真核RNA聚合酶有三种,它们分别是什么酶

本申请涉及一种基于hiv-1的vpu和rev-rre元件的t7rna聚合酶(t7rnap)和t7启动子表达系统,该表达系统可用于在真核细胞中持续稳定高效地表达蛋白。

t7表达系统已被广泛地应用于蛋白质的表达,其中在原核生物中的应用最为普遍(参见,专利文献1)。最典型的代表是novagen公司研发的pet系列质粒,这类质粒目前已被广泛地应用在大肠杆菌中高效地表达蛋白质。

对于真核生物,有研究者利用酵母菌株开展了t7表达系统的研究,但却没有得到积极的结果,只检测到t7rnap的表达,没有检测到t7启动子控制的目的蛋白的合成(参见,非专利文献1和2)。

还有研究者在哺乳动物细胞中以病毒(如牛痘病毒)作为载体构建存在于细胞质中的t7表达系统,存在于细胞质中的牛痘病毒载体会随着细胞分裂而丢失;同时,大量复制的牛痘病毒最终也会杀死宿主细胞。因此,该t7表达系统只能实现蛋白质在细胞质中的瞬时表达,难以实现持续稳定地表达目标蛋白(参见,非专利文献1和3)。

为实现真核细胞内持续稳定地表达蛋白质,关键点在于将细胞核内转录后再加工的真核mrna通过核膜成功转运至细胞质,然后才能实现mrna在细胞质内翻译成蛋白质。但是,由于细胞核内t7rnap转录出的mrna没有5′帽子结构和3′poly(a)尾巴,不能被运输出细胞核,因此影响了细胞质内蛋白质的翻译合成,不能高效表达蛋白质。

对于t7rnap转录的缺乏5′cap结构的mrna,有研究发现,在细胞质内利用ires结构可以帮助缺乏5′cap结构的真核生物mrna翻译合成蛋白质(参见,非专利文献4),但是,该研究并未涉及细胞核内的t7rnap转录的缺乏5′cap结构的mrna运输到细胞质的问题。同样,还有研究表明,在t7启动子启动的转录单元中添加真核生物终止子序列可以帮助t7rnap转录产物产生3′poly(a)尾巴(参见,非专利文献5),但是该研究也未解决如何将缺乏5′cap结构的mrna从细胞核运输到细胞质的问题。

本发明主要解决真核生物中t7表达系统转录的无5′cap结构的mrna跨核膜运输到细胞质,连续稳定高效地表达重组蛋白的问题。

本发明人发现,人类免疫缺陷病毒(hiv-1)逆转录病毒基因组上存在编码rev蛋白的基因,与rev蛋白特异性结合的rna称为rev响应元件(rev-responsiveelement,rre)。rev蛋白可以结合rre,通过与剪接因子、剪接体相互作用抑制剪接,同时与核孔蛋白相互作用,将带有rre的不完全剪接mrna从细胞核运至细胞质。

hiv-1逆转录病毒还编码小的调节蛋白,其中vpu蛋白是由81个氨基酸寡聚形成的膜蛋白,折叠成两个不同的结构域,即n端跨膜疏水性结构域和c端细胞质结构域。由于具有该结构,vpu蛋白以寡聚体形式穿入细胞膜形成通道,能够改善细胞膜的通透性。

核定位信号(nuclearlocalizationsingal,nls)通常为短的氨基酸序列,它能辅助目标蛋白进入细胞核,核定位信号的引入可以使蛋白进入细胞核。当在膜蛋白上游添加nls,膜蛋白会定位在细胞核核膜上。

本发明人基于以上事实,为解决t7表达系统转录mrna跨核膜转运到细胞质的问题,提出如下两种设计方案:

1)在t7表达系统中引入hiv-1逆转录病毒中的rev-rre调控元件,rev蛋白可以特异性结合rre序列,将带有rre序列的缺乏5`cap结构t7rnap转录的mrna从细胞核运输至细胞质;

