。对于拉多维德来说，霍桑二世已经失去了利用价值，他告诉杰洛特霍桑二世被他安置在奥森福特，这也是为了让杰洛特欠一个人情。杰洛特一路杀进了霍桑二世的庄园，发现霍桑二世竟然有把妓女虐待致死来取乐的癖好。杰洛特狠狠教训了霍桑二世，逼问出了希里的事情：那时希里和丹德里恩想通过霍桑二世的人脉修理一个魔法盒子，作为报酬他们则帮霍桑二世偷出迪科斯彻的财宝，但却失败了。为了报复，霍桑二世抓住了杰洛特和希里的变形怪朋友杜度。最后希里救出了杜度，并让他变成霍桑二世逃跑了。后来希里去了哪里，霍桑二世也不知道了。玩家可以选择杀死霍桑二世，或者留他一命，这个选择将对剧情产生影响。
刚处理完霍桑二世，拉多维德就找到杰洛特要求还人情债，要杰洛特找到菲丽芭。杰洛特根据拉多维德的情报找到了菲丽芭藏身的洞穴，但她早已离开，只找到一块千里镜的水晶。特莉丝借由水晶看见菲丽芭依然没有放弃重建女术士集会所。但由于找不到菲丽芭的确切位置，这件事也只能暂且搁置。
另一边，杰洛特帮助迪科斯彻调查了他被盗的金库。根据线索发现从下水道炸开金库的是一个已死的伯爵，而这个伯爵是杜度所变，本来迪科斯彻的财宝是要交给霍桑二世的，但中间被曼吉截获。为了保护朋友，杰洛特没有说出杜度和丹德里恩参与了盗窃，但答应迪科斯彻会从曼吉那里找回财宝。特莉丝也被迪科斯彻雇佣，她知道曼吉所在的神殿防守严密，于是让杰洛特假装抓获她要交给曼吉审判，以此接近曼吉。杰洛特知道曼吉和女巫猎人们对术士们行刑是无所不用其极的，玩家可以在中途选择放弃计划直接和特莉丝一路杀死曼吉，或者让特莉丝忍受拔指甲的酷刑直到问出丹德里恩的下落，然后特莉丝会愤怒地杀死曼吉，对后续剧情没有影响。无论如何，杰洛特和特莉丝都得知，丹德里恩现在被关押在神殿岛，除非曼吉本人出面，其他人都调动不了丹德里恩。但现在曼吉已死，唯一的办法就是找杜度假扮曼吉。出来后，特莉丝愤怒地用火焰将神殿烧毁，而迪科斯彻也在不远处等着杰洛特。杰洛特从曼吉那里找到了金库的钥匙，迪科斯彻也猜出当时是丹德里恩偷了他的财产，不过他还是欣赏杰洛特，给出了该付的报酬。
杜度可不好找，作为变形怪，只要他想躲，别人是找不出来的。普西拉知道杜度喜欢戏剧，于是提议排一出戏引出杜度。一说到创作，普西拉可来劲了，很快就以当年恩希尔和帕薇塔的故事写好了剧本。杰洛特则联系了剧团，也参与饰演剧中的狩魔猎人。新剧上演的消息很快就吸引来了大量观众，杰洛特发现台下有个独眼的守卫，而杜度的一只眼据说被霍桑二世刺伤，杰洛特用剧情中的台词邀请他上台。演出结束后杜度变回了最常用的半身人形态，他一直不联系朋友们就是害怕连累了大家，不过现在曼吉已死，杜度只需要假扮曼吉，并按原计划把丹德里恩移送到奥森福特处刑，杰洛特和卓尔坦会在途中埋伏救出丹德里恩。运送丹德里恩的车队到达位置后遭遇了卓尔坦等人的袭击，马上带着丹德里恩逃跑，但最终被杰洛特追上，救出了丹德里恩。据丹德里恩回忆，最后一次和希里见面时，他们二人正在逃脱霍桑二世的追捕，一路逃到了神殿岛，混战中希里险些被弩箭所伤，丹德里恩想去挡箭，但希里却传送消失了，丹德里恩也是在那时被抓住。丹德里恩也不知道那个魔法盒子有什么用，只是一直听希里说要解除某种诅咒。从威伦追到诺维格瑞，杰洛特再一次失去了希里的踪迹，现在也只能准备去史凯利杰群岛和叶奈法汇合。
丹德里恩被救回来了，他也准备好好地经营酒馆，不过这家酒馆之前是作为妓院使用的，这让普西拉很不高兴。其实丹德里恩也早就想把酒馆改造成歌舞厅，但苦于没有资金。于是他让杰洛特假扮强盗去袭击一个和丹德里恩有旧情的富家千金，然后丹德里恩自己则突然出现英雄救美，据说丹德里恩给这个富家千金讲了一夜的英雄故事才得到了她的投资。之后杰洛特和丹德里恩又说服编舞老师的丈夫放人，又帮助画家偿清了债务得到了宣传画。很快矮人的施工队也把酒馆装修好了，普西拉回家换上演出服装准备首演，可是迟迟等不来人。有人冲进酒馆告诉丹德里恩，普西拉遇袭受伤，现在已经在医院了。普西拉的口腔和咽喉严重烧伤，好在没有生命危险。负责救治普西拉的医生是来自奥森福特的外科主任裘金，他不仅医术高明，而且嫉恶如仇，之前有人受了类似的伤死去，裘金直接带杰洛特去太平间验尸。死者是一个矮人雕塑家，身上很多部位都被一种医学界的新发明，福尔马林所烧伤，受尽折磨死去。很快验尸官休伯特发现了擅自闯入的裘金和杰洛特，不久之后教士奈瑟尼尔也来了，休伯特帮助杰洛特和裘金骗过了奈瑟尼尔。裘金说休伯特是他的医学老师，当年裘金参加学运却被休伯特举报，害他承受了多年的牢狱之灾。而奈瑟尼尔在教会中主掌火葬事宜，也是太平间的主管，据说他非常变态，喜欢折磨女性。另外裘金还提到了夏妮，在奥森福特期间，夏妮曾做过他的助手，不过现在不知道她在哪。杰洛特顺着线索继续追查凶手，发现矮人雕塑家以雕刻女神的木雕为生，他的作品有一个特点就是女神的胸部比较大。凶手会在死者身上留下下一个目标的名字，不过收尸人贪小便宜没有通知到普西拉。普西拉受害时正在大街上，所以凶手没有得手，最后越过一堵高墙跑了。据受到普西拉善待的妓女说，普西拉经常揶揄教会。很快又一个受害者出现了，休伯特单独找到杰洛特验尸，他解释说当年激进的裘金等人把任何不支持他们自由平等口号的人打成敌人，迫害了很多人，他看不下去才举报了裘金。而凶手在受害者身上留下的下一个目标是对信仰产生动摇的威吉布德家族的老男爵夫人。但杰洛特还是慢了一步，赶到时凶手刚刚逃离，只能跟着凶手的信息找到下一个目标，诺维格瑞城中的一个妓女。杰洛特不敢多作停留，直接赶往妓院，终于找到了正要折磨妓女的奈瑟尼尔。但奈瑟尼尔辩解称，自己折磨妓女只为取乐，也没有想杀她。（玩家也可不听解释，直接杀死奈瑟尼尔。）而知道奈瑟尼尔会去妓院的也只有休伯特。此时休伯特正在储存福尔马林的仓库中，他向杰洛特坦白，他是一个高阶吸血鬼，他认为诺维格瑞已经成为罪恶都市，必须杀死那些蔑视信仰之人才能杀鸡儆猴，唤回人们心中的道德。但无论休伯特自称的理想是多么崇高，杰洛特最终还是将其斩杀。回到医院，杰洛特把休伯特是凶手的事告诉给了丹德里恩和裘金，普西拉康复地很快，相信不久之后就能再次开口唱歌了。（这段剧情和主线任务没有什么关系，但一方面，丹德里恩是巫师系列的重要人物，这段剧情展现了丹德里恩和普西拉的真爱。另一方面，这段剧情虽然不长，但每个人物都很立体，做任务时不断追查线索也很有意思，所以放进来。）
洛穆涅峰会后，术士们纷纷逃来号称自由都市的诺维格瑞躲避迫害，但如今教会和女巫猎人肆虐，诺维格瑞已成为术士们的地狱。特莉丝准备帮助术士们逃往开明的科维尔，因此一直在筹措资金，正巧威吉布德夫人愿意出资。特莉丝不清楚这是不是陷阱，于是杰洛特主动帮助特莉丝和对方接触。原来夫人的儿子沉迷炼金术，现在也被女巫猎人盯上了，所以想找特莉丝送儿子离开诺维格瑞，事成之后提供资金。为了掩护儿子逃脱，威吉布德夫人在自己庄园举办了盛大的假面宴会，杰洛特和特莉丝也盛装出席。在等待夫人儿子时，微醺的特莉丝跑进了庄园的迷宫嘻戏，杰洛特则在后面追赶。眼看特莉丝要摔进喷泉中，杰洛特一把把她抱住，二人在绚烂的烟花下深情拥吻。之后夫人的儿子来到迷宫和二人汇合，在杰洛特的掩护下，特莉丝带他离开了庄园。诺维格瑞对术士们的管控一天比一天更严格，各个城门都设置了检查点，杰洛特也是在迪科斯彻的帮助下才得以进出城门。特莉丝得到威吉布德夫人的资助后，也准备和其他术士们离开。特莉丝和术士们在酒馆的密道中集结，准备通过下水道去往港口，而迪科斯彻也派人暗中帮助。杰洛特和特莉丝则先行进入下水道清理怪物。达到港口后，迪科斯彻劝杰洛特留住特莉丝，但很快女巫猎人就找了过来。三人一起击退了女巫猎人，让其他术士登船。杰洛特苦苦挽留特莉丝，但帆船催发，特莉丝还是离开了。杰洛特送走特莉丝，和迪科斯彻闲聊，回头却发现特莉丝又回来了，迪科斯彻也识趣地离开，留他们二人独处。二人来到灯塔上看着船只驶离，又畅想着未来的生活……船上的人看着灯塔上的火光时而闪烁，时而熄灭，以为是用长短线组成的密码，但其实这是杰洛特和特莉丝两人激情互动的身影所致。杰洛特还要继续寻找希里，特莉丝也不可能在诺维格瑞久留，杰洛特让特莉丝去凯尔·莫罕等他。（玩家也可以选择不挽留特莉丝，选择挽留或者不挽留将对剧情产生深远影响。）
迪科斯彻一直在灯塔下等着杰洛特。诺维格瑞的术士们得救了，但这也只是杯水车薪。迪科斯彻不能坐视祖国被拉多维德这个疯子统治，他想让杰洛特帮他暗杀拉多维德。杰洛特和迪科斯彻在一家高档会所见面，很快罗契也来了。罗契知道拉多维德不死，泰莫利亚就没有未来可言，所以也加入了计划。其实他们还有一个同伙，但最近不知所踪，所以才让杰洛特去寻找这个伪装成鞋匠的人。杰洛特发现一个鞋匠被三个岩石巨魔困住，要他给它们做鞋，而这个鞋匠正是塔勒。岩石巨魔智商不高，杰洛特很快就骗过它们帮塔勒脱身。泰莫利亚覆灭后，塔勒就以鞋匠的身份到处收集情报，也借此赚了不少钱。但关于暗杀拉多维德的详细计划，塔勒也无法向杰洛特透露更多。迪科斯彻给杰洛特的任务仅限找回塔勒，狩魔猎人也不应该干涉政治，因此杰洛特也没有再多管这件事。
七个家族，三条道路（史凯利杰群岛）
史凯利杰群岛民风彪悍，诺维格瑞的船都不敢去那里，只有一个醉酒的船长愿意带杰洛特上船，可是途中却遭遇了海盗，船最终还是翻了，好在杰洛特安全上了岸，从当地人口中得知叶奈法也已经到了。
史凯利杰群岛位于大陆的西方，由数个岛屿组成，每个岛屿又由各家族统治。史凯利杰人以出海劫掠为生，信仰弗蕾雅女神，他们相信终末之战终将到来。杰洛特到达时德鲁伊尔米亚正在主持布兰王的葬礼，按传统，布兰王的妻子碧儿娜应该乘上载着布兰王遗体的小船出海，然后在海上殉葬，但她并没有这么做。叶奈法也在围观人群中，她一直想调查那个巨大的魔法爆炸，但尔米亚并不让她参与。