2)在t7表达系统中引入带有核定位序列的vpu基因,使其蛋白定位在细胞核核膜上,从而改变核膜的通透性,使t7rnap转录的产物通过渗透扩散进入细胞质。

上述设计方案对于所适用的真核生物不进行特别限制,只要能实现t7rnap转录的缺乏5′cap结构的mrna跨核膜运输到细胞质即可。优选地,适用于酵母、哺乳动物、昆虫。更优选地,适用于酿酒酵母(sachromycescerevisiae)、毕赤酵母(pichiapastoris)、马克斯鲁维酵母(kluyveromycesmarxianus)、仓鼠、人肾细胞、人hela细胞、cho、cos、bhk、sp2/0、nih3t3、蚕、果蝇。最优选地,适用于酿酒酵母(sachromycescerevisiae)和人hela细胞。

优选地,针对不同的真核生物可使用如下两种表达系统:

(一)对于酵母,构建基于hiv-1的vpu的t7表达系统。

(二)对于哺乳动物,构建基于hiv-1的vpu或rev-rre元件的t7表达系统。

为验证上述t7表达系统在真核生物中是否表达目标蛋白,本发明使用了潮霉素抗性蛋白(hph)、nanoluc萤光素酶(nluc)或增强型绿色荧光蛋白(egfp),将其构建于t7启动子启动的转录单元。

验证实验证明了上述两种设计方案的合理性,两种t7表达系统均实现了预期的效果。结果表明,vpu蛋白起到了改变核膜通透性的作用,帮助t7rnap转录的mrna出核,完成了翻译过程;携带rre的mrna也与rev蛋白结合,帮助t7rnap转录的mrna出核,完成了翻译过程。

具体地,本发明的技术方案包括如下:

[1]、一种t7rna聚合酶和t7启动子的表达系统,其中,所述表达系统包含hiv-1逆转录病毒中的vpu蛋白和/或rev-rre调控元件。

[2]、根据[1]所述的表达系统,其中,所述t7rna聚合酶由seqidno:1所表示的序列编码。

[3]、根据[1]或[2]所述的表达系统,其中,所述t7rna聚合酶的基因还含有核定位序列。

[4]、一种使用t7rna聚合酶和t7启动子的表达系统在真核生物中表达蛋白质的方法,其中,所述表达系统包含hiv-1逆转录病毒中的vpu蛋白和/或rev-rre调控元件。

[5]、根据[4]所述的方法,其中,所述方法包括:

1)合成所述带有核定位序列的t7rna聚合酶基因序列,所述t7rna聚合酶由seqidno:1所表示的序列编码,将所述带有核定位序列的t7rna聚合酶基因插入到整合型载体中;

2)将所述整合型载体线性化,回收线性化片段,转化到真核菌株中,通过抗性筛选得到基因组上整合了带有核定位序列的t7rna聚合酶基因的真核重组菌株;

3)构建具有携带核定位序列的vpu基因的载体,以含有目标蛋白基因的质粒为模板扩增包含有t7启动子的目标蛋白dna片段,回收所述包含有t7启动子的目标蛋白片段,将其插入具有前述携带核定位序列的vpu基因的载体中,得到含有所述vpu基因和目标蛋白基因的载体;和

4)将3)得到的所述载体转化到2)中的真核重组菌株中,构建基于hiv-1逆转录病毒中的vpu蛋白的t7rna聚合酶的表达系统。

[6]、根据[4]所述的方法,其中,所述方法包括:

1)构建表达t7rna聚合酶和rev的载体,所述t7rna聚合酶由seqidno:1所表示的序列编码;

2)将含有t7启动子、t7终止子、ires、rre和目标蛋白基因的dna片段转移至所述载体,构建能够表达t7rna聚合酶、rev和目标蛋白的载体;

3)用2)中构建的载体进行转染,完成慢病毒包装;和

4)用所述慢病毒感染目标真核细胞,通过抗性筛选得到目标转化子,通过验证目标蛋白确定所述表达系统。

[7]、根据[4]所述的方法,其中,所述方法包括:

1)构建表达t7rna聚合酶和vpu的载体,所述t7rna聚合酶由seqidno:1所表示的序列编码;

2)将含有t7启动子、t7终止子、ires和目标蛋白基因的dna片段转移至所述载体,构建能够表达t7rna聚合酶、vpu、目标蛋白的载体;

3)用2)中构建的载体进行转染,完成慢病毒包装;和

4)用所述慢病毒感染目标真核细胞,通过抗性筛选得到目标转化子,通过验证目标蛋白确定所述表达系统。

[8]、根据[6]所述的方法,其中,在所述步骤1)中,选取哺乳动物的启动子作为表达t7rna聚合酶和rev的启动子,构建含有2a或者ires的真核多顺反子结构,得到同时表达t7rna聚合酶和rev的载体。

[9]、根据[7]所述的方法,其中,在所述步骤1)中,选取哺乳动物的启动子作为表达t7rna聚合酶和vpu的启动子,构建含有2a或者ires的真核多顺反子结构,得到同时表达t7rna聚合酶和vpu蛋白的载体。

[10]、根据[4]~[9]任一项所述的方法,其中,使用潮霉素抗性蛋白、nanoluc萤光素酶或增强型绿色荧光蛋白验证所述表达系统表达的目标蛋白。

[12]、根据[1]~[11]任一项所述的方法,其中,所述真核生物为酵母、哺乳动物或昆虫。

本发明通过构建基于hiv-1的vpu和/或rev-rre元件的t7表达系统,显著改善了t7rnap转录的缺乏5′cap结构的mrna从细胞核跨膜向细胞质的运输,促进其翻译合成蛋白质,实现了基于t7表达系统的重组蛋白在真核细胞内的持续稳定高效地表达。

图1为ps-t7rnap质粒构建的示意图。

图3为ps-hph质粒构建的示意图。

图4为ps-vpu质粒构建的示意图。

以下结合实施例进一步解释本发明,需要说明的是,以下实施例仅用于说明本发明,本发明的保护范围不限于此。

细胞株:293t细胞,购自北京北纳创联生物技术研究院;hela细胞,购自北京北纳创联生物技术研究院。

培养基:ypd培养基,购自北京索莱宝科技有限公司;sd-ura培养基,购自北京索莱宝科技有限公司;deme培养基,购自北京索莱宝科技有限公司;opti-mem减血清培养基购自北京索莱宝科技有限公司。

试剂:胎牛血清(fbs),购自北京全式金生物技术有限公司;10×pbs缓冲液,购自北京索莱宝科技有限公司;luciferaseassaysystem试剂盒,购自普洛麦格北京生物技术有限公司;无缝克隆试剂盒(infusion),购自中美泰和生物技术(北京)有限公司;fugene9,购自北京索莱宝科技有限公司;山梨醇,购自北京索莱宝科技有限公司;潮霉素b,购自北京索莱宝科技有限公司;嘌呤霉素,购自北京索莱宝科技有限公司。

<质粒和载体的构建以及蛋白的表达方法>

需要说明的是,本申请中涉及的常规的质粒和载体的构建、蛋白的表达方法以及慢病毒包装等方法,可参照本领域公知的分子生物学及遗传学方法,例如,可参照“本领域的常规生物学方法”、“最新分子生物学实验方法汇编(currentprotocolsinmolecularbiology,wiley出版)”、“分子克隆实验指南(molecularcloning:alaboratorymanual,冷泉港实验室出版)”等公开出版物中记载的相应方法。

<实施例1>基于hiv-1vpu蛋白的t7表达系统在酿酒酵母中的构建和表达

将质粒ps-t7rnap使用sfiⅰ核酸内切酶线性化。回收线性化质粒片段,电转入酿酒酵母菌株by4741,通过遗传霉素g418抗性筛选得到整合了t7rnap基因的酿酒酵母重组菌株by4741(ho::nls-t7rnap)。为了确保是阳性转化子,提取该酿酒酵母重组菌株和空白菌株的基因组并用特定引物ho3验证t7rnap基因是否正确插入到酿酒酵母基因组ho区域上,验证结果如图2。

ho3的核苷酸序列如下:

对照组扩增出来的大小为2947bp的片段,表明没有插入片段,而实验组扩出了7672bp的片段,说明所述t7rnap基因成功插入到了酿酒酵母by4741染色体上。

根据提供的基因序列合成pt7-ires-hph片段,pt7序列为seqidno:6所示的序列,hph的序列为seqidno:7所示的序列,tt7序列为seqidno:8所示的序列,将此片段通过无缝克隆的方法插入到载体pesc-ura中,完成质粒ps-hph的构建,构建流程如图3。同时,将携带核定位序列(nls)的vpu基因(如seqidno:9所示)插入载体pesc-ura中gal双向启动子的下游,构建质粒ps-vpu,构建流程如图4。

最后将回收的pt7-ires-hph片段同样采用无缝克隆的方法插入质粒载体ps-vpu,构建质粒ps-vpu/hph,载体构建过程如图5。

酿酒酵母感受态的制备过程如下所示:

(1)从平板上挑单一酵母菌落于5ml的ypd液体培养基中,30℃下培养12h。再从中吸取500μl培养液至50ml的ypd液体培养基,继续30℃培养18-24h至od600=2左右即可。

(2)菌液转至灭菌的50ml离心管,5000rpm离心5min后去上清,然后用30ml的预冷灭菌水重悬菌体,然后5000rpm离心5min去上清。

(3)用20ml预冷灭菌的1m山梨醇重悬菌体,去上清。最后再使用200μl-500μl的1m山梨醇重悬细胞转移至1.5ml离心管,即得到酿酒酵母感受态细胞。每次做酵母转化时都需制备新鲜的感受态以保证高转化率。

酿酒酵母电转转化步骤如下:

(1)取3~5μl的线性质粒或质粒(浓度≥300ng/μl)和40μl的酿酒酵母感受态细胞于预冷过的1.5ml离心管混合均匀,并转移至2mm的电转杯中,冰上预冷5min。

(2)用纸擦净电转杯上的水滴,采用电转仪在1500v的电击强度下电击。

(3)在电转杯中加入1ml的ypd培养基,轻轻悬浮转移至灭菌的1.5ml离心管,30℃下静置复苏2h。待复苏后,用灭菌水清洗3遍,涂适量的细胞于相应的平板上。30℃下培养2-3天直至出现单菌落。

5.所构建的t7表达系统在酿酒酵母中表达重组蛋白效果的检测

控制t7rnap基因表达的是gal启动子,该启动子需要在以半乳糖为碳源的诱导条件下所表达,所以酿酒酵母重组菌株可首先在sd-ura中培养24h后再用sg-ura诱导培养48h,否则t7rna聚合酶不会参与t7表达系统发挥自身的功能。

潮霉素抗性蛋白(hph)报告基因在酿酒酵母重组菌株中的表达检测

<菌落大小和生长状态>

nanoluctm萤光素酶(nluc)报告基因在重组酿酒酵母菌株中的表达检测

将上述三株菌株分别进行如下操作:在sd-ura液体培养基中培养24h后,按1%的接菌量转接到sg-ura液体培养基中培养至一定浓度后,离心收集菌体,用过滤除菌的pbs洗涤3次,重悬于无菌的pbs。

检测方法:将nano-glotm底物与试剂盒提供的裂解缓冲液以1:50稀释,并与酵母细胞以1:10混合,转移200μl样品到白色96孔板中,立即使用多功能酶标仪的luminescence模式测定生物发光强度,200μl样品转移到96孔透明板用于测定od600。为了比较不同菌之间的差异,实验中的平均生物发光强度用生物发光强度除以od600。样品在测定之前要稀释到合适的浓度(od600=0.3~0.8),结果如图8所示。