大史凯利杰岛的北部由奎特家族统治，族长克拉奇·奎特当年也是帕薇塔的追求者之一，后来希里流落到史凯利杰时也非常关心她。克拉奇邀请杰洛特和叶奈法去参加布兰王的守灵宴，新王的选举也会在那时报名。杰洛特和叶奈法在门口见到了碧儿娜，她自称皇太后，认为史凯利杰的王位应该改为世袭制，以此统一整个群岛。克拉奇的女儿凯瑞丝带杰洛特认识了各家族的孩子们，新国王将会在他们之间产生，不过克拉奇的儿子哈尔玛现在不在这。叶奈法则引荐了各族长给杰洛特认识。宴会中，叶奈法和杰洛特准备盗取尔米亚的衔尾蛇面具，在尔米亚的实验室前，杰洛特吸入了防盗用的致幻蘑菇，把尔米亚的动物标本当成了活物乱砍。虽然最终叶奈法拿到了面具，但却触动了毒气，情急之下叶奈法把二人传送回了旅店的房间中。杰洛特和叶奈法两人难得有独处的时光，于是在他们的独角兽信物上激情互动。当他们回到守灵宴时，克拉奇正在号召人们报名参加新国王的选举，除了刚才见到的各家族继承人，还有布兰王和碧儿娜的儿子斯凡瑞吉，克拉奇也为不在场的儿子哈尔玛报了名，而作为不受重视的女流之辈，凯瑞丝纠结之后也为自己报了名。克拉奇非常关心希里，他也愿意帮杰洛特说服尔米亚。但哈尔玛在乌德维克岛失踪，凯瑞丝为了证明自己的能力又去往了史派克鲁格岛，杰洛特也答应帮克拉奇找回他们。
在一次委托中，杰洛特认识了一个热情正直的战士杰隆德，完成委托后杰隆德被两个闹事的青年缠上，混乱中被他们杀死。杰洛特杀死了这两个青年，为杰隆德报了仇，但很快被村中的居民扭送到当地领主，疯子卢戈那里。疯子卢戈统治着大史凯利杰岛的南部，他愿意放杰洛特自由，但条件是去梦之洞窟找回他的儿子阿蓝·卢戈。杰洛特赶到时阿蓝正要进洞窟，他虽然不愿回去，但同意杰洛特同行。梦之洞窟能将人心中的恐惧重现，阿蓝的恐惧正是他父亲，他害怕自己无法像父亲一样强大，而杰洛特见到的恐惧正是狂猎之王艾瑞汀。好在阿蓝通过了梦之洞窟的试炼，不再害怕自己的父亲了。
史派克鲁格岛由布洛克伐家族的领主乌达瑞克统治，据说他能够听到众神的声音。乌达瑞克忧心忡忡，没空理杰洛特，不过杰洛特还是从村民那里得知凯瑞丝现在在乌达瑞克家的老房子那里。凯瑞丝在寻找乌达瑞克的家传宝剑。当年乌达瑞克的父母决定把宝剑传给乌达瑞克的弟弟阿基，这让乌达瑞克非常恼怒。之后兄弟二人出海，不知道是谋杀还是意外，阿基葬身海底。此后，乌达瑞克就听到了众神的声音。凯瑞丝认为这声音不是来源于神，而是阿基的鬼魂，它以神之名让乌达瑞克自残来折磨他。杰洛特将宝剑放到了阿基的尸体旁，但回到乌达瑞克那边时，却发现他已经挖出一颗眼睛来献祭神。这么看来声音也不是来自于阿基，杰洛特看出这是一个叫做希姆的怪物作祟，它专门盯上那些心存愧疚的人。杰洛特和凯瑞丝探讨了消灭希姆的办法，有一种办法就是欺骗希姆，但这种欺骗不能是故意的，一定要有愧疚之心，所以不能提前商量好。凯瑞丝想到了办法，她让杰洛特去乌达瑞克的老房子等她，不久之后凯瑞丝带着乌达瑞克刚出生的孩子回来了，她让杰洛特把孩子扔进烤炉中，虽然乌达瑞克也追来请求杰洛特放过孩子，但杰洛特还是相信了凯瑞丝。乌达瑞克悲痛欲绝，杰洛特心中充满愧疚，这让希姆从乌达瑞克转移到了杰洛特身上。但这一切都是凯瑞丝的计谋，真正的孩子安然无恙，希姆看见自己被骗，很快就消散了。凯瑞丝用自己的聪明才智拯救了乌达瑞克，证明了自己是独特的国王人选。
乌德维克岛原本由托达洛曲家族统治，后来因为巨人的攻击而被荒废，据说哈尔玛此前就招人去讨伐岛上的巨人。杰洛特在岛上看见巨人喂养着女海妖，还有一个被巨人关在破船中的老者，这个老者正是当初乌德维克岛的领主，不过现在被迫给巨人制造长船，已经精神失常。循着老者的话语和路上的线索，杰洛特救出了哈尔玛和两个同伴，他们当时被女海妖所袭击，其他人已经遇难。最终在杰洛特和哈尔玛两人的英勇配合下，巨人倒下了，而哈尔玛也要回去竞争王位了。
找回克拉奇的儿女后，杰洛特作为岛外人也破例参与了选举国王的宴会。哈尔玛和凯瑞丝还在争吵，但他们是双胞胎兄妹，争吵不会影响他们之间的亲情，反而证明了他们是多么相似。杰洛特在去见克拉奇的途中见到了碧儿娜，她还是无法认同史凯利杰的选举，认为这不过是用官位、金钱、权力来交换选票，唯有由一个家族统治才能保证群岛的稳定，所以她极力说服克拉奇支持斯凡瑞吉。于公于私，克拉奇都不认同碧儿娜，但对于自己的两个孩子，克拉奇也难以作出选择。哈尔玛勇敢无畏，是典型的史凯利杰人，能够团结整个群岛对付虎视眈眈的尼弗迦德。而凯瑞丝身上又有史凯利杰人难得的耐心，能走出一条不同的道路。这边杰洛特还在和克拉奇谈话，宴会现场却愈加吵闹，一群熊突然出现，包括阿蓝·卢戈在内的候选人们都被杀死，各个领主，还有哈尔玛和凯瑞丝都还幸存，不在场的碧儿娜和斯凡瑞吉也逃过一劫，疯子卢戈首先就怀疑奎特家族。凯瑞丝想要循着线索找出这些熊到底从何而来，但哈尔玛已经知道该去找谁复仇。玩家可以选择帮助哈尔玛还是凯瑞丝，也可以不做为，这个选择将对剧情产生深远影响。
选择帮助哈尔玛。哈尔玛知道史凯利杰群岛中有一个独特的狂战士族群，他们能够变身成熊来作战，也受邀来到了宴会现场。杰洛特和哈尔玛进入狂战士的村子，发现他们的德鲁伊引导战士们相信弱肉强食，用活祭的方法来增强自己的力量。哈尔玛愤怒之下直接将狂战士和德鲁伊杀死，洗刷了耻辱，赢得了荣耀，而杰洛特则从德鲁伊身上搜出一封匿名信，写信的人让德鲁伊安排狂战士杀死候选人们，成功后会让德鲁伊成为新国王的辅佐者。虽然无法通过匿名信找出真正的幕后黑手，但哈尔玛杀死了狂战士，成功复仇。不久之后，哈尔玛即成为了史凯利杰的新国王，他宣布对抗尼弗迦德，捍卫史凯利杰群岛的自由。
选择帮助凯瑞丝。杰洛特和凯瑞丝仔细调查了宴会现场，发现熊其实是由传说中的狂战士所变。而狂战士们喝的蜂蜜酒中添加了人血和致幻蘑菇，这也导致他们变身并失去理智伤人。凯瑞丝和杰洛特根据线索找到了负责筹备宴会的奎特家族的管家。管家认同碧儿娜的那套理论，认为传统的史凯利杰人不配登上王位，所以受碧儿娜唆使在酒中动了手脚。但是调查的时间有限，管家的证词和匿名信无法证实碧儿娜就是罪魁祸首。但这些证据让斯凡瑞吉想到了宴会开始后，碧儿娜让他离开会场的举动，指控了自己的母亲，而碧儿娜也终于被迫承认。后来碧儿娜被绑在岩石上，任凭海浪的拍打和海鸥的琢食，最后死去。凯瑞丝的聪明才智找出了幕后黑手，不久之后她也成为了史凯利杰的第一任女王，她承诺会将群岛带向和平和繁荣。
如果选择不作为，那么后来杰洛特会得知斯凡瑞吉成为了国王。
克拉奇说服了尔米亚让杰洛特和叶奈法一起调查森林中的魔法爆炸事件。尔米亚对叶奈法偷走衔尾蛇面具的事非常愤怒，但叶奈法我行我素直接使用起了面具开始调查。衔尾蛇面具可以看见过去发生的事情，杰洛特看到希里曾经和一个同伴通过传送门来到了史凯利杰群岛，后来两人被一群人追击，希里身上的能力引发了魔法爆炸，最终希里通过传送门摆脱了追击，而希里的同伴在击杀了一个追击的人后也传送离开了。传送门都指向了威伦，但具体地点不同，这个同伴可能就是后来联系凯拉寻找希里的神秘精灵。根据森林中遗留的铠甲来看，追击希里的正是狂猎，据尔米亚说，狂猎曾经出现在印达尔斯费尔岛，杰洛特和叶奈法马上赶去询问生还者。生还的村民确实见过一个疑似希里的女孩和一个被称为窝囊废的人在一起，这个窝囊废在对抗狂猎时独自逃跑，所以村民们都不称他的原名。后来窝囊废为了证明自己，独自去了女神的花园挑战其中的怪物。（怪物是另一个支线任务中被诅咒的狼人，他烧杀抢掠，杀死女神的祭司，被看不过去的同伴下咒，饱受饥饿之苦但食物到嘴边就化成灰，即便被杀死也会复活。）窝囊废已经死去很久，为了问出希里的所在，叶奈法决定使用禁忌的死灵术。借由花园中的能量和叶奈法的法术，窝囊废的尸体说话了，他自称史凯裘说起了和希里相遇的故事：那天他在海边劳作发现了从传送门出来的神秘精灵和昏迷的希里。在和希里约定好汇合的地点后神秘精灵就离开了。史凯裘一家热情地接待了希里，还请她蒸桑拿。史凯裘也对希里暗生情愫。就在希里准备去和神秘精灵汇合时，狂猎找到了史凯裘的村落。史凯裘带着希里逃离了狂猎，后来才有了窝囊废的称呼。最后希里乘船离开，而史凯裘在海滩边被狂猎重伤昏迷。半昏半醒的史凯裘曾见到一个丑陋的小怪人在海滩游荡。但随着花园的能量耗尽，死灵术也维持不下去了。杰洛特认为那个丑陋的小怪人应该就是乌马，它应该是某个人被诅咒而变成的。当时希里在诺维格瑞就是想通过那个魔法盒子解除诅咒，说不定乌马就是被诅咒的希里。无论如何，现在唯一的确定的是希里目前也已经不在史凯利杰群岛了。
在离开史凯利杰群岛之前，叶奈法还有一件事要杰洛特帮忙。叶奈法曾在尼弗迦德的图书馆读到过一本书，据说一个法师曾经驯服过迪精。迪精这种生物可以实现人们的愿望，杰洛特初遇叶奈法时，她就在捕获迪精，阴差阳错之中杰洛特许愿让他和叶奈法永远在一起。那个法师最后就出现在史凯利杰群岛，杰洛特在水下找到了法师的半艘船。叶奈法通过这半艘船又传送到了雪山上的另一半船上。叶奈法告诉杰洛特，之所以想要找到迪精，就是为了消除当年杰洛特许下的愿望，看看两人的情感究竟是被魔法强行连接到了一起，还是真爱。借助法师在船上留下的封印，叶奈法成功召唤出了迪精，并让它解开两人身上的魔咒，然后放它自由。迪精虽然解除了魔咒，可是叶奈法和杰洛特却没感觉到有什么变化，这也说明两人的真爱一直都存在。他们两人坐在高山的船上，一边亲吻一边眺望整个大史凯利杰岛，直到很久很久……（玩家也可选择对叶奈法不再有感觉，这个选择将对后续剧情产生深远影响。）很久之后，叶奈法把两人传送回了旅店。按照约定，她要把希里的消息转告给恩希尔皇帝。当时狂猎先后绑架杰洛特和叶奈法，根本目的还是希里，狂猎知道希里非常看重他们二人一定会来找他们，好在希里没有上当。叶奈法被狂猎释放后也经历了短暂的失忆，不过很快就恢复了。被尼弗迦德抓获后，恩希尔想要利用叶奈法的魔法，叶奈法也想借助帝国的势力，一拍即合合作寻找希里。不过真的找回希里以后要不要带她去见恩希尔，杰洛特也还没有决定。
英雄集结，传奇落幕（凯尔·莫罕）
杰洛特刚从乌鸦窝接回乌马，就被尼弗迦德的士兵阻截带去见恩希尔，叶奈法也已经回到了维吉玛的城堡。杰洛特没能找回希里，这让恩希尔很不高兴，不过至少知道了希里的一系列行踪，也找到了关键性的乌马。丹德里恩提到过希里曾经记诵着某种咒语，杰洛特也还保留着那个魔法盒子，叶奈法已经知道该怎么解除乌马身上的诅咒了，她约定在凯尔·莫罕见面。
杰洛特和乌马一路骑行回到了凯尔·莫罕，见到了维瑟米尔。叶奈法传送到凯尔·莫罕后就命令艾斯凯尔和兰伯特收集各种材料，让他们很不自在。另外，叶奈法还把特莉丝房间的床给扔了。杰洛特帮艾斯凯尔猎杀了叉尾龙，得到了解除诅咒的材料。又和兰伯特重走了当年狩魔猎人试炼的山路强化了作为护符的魔法盒子。兰伯特说话尖酸刻薄，成为狩魔猎人也并非他自愿。当年他的酒鬼老爸被狩魔猎人所救，把兰伯特作为报酬交给了狩魔猎人。兰伯特同期的其他少年大多是这也成为了狩魔猎人的学徒，但能在试炼中活下来的寥寥无几，即便活过了试炼，成为狩魔猎人后也要为一点点赏金而拼命。另外，之前在诺维格瑞杰洛特就偶遇过兰伯特，帮他结束了与猫派狩魔猎人的恩怨。