图8中可以看出,不含萤光素酶基因的对照菌株(以control表示)基本没有检测到生物发光信号,携带vpu基因的菌株by4741(ho::nls-t7rnap,ps-vpu/nluc)(以yvpu-nluc表示)生物发光强度是不携带vpu基因的菌株by4741(ho::nls-t7rnap,ps-nluc)(以ynluc表示)的2.0倍。该结果表明vpu蛋白提高了细胞核核膜的通透性,从而促进t7rnap转录的mrna跨膜运输到细胞质中,因此比未携带vpu蛋白的t7表达系统合成更多的蛋白质,实现了高效表达重组蛋白的目的。

增强型绿色荧光蛋白(egfp)报告基因在重组酿酒酵母菌株中的表达检测

对上述三株菌株分别进行如下操作:在sd-ura液体培养基中培养24h后,按1%的接菌量转接到sg-ura液体培养基中培养至一定浓度后,离心收集菌体,用无菌水洗涤3次,重悬于无菌水,通过多功能酶标仪检测荧光基因表达,结果如表1和图9所示。

表1不同酿酒酵母重组菌株的平均荧光强度

<实施例2>基于hiv-1rev-rre调控元件的t7表达系统在哺乳动物细胞中的构建和表达

2.293t细胞包装慢病毒,感染人hela细胞

将上述所构建载体pmscvpuro-t7rnap-nluc-rre和pmscvpuro-t7rnap-rev-nluc-rre转染293t细胞,完成慢病毒包装。通过嘌呤霉素筛选成功转化的转化子。具体操作参照以下293t细胞包装慢病毒及慢病毒感染目的细胞的步骤。

293t细胞包装慢病毒过程如下所示:

(1)当细胞生长至九成满时,弃去细胞培养基,用无菌pbs轻柔润洗一次,加入1ml0.25%胰酶消化。在显微镜下观察到细胞被消化变圆后,弃去胰酶,加入10%fbs的dmem培养基重悬293t细胞,计数5×105个细胞分至6孔细胞培养板的每个孔。

b:准备目标质粒和包装载体质粒:

c:将上述准备的质粒混合液滴加到opti-mem与fugene9的混合液中,室温静置20min;在接种有细胞、含100μl培养基的6孔板的每个孔中加入2–10μl上述混合物。吹吸或使用振荡器振荡10~30s进行混匀,将细胞放回培养箱继续培养。

d:6~8h后对293t细胞换液,注意加液时,不要吹起细胞(沿着皿壁,轻轻地加新培养液),置37℃细胞培养箱中继续培养48h。

(3)目的细胞的铺板:

目的细胞需要提前一天铺板至六孔细胞培养板中(细胞接种个数是2×105~3×105个),以保证感染时的密度为30~40%;同时准备一个不感染病毒的对照组。第二天弃上清液,加入含有病毒的培养基进行感染。

(4)慢病毒液的收集:

转染48h后(此时长满293t细胞),收集上清液于15ml离心管中,3000rpm离心20min,将上清液用0.45μm滤头过滤。再向六孔板加适量培养液,24h之后,可以再次收集上清液,按照每次用量分装,保存于-80℃冰箱中。

慢病毒感染目的细胞(人hela细胞)的步骤如下:

(1)配置3ml培养基1640(10%fbs),然后加入3ml病毒上清液(剩余的病毒上清液放-80℃冰箱中保存),24h之后补加4ml1640培养液,保证细胞处于良好状态;

(2)细胞培养板置于细胞培养箱中再培养24h;

(3)48h后,弃上清,更换新鲜培养基6~8ml,并加入相应浓度的嘌呤霉素筛选,杀死未转入dna的细胞;

(4)72h后,选择阴性对照组全部死亡且转染dna组有适量存活的细胞进行单克隆培养,将孔内细胞用有限稀释法分单个细胞到细胞培养用96孔板继续培养。

(5)培养10d左右,挑选细胞单克隆,进行检测。

3.所构建的t7表达系统在哺乳动物细胞中表达重组蛋白效果的检测。

nluc报告基因在人hela细胞株中的表达检测

野生人hela细胞株作为对照,用胰蛋白酶消化野生hela细胞和感染慢病毒的细胞至悬浮,用无菌pbs洗涤3次,并将细胞重悬于无菌pbs。

检测方法:将底物与试剂盒提供的裂解缓冲液以1:50稀释,并按1:10的比例与细胞混合,转移200μl样品到白色96孔板中,立即使用多功能酶标仪的luciferase模式测定生物发光,结果如图12所示。