杰洛特和叶奈法通过千里镜联系到了精灵女术士艾达·艾敏，她知道解除诅咒的咒语是一种古老的精灵族语言。另外，她感觉到白霜的纪元即将到来，流有上古之血的人既能开启白霜纪元，反之也能阻止它，这一切都将取决于杰洛特。
叶奈法已经准备好解除诅咒了，但维瑟米尔坚持要试一试狩魔猎人解除诅咒的传统办法，要带乌马上山。大家拗不过固执的老维瑟米尔，于是彻夜喝酒聊天。叶奈法的方法必须先让乌马经受狩魔猎人的青草试炼。近些年狩魔猎人凋敝，已经很久没有进行过青草试炼了，青草试炼会改造肉体，很多学徒都在这一步死去，即便成功也会承受巨大的痛苦，因此艾斯凯尔和兰伯特非常反对。杰洛特看气氛不对，就送叶奈法回去睡了。（如果之前在迪精任务中选择对叶奈法还有真爱，这里还可以与她激情互动。）叶奈法睡后，杰洛特他们三个男人继续喝酒狂欢，酒过三巡，他们甚至偷偷穿上叶奈法的衣服，用千里镜找其他女术士聊天。不过可能是杰洛特说错了咒语，千里镜里只有一个在上厕所的男术士。很快叶奈法发现了他们，杰洛特被抓去睡觉了。
第二天醒来时，维瑟米尔已经带乌马回来了，传统的方法确实没用，但维瑟米尔确信乌马体内沉睡着一个灵魂。现在也只能相信叶奈法，给乌马进行青草试炼了。看着乌马的身体被注入各种药剂，发出痛苦的嚎叫，在场的狩魔猎人也想到了自己接受试炼的痛苦回忆。在试炼的最后，叶奈法念起了咒语，杰洛特也拿出了魔法盒子作为护符，而乌马也最终脱胎换骨，变成了精灵贤者阿瓦拉克，他正是希里身边的神秘精灵。阿瓦拉克告诉杰洛特，希里正在迷雾之岛躲避狂猎，一旦离开就会被狂猎追踪。众人提议，不如就在凯尔·莫罕集结战力，一举歼灭狂猎。
杰洛特虽然没有军队，但一路的冒险结识了不少朋友。卓尔坦是杰洛特的老朋友，二话不说就答应了下来。罗契和杰洛特两人互相帮助了很多次，这次他也答应会和薇丝去凯尔·莫罕帮忙。尔米亚见证了希里的成长，他也会继续保护希里。如果玩家选择帮助哈尔玛成为国王，那么无畏的哈尔玛国王会亲自去往凯尔·莫罕对抗狂猎。如果玩家选择帮助凯瑞丝成为国王，那么智慧的凯瑞丝女王会派出麾下的第一勇士哈尔玛去往凯尔·莫罕。克拉奇虽然也非常关心希里，但尼弗迦德的舰队日益靠近史凯利杰群岛，抽不出身，但还是把奎特家族的宝剑送给杰洛特。迪科斯彻还有自己的计划没有完成，不打算帮杰洛特。恩希尔愿意派出军队，但前提是让符里斯将军带队，杰洛特考虑之后没有同意。
阿瓦拉克放出一个魔法萤火虫指引杰洛特找到希里，魔法萤火虫一路带杰洛特来到乌德维克岛附近，这里确实有一座被迷雾所包围的小岛。岛上除了各种怪物，只有一个紧锁的房屋，屋内的矮人遭遇船难漂泊到了这里，杰洛特帮他们找到了幸存的同伴，让他们打开了房门，希里确实就在房间内，但矮人说她的身体已经冰凉。杰洛特不敢相信，他慢慢走近房间，确认希里没有了气息，他绝望地抱着希里的身体留下了眼泪。但这时，指引方向的魔法萤火虫为希里注入了灵魂，杰洛特感觉到了希里也紧紧地抱住他，泪水也随之变成了激动的热泪。希里和杰洛特多年未见，两人有说不完的话要讲。狂猎是另一个世界的精灵族，他们之所以要追寻希里，是因为他们的世界即将毁灭，必须入侵其他世界，唯有希里身上的上古之血可以随意打开通往不同世界的通道。阿瓦拉克也是那个世界的人，知道狂猎之王艾瑞汀的目的，他一直帮助希里掌控力量，逃脱狂猎。希里为了躲避狂猎，曾经躲到各种各样不同的世界中，在其中一个神奇的世界中，人人的脑袋里都塞入了金属片，人人都有自己的飞行器，即便是战争也是通过类似千里镜的东西远程操控。后来希里以为狂猎追踪不到她，于是回归原本的世界寻找杰洛特和叶奈法，但刚到史凯利杰就被艾瑞汀发现，艾瑞汀给阿瓦拉克下咒，希里也在慌忙之中进入了通往威伦的传送门，但却传送到了老巫妪那里，后来逃脱又遇到了血腥男爵。希里知道阿瓦拉克即将因为诅咒而变身乌马，所以离开乌鸦窝后到了诺维格瑞找人修理魔法盒子解除诅咒，后来丹德里恩介绍了霍桑二世，最后在神殿岛上被神殿守卫围攻，希里迫不得已又传送到了印达尔斯费尔岛，阿瓦拉克也追上了希里。希里被阿瓦拉克送到迷雾之岛，但阿瓦拉克由于诅咒变成了乌马。最近希里常常做一个奇怪的梦，梦中她奔向一座高塔，杰洛特则在塔下望着她。杰洛特和希里准备离开，但矮人们却开走了杰洛特的船，而狂猎也很快就到了岛上。希里带杰洛特直接传送回了凯尔·莫罕。
希里见到了多年未见的大家非常激动。杰洛特找来的帮手们都已经到达，特莉丝、雷索、凯拉也来了，只不过罗契和薇丝还是无法原谅杀死弗尔泰斯特国王的雷索，阿瓦拉克的身体还没有恢复，但已经清醒了。大家制定好了对抗狂猎的计划：叶奈法会在凯尔·莫罕维持魔法屏障，杰洛特和兰伯特、雷索一起在外围阻截狂猎并关闭他们进入屏障内的传送门，特莉丝会根据杰洛特他们的信号释放火球术，其他人则在屏障内击退冲进来的敌人，一旦出现危急情况就全力防守内堡，而希里要做的就只有被守护。
狂猎很快就来了，杰洛特等人的阻截非常顺利，摧毁了许多传送门，但伊勒瑞斯出现重整了部队，杰洛特发射信号箭让特莉丝攻击，但却没有回应。希里也察觉到了这一点，她也不想坐着被大家保护，帮特莉丝摆脱了攻入的狂猎。叶奈法的魔法屏障越来越弱，杰洛特他们也退回凯尔·莫罕内部，在关闭城门时兰伯特遭遇了狂猎的围攻，好在凯拉及时出现拯救了他。艾斯凯尔本来会为大家打开内堡的大门，但他在里面碰上了狂猎中的法师卡兰希尔，艾斯凯尔的剑术再强也难以抵挡卡兰希尔的魔法，而强壮的伊勒瑞斯则攻破了凯尔·莫罕的大门。希里又帮艾斯凯尔击退卡兰希尔，为大家打开了大门。但狂猎之王艾瑞汀亲临前线，狂猎的寒气将所有人冻结，只有维瑟米尔及时救下了希里。伊勒瑞斯轻易制服了维瑟米尔，艾瑞汀则用维瑟米尔的生命逼迫希里妥协，和他们一起离开。维瑟米尔知道希里一定会心软，于是他激怒伊勒瑞斯，让伊勒瑞斯将自己杀死。看见从小教导自己的维瑟米尔死了，希里身上的上古之血终于暴走，艾瑞汀还想带走希里，但她身上的力量太过强大，只能传送离开。狂猎虽然撤退，但希里的暴走却没有结束，最后是阿瓦拉克赶来阻止了希里。
不久之后，从冰冻中缓解过来的大家火葬了维瑟米尔，希里则拿走了维瑟米尔的狼派徽章作为纪念。凯尔·莫罕一战，大家计划周密，作战英勇，可也还是没能消除狂猎的威胁，各路帮手的士气也都衰竭，要回去了。虽然平时都嫌维瑟米尔唠叨，但艾斯凯尔和兰伯特也无法接受他就这样死去。凯尔·莫罕没有维瑟米尔，艾斯凯尔也不想再留在这里，而兰伯特也决定和凯拉浪迹天涯。凯尔·莫罕集结了各路高手也无力抵抗狂猎，叶奈法认为必须寻求更加强大的力量，那就是女术士集会所，她已经联系了恩希尔赦免宽容女术士，她们可以在尼弗迦德境内寻求庇护。阿瓦拉克则认为应该训练希里的能力，在一旁的希里不想被当做孩子保护，或者像物品一样被移来挪去，独自跑开了。
白霜再临，燕翔狼逐（大结局）
叶奈法和特莉丝先行去往诺维格瑞联系其他女术士，杰洛特则陪阿瓦拉克训练希里。但希里实在是没办法集中精神接受训练。杰洛特突然想到扔雪球，没想到扔雪球不仅缓解了希里的焦虑情绪，也间接训练了她闪现的能力。（玩家也可选择告诉希里放轻松，这将会对剧情产生深远影响。）希里知道威伦的老巫妪即将举办夜会，伊勒瑞斯也作为宾客被邀请，这正是向他们复仇的好机会。杰洛特还记得和恩希尔的约定，玩家可以选择带希里去见恩希尔，还是直接去威伦，这个选择将对剧情产生深远影响。如果带希里去见恩希尔，他会奖赏杰洛特，并单独和希里谈继承皇位的事。
老巫妪每年都会举办夜会，但往往不会露面，只有被选中的少男少女才能见他们一面，据说回来后的少男少女容光焕发，很快就离开威伦外出打拼，村民们则请求老巫妪赐予橡实，用来榨油制药。强尼也在夜会上，他确认了伊勒瑞斯也被邀请。为老巫妪确定少男少女人选的盲眼女人选中了希里，杰洛特在通过她的试炼后也得以进入老巫妪所在的洞窟中。在杀死了守门的林精后，杰洛特和希里兵分两路。希里深入洞窟看见老巫妪幻化成年轻女性的样子，将少男少女的血肉烹制成盛宴享用。一番激战之后，希里杀死了煮婆和呢喃婆，但织婆却装死偷袭希里，她扯断了维瑟米尔的狼派徽章，变成群鸦消失了。杰洛特则向着山顶进发，伊勒瑞斯正在和女夜魔们玩耍。伊勒瑞斯非常强壮，杰洛特被他架在半空中，看似没有还手之力，突然使用伊格尼之印灼烧了他的面部，最后趁他痛苦之际捡起他的战锤砸碎了他的脑袋。老巫妪死了，威伦不再是林中夫人的土地，而是属于人民，但失去了老巫妪施舍的橡实，村民们一时不知道该怎么办，而在橡树枯萎的枝丫上，还有一群乌鸦在盘旋。
解决了老巫妪和伊勒瑞斯，杰洛特和希里去往丹德里恩的酒馆和叶奈法他们汇合。如果玩家先前帮助特莉丝带法师们逃离诺维格瑞，那么会在城门口发现精灵和矮人被架在火刑柱上烧死，迫害的矛头指向了非人类种族。
来到诺维格瑞后，希里带杰洛特报答了那些帮她联系丹德里恩的朋友，也没忘记向霍桑二世复仇。如果玩家之前选择杀死霍桑二世，那么会发现杜度变成了霍桑二世，并把他的钱用在正道上。如果玩家之前选择放了霍桑二世，那么会发现曾经不可一世的霍桑二世成了流落街头的乞丐，希里也宁愿让他苟活。
叶奈法得知女术士玛格丽塔·路克斯安提尔被关押在奥森福特的监狱中。杰洛特一路深入监狱，找到了玛格丽塔，并让叶奈法把她传送走了。如果玩家在巫师2中拯救了席儿，那么席儿会和玛格丽塔关在一起，但她已经被折磨得奄奄一息，杰洛特帮她结束了痛苦。
玛格丽塔·路克斯安提尔
特莉丝也在联系其他女术士，艾达·艾敏和法兰西丝卡直接拒绝，而芙琳吉拉·薇歌联系不上，凯拉则和兰伯特离开了，据说后来他们找到了破解卡特利欧纳瘟疫的方法。现在只剩菲丽芭了，特莉丝调查发现菲丽芭曾经来到诺维格瑞寻求一个法师的帮助，那个法师骗菲丽芭变成猫头鹰，然后给她套上了反魔法脚铐。不久之后这个法师就被迫害身亡，猫头鹰被拍卖，买主就是卓尔坦。但就在前几天，卓尔坦又把猫头鹰输掉了。通过特莉丝的占卜得知，菲丽芭现在就在迪科斯彻那里。迪科斯彻的手下无意间取下了猫头鹰的脚铐，让菲丽芭获得自由，现在她正大肆破坏迪科斯彻的澡堂。杰洛特一路追赶菲丽芭，说明了来意。但和菲丽芭有爱恨情仇的迪科斯彻却不同意杰洛特带走她。杰洛特把恩希尔有意传位希里的情报告诉给迪科斯彻，以此交换了菲丽芭。