从图12中可以看出,野生人hela细胞株(以w表示)基本没有检测到生物发光信号。携带rev-rre元件的人hela细胞株(以w-rev-t7rp表示)生物发光强度是不携带rev-rre元件的人hela细胞株(以w-t7rp表示)生物发光强度的4.3倍,说明携带rre元件的mrna可以与rev蛋白结合,促进t7rnap转录的mrna出核,完成翻译过程,连续稳定地表达目标蛋白。

<实施例3>基于hiv-1vpu蛋白的t7表达系统在哺乳动物细胞中的构建和表达

选取人源磷酸甘油酸激酶基因的启动子pgk1作为表达t7rnap和vpu的启动子,t7rnap和vpu蛋白的表达通过2a或者ires连接来实现,最终构建得到pmscvpuro-t7rnap-vpu。以2a连接为例,构建流程如图13所示。

2.293t细胞包装慢病毒,感染人hela细胞

将上述所构建载体pmscvpuro-t7rnap-nluc和pmscvpuro-t7rnap-vpu-nluc转染293t细胞,完成慢病毒包装。通过嘌呤霉素筛选成功转化的转化子,具体操作参照实施例2中293t细胞包装慢病毒及慢病毒感染目的细胞的步骤。

3.所构建的t7表达系统在哺乳动物细胞中表达重组蛋白效果的检测。

nluc报告基因在人hela细胞中的表达检测

野生人hela细胞株作为对照,用胰酶消化野生人hela细胞和感染慢病毒的细胞至悬浮,用无菌pbs洗涤3次,并将细胞重悬于无菌pbs。

检测方法:将底物与试剂盒提供的裂解缓冲液以1:50稀释,并按1:10的比例与细胞混合,转移200μl样品到白色96孔板中,立即使用多功能酶标仪的luminescene模式测定生物发光,结果如图15所示。

从图15可以看出,野生人hela细胞株(以w表示)基本没有检测到生物发光信号。携带vpu蛋白的人hela细胞株(以w-vpu-t7rp表示)生物发光强度是不携带vpu蛋白的人hela细胞株(以w-t7rp表示)生物发光强度的4.5倍,说明vpu蛋白可以提高细胞核核膜通透性,帮助t7rnap转录的mrna出核,完成翻译过程,实现连续稳定高效地表达目标蛋白。

<实施例4>基于rev-rre的t7表达系统在酿酒酵母与人hela细胞中表达蛋白的差异

参照实施例1构建适用于酿酒酵母的基于rev-rre的t7表达系统,首先将rev基因片段(参见,序列表中的seqidno:3)插入载体pesc-uragal双向启动子的下游,构建质粒载体ps-rev。合成pt7-ires-egfp-rre片段,用无缝克隆的方法将前述片段插入质载体ps-rev,构建质粒ps-rev/egfp/rre,载体构建过程如图16所示。参照实施例1中4的方法构建酿酒酵母菌株by4741(ho::nls-t7rnap,ps-rev/egfp/rre)。参照实施例2以egfp为报告基因,构建适用于人hela细胞的基于rev-rre的t7表达载体pmscvpuro-t7rnap-rev-egfp-rre,构建过程如图17所示。以增强型绿色荧光蛋白(egfp)为报告基因按照实施例1的方法进行测定,比较基于rev-rre调控元件的t7表达系统在酿酒酵母和人hela细胞中表达重组蛋白的作用,结果如表2所示。