恩希尔想要传位给希里，这意味着尼弗迦德国内的局势也不稳定，而拉多维德可能趁机拿下整个北方。拉多维德非常小心，他一直停留在一艘戒备森严的船上，不轻易上岸，迪科斯彻他们的刺杀计划一直都无法进行。但菲丽芭的出现启发了他，拉多维德对菲丽芭恨之入骨，一旦菲丽芭出现，他也一定会亲自出面。杰洛特只需以找到菲丽芭的名义把拉多维德带到埋伏地点即可。塔勒认为可以在神殿岛动手，而罗契和薇丝等人负责阻截暗杀。在几个人商讨暗杀计划的同时，菲丽芭也变身猫头鹰在房梁上偷听。菲丽芭单独找到杰洛特，她知道拉多维德不会轻易上当，把拉多维德父亲传给他的戒指交给了杰洛特，条件则是她要亲手杀死拉多维德。拉多维德看见菲丽芭当年用来发布政令的戒指，确信杰洛特真的找到了她，杰洛特把他带到神殿岛后，多疑的拉多维德就命令手下杀了杰洛特，好在罗契等人已经开始了行动，救出了杰洛特并封锁了街道，杀死了拉多维德的护卫。拉多维德在穷途末路的最后见到的正是菲丽芭，她先是弄瞎了拉多维德的眼睛，然后一刀刺死了他。虽然菲丽芭的突然出现让罗契深感意外，但拉多维德确实死了，罗契和薇丝还有塔勒直接开始为泰莫利亚庆祝起来了。因为他们先前已经和恩希尔约定，杀死拉多维德以换取泰莫利亚成为尼弗迦德的诸侯国，享有极大的自治权。但迪科斯彻也有自己的算盘，他要整合瑞达尼亚，击退尼弗迦德一举统一包括泰莫利亚在内的整个北方。迪科斯彻的手下包围了罗契、薇丝和塔勒，玩家可以选择帮助他们抵抗迪科斯彻，或者放任三个朋友被迪科斯彻杀死，或者一开始就不进行刺杀拉多维德的任务。这些选择将对剧情产生深远影响。
救出玛格丽塔和菲丽芭之后，他们也在丹德里恩的酒馆住下了，他们提出要单独见希里一面，玩家可以选择是否要陪希里一起去，这也将对剧情产生深远影响。阿瓦拉克也有事找杰洛特，除去已死的伊勒瑞斯，艾瑞汀还有两个部下，一个就是卡兰希尔，他当初是阿瓦拉克的学生，不同于伊勒瑞斯，卡兰希尔以务实闻名。另一个名叫盖尔，盖尔原先效忠于先王，但阿瓦拉克知道先王是被艾瑞汀害死的，所以要杰洛特和他一起说服盖尔。各个平行世界由隐藏的时空门相联，诺维格瑞就有一座，想要去狂猎的世界找到盖尔，首先就要穿越各个世界。杰洛特穿越了海洋蒸发植物枯萎只有沙虫肆虐的世界，绿地里长出红色植物的世界，水下似乎有遗迹的世界，最后来到一个白雪肆虐的世界，这里虽然有人类的建筑，但只剩尸骨。杰洛特在这里和阿瓦拉克汇合，他说这是一个被白霜毁灭的世界，当年希里就是在这里和艾瑞汀战斗找回了杰洛特，然后杰洛特才能在凯尔·莫罕附近复活。阿瓦拉克最后带杰洛特穿越到了狂猎的世界，见到了盖尔，盖尔是优秀的执政者，而且为人正直，但也保有精灵族的高傲。为了向盖尔证明先王因艾瑞汀而死，杰洛特和阿瓦拉克将他请到了诺维格瑞，并由可琳卜梦，梦中先王确实饮下了艾瑞汀配制的药剂。盖尔提到了史凯利杰群岛的太阳石，借太阳石可以召唤末日之船纳吉尔法，引出狂猎，而盖尔也不会支援他们。
（如果玩家在先前的任务中既挽留了特莉丝，又对叶奈法表示两人一直有真爱，那么会出现任务“三人探戈”。叶奈法和特莉丝约杰洛特在酒馆中的房间内见面，她们穿着性感，语气暧昧，把杰洛特铐在了床上，杰洛特本以为能任由她们激情互动，没想到叶奈法和特莉丝径直离开了。杰洛特就这样被铐了一夜，直到后来丹德里恩把他救出来。）
一行人乘船抵达史凯利杰群岛时，恩希尔的舰队也已经驶向了群岛的门户。尼弗迦德的顾问女术士芙琳吉拉·薇歌也在船上，但她涉嫌叛国已经被恩希尔关押起来。杰洛特趁着夜色登上了恩希尔的船，恩希尔也按照叶奈法的约定放芙琳吉拉和杰洛特走。
芙琳吉拉·薇歌，也曾和杰洛特有过一段情
盖尔提到太阳石就在史凯利杰群岛，为了找到太阳石的具体位置，杰洛特前去询问尔米亚。尔米亚现在在疯子卢戈那里，疯子卢戈还是没办法接受儿子被杀，群岛的王位落入他人之手，为此他甚至串通了尼弗迦德，杰洛特和尔米亚不得已只能杀了他。通过尔米亚的线索，杰洛特得知太阳石在一处精灵洞穴遗迹中。希里和叶奈法要去调查阿瓦拉克的实验室，杰洛特只能找菲丽芭破解洞穴中的机关，得到了太阳石。菲丽芭还是沉迷权力，她希望狂猎的危机解除后，杰洛特能带叶奈法远走高飞，而她可以取代叶奈法在皇帝面前的位置。
希里一直信赖阿瓦拉克，但可疑的是阿瓦拉克曾经提到自己在史凯利杰群岛有一间实验室，但却从来不带希里过去。杰洛特和叶奈法带希里偷偷进入了阿瓦拉克的实验室，阿瓦拉克在房间的墙壁上绘制了上古之血流传的谱系，可谓是这方面研究的第一人。而在最内部的房间里居然住着一个精灵族女性，她刻薄地讽刺了希里。希里也终于知道阿瓦拉克对自己没有真感情，只对她身上的血脉有兴趣。希里恨不得砸碎工作室中的一切，玩家可以选择和希里一起在工作室捣蛋，或者劝阻希里，这个选择将对剧情产生深远影响。离开工作室后，希里不知道史凯裘已经死了，还提出去看望他。作为大家心目中的窝囊废，史凯裘的尸体被扔进了埋葬死羊的坑洞中，希里和杰洛特找回他的尸体重新安葬，其他居民虽然鄙视史凯裘，但也不敢亵渎坟墓。（玩家也可选择时间有限，不带希里去找史凯裘。这个选择也将对后续剧情产生深远影响。）
各方面都已经准备好，恩希尔也派出部队协助杰洛特一行人。阿瓦拉克制定了对抗狂猎的计划，一旦启用太阳石，狂猎的舰队就会受召唤而来，女术士们会在岸上施展魔法防止狂猎传送逃走，而帝国的海军则阻挡他们出海逃离。杰洛特的任务是带领帝国部队等上狂猎的战舰，杀死艾瑞汀。阿瓦拉克严禁希里参与战斗，这让希里非常不满但也没办法。
计划原本进行地很顺利，但卡兰希尔的魔法使得海面和船只全部冻结。阿瓦拉克迫不得已同意希里去阻止卡兰希尔施法。希里拼尽全力击碎了卡兰希尔的魔杖，在最后关头传送走了。而杰洛特从冰冻中苏醒继续与卡兰希尔作战，卡兰希尔带杰洛特传送到了海底想要同归于尽，但杰洛特还是游回来了。艾瑞汀的纳吉尔法号找到了精疲力竭的希里，而史凯利杰的各大领主及时出现掩护希里逃走，他们相信传说中的终末之战已经到来。克拉奇也直接面对艾瑞汀，他奋力作战直至死亡。杰洛特此时也来到了艾瑞汀面前，一番激战过后，他终于杀死了这个纠缠多年的敌人，但艾瑞汀却说大家都被阿瓦拉克骗了，他才是真正想要带走希里的人。
叶奈法将杰洛特传送到了安全的地方，但希里和阿瓦拉克却不见了。而远处的高塔之上竟然打开了传送门，各种怪物不断涌入这个世界，这意味着天球交会又开始了，而严寒也在史凯利杰肆虐，白霜的纪元也已经到来。叶奈法和杰洛特知道一定是阿瓦拉克利用了希里，拼命向高塔跑去。叶奈法为杰洛特打开了阿瓦拉克的屏障，杰洛特也终于见到了阿瓦拉克和希里。出乎意料，是希里让阿瓦拉克打开了传送门，她在流转于各个世界时见过无数被白霜毁灭的世界，知道只有自己才能真正阻止白霜的降临。虽然很不舍，但杰洛特还是送希里进入了高塔中的传送门。
一片白茫茫大地上，希里一边艰难前进，一边回想着这些时间和杰洛特的回忆。而在高塔中的杰洛特，也感觉到了白霜的停止……
巫师3的结局根据玩家在游戏过程中做出的选择有多重组合。
白霜被阻止之后，希里终究没有再回来。杰洛特再次回到了威伦的沼泽找到了最后的老巫妪织婆，在奋战杀死织婆后，杰洛特冲进了老巫妪的房子，翻找着希里带在身边的维瑟米尔的徽章。找到徽章后，他呆呆地坐在原地，深深地思念着希里，而沼泽中无数的食尸鬼和水鬼已经将他包围……（如果没有给希里留下至少三个美好回忆则进入这个结局。美好回忆包括陪希里扔雪球、不陪希里去见女术士们，陪希里大闹阿瓦拉克的工作室、陪希里埋葬史凯裘。虽然这个结局中暗示希里离开杰洛特死去，但我反而认为这个结局是最深刻的。不但回收了老巫妪的伏笔，也正如维瑟米尔葬礼时杰洛特所说，没有一个狩魔猎人是在床上安然去世的，有一种悲怆感。其实是因为我一周目打出了这个结局。）
白霜被阻止之后，杰洛特把希里死于阻止白霜的消息告诉给了恩希尔。杰洛特又回到了白果园，他委托铁匠打造了一把狩魔猎人银剑。而在酒馆中等他的人正是希里，杰洛特把银剑赠送给希里，也意味着她正式成为了一名狩魔猎人。后来，一个灰白头发的女性狩魔猎人的传说流传世间。（留下至少三个美好回忆，并不带希里去见恩希尔。）
白霜被阻止之后，杰洛特带希里在雪中狩猎怪物，炸鱼，玩耍，直到远方的尼弗迦德军队来迎接。在和恩希尔谈过之后，希里知道自己难逃继承皇位的命运。虽然不舍，但杰洛特知道这也是希里自己的选择，他接过希里的剑，看着她随尼弗迦德的军队远去。（留下至少三个美好回忆，并带希里去见恩希尔，且达成下面尼弗迦德在战争中获胜的条件。）
没有了拉多维德，恩希尔率领尼弗迦德大获全胜，几乎统一了整个北方。而在国内，恩希尔又彻底肃清了反对派。正如和罗契他们约定的那样，泰莫利亚成为了尼弗迦德的诸侯国，白果园的酒馆又挂上了泰莫利亚的盾徽，银百合在金太阳的照耀下再次绽放。（刺杀拉多维德，并且帮助罗契等人抵抗迪科斯彻。）
拉多维德被刺杀，尼弗迦德却也无法在战场上取胜，迪科斯彻从幕后走上台前成为了瑞达尼亚的总理，击退了尼弗迦德。他效仿尼弗迦德的制度，开拓殖民，发展工业，为下一场战争做好准备。战场上的失败证明恩希尔并非无敌，最终倒在了国内反对派手上。（刺杀拉多维德，并放任罗契等人被迪科斯彻杀死。）
拉多维德虽然多疑残暴，但却精通军事，不仅击退了尼弗迦德，还几乎统一了整个北方。但也将他的血腥统治带给了北方其余土地，各类术士和非人类种族都无法幸免。战场上的失败证明恩希尔并非无敌，最终倒在了国内反对派手上。（不进行刺杀拉多维德的任务。）
虽然尼弗迦德的军队被击退，但哈尔玛依然带领人民定期掠夺尼弗迦德船队。（宴会上帮助哈尔玛。）
在凯瑞丝的带领下，史凯利杰的人民不再劫掠，而是走上了一条和平与发展的道路。（宴会上帮助凯瑞丝。）
出乎所有人的意料，斯凡瑞吉成为国王后并没有沦为碧儿娜的傀儡，他依靠铁腕统治在史凯利杰群岛建立了世袭的君主制。（宴会上不作为。）
杰洛特和叶奈法隐居山林，不问世事，当然也少不了独角兽。（对叶奈法表示一直有真爱，不挽留特莉丝。）
杰洛特和特莉丝来到科维尔定居，特莉丝受邀成为科维尔的王室顾问，杰洛特出于习惯偶尔还会猎杀怪物。（挽留特莉丝，并对叶奈法表示不再有感觉。）
杰洛特的生活照旧，还是孤独一人靠猎杀怪物为生。（同时满足或同时不满足挽留特莉丝，并对叶奈法表示还有真爱。）