表2酿酒酵母与人hela细胞的平均荧光强度

从表2可以看出,基于rev-rre调控元件的t7表达系统,在酿酒酵母中control1和yrev-rre-egfp间荧光强度差异不大,说明yrev-rre-egfp基本没有绿色荧光蛋白的表达。在人hela细胞中,w-t7rp-rev-egfp-rre的荧光强度是control2的21.3倍,说明基于rev-rre元件的t7表达系统在哺乳动物细胞的蛋白表达优于酿酒酵母。

本申请开发了一种用于真核生物生产蛋白质的表达系统,通过hiv-1vpu膜蛋白和rev-rre调控元件帮助t7rnap转录的缺乏5′cap结构的mrna运输到细胞质,从而实现在真核细胞中持续稳定高效地表达重组蛋白。

<120>一种t7rna聚合酶和t7启动子的表达系统及使用其在真核生物中表达蛋白质的方法

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第九单元遗传信息的传递

第一节DNA的生物合成

DNA生物合成有DNA**和反转录两种方式。

DNA**是指遗传物质的传代。

**是指以母链为模板合成子链DNA的过程。

**的分子基础是碱基配对规律和DNA双螺旋结构

**的化学本质是酶促的生物细胞单核苷酸聚合。

DNA合成时,母链DNA解开为两股单链,各自作为模板按碱基配对规律,合成与模板互补的子链。子代细胞的DNA,一股单链从亲代完整的接受过来,另一股单链则完全重新合成,这种**方式为半保留**。

DNA**时,两条子链合成的情况不同,一条链连续合成,另一条链不连续合成。

以**叉向前移动的方向为标准,一条模板链是5’到3’走向,在其上DNA能连续合成;另一条链模板链是3’到5’走向,在其上DNA也是5’到3’方向合成,但与**叉方向正好相反,所以随着**叉的移动,形成许多不连续的片段,最后连成一条完整的DNA链。因此,这种**方式为不连续**。

**起始点:DNA**在DNA特定的位点起始,叫**起始点。

原核生物只有一个**起始点(单点**),真核生物可有多个**起始点(多点**)。

**子:**起始点到**终点形成一个**单位。

原核有一个**子,真核有多个**子,**子之间形成“眼睛”结构。

(一)DNA聚合的参与物

2.模板:DNA两条链分别做模板

3.引物:小段寡核苷酸,多为RNA(提供3’-0H末端)

4.多种酶:DNA聚合酶、引物酶或RNA聚合酶、解螺旋酶、DNA拓扑异构酶、单链DNA结合蛋白

1.原核生物DNA聚合酶

(1)原核生物DNA聚合酶有三种:

DNA聚合酶I:切除引物、填补空隙,在修复合成中起主要作用

DNA聚合酶Ⅲ:在**中起主要作用的聚合酶

(2)用蛋白水解酶将DNApoII部分水解可得两个片段:

大片段(Klenow片段),75kD,活性:5’--3’聚合活性、3’--5’外切活性;

小片段,36kD,活性:5’--3’外切活性。

2.真核生物DNA聚合酶

(1)真核生物**延长中起主要催化作用的是DNA聚合酶δ。

(2)真核生物**中起校读、修复和填补引物缺口作用的聚合酶是DNA聚合酶ε。

3.DNA聚合酶的反应特点

(2)反应需要接受模板的指导,不能催化游离的dNTP的聚合;

(3)反应需有引物3’-0H存在;

(5)产物DNA的性质与模板相同。

(6)有校正纠错的功能

(三)引物酶或RNA聚合酶

细胞内,DNA的**需要引物(DNA或RNA),引物酶或RNA聚合酶可合成6~10个碱基的RNA引物。

大肠杆菌的解螺旋酶利用ATP供能,使DNA双链解开成两条单链。

(五)DNA拓扑异构酶

松解超螺旋、防止打结。

拓扑异构酶I和Ⅱ,广泛存在于原核生物和真核生物。

(1)拓扑异构酶I:使DNA的一条链发生断裂和再连接,反应无须供给能量,主要集中在活性转录区,与转录有关。

(2)拓扑异构酶Ⅱ:使DNA的两条链同时断裂和再连接,当它引入超螺旋时需要由ATP供给能量。

(六)单链DNA结合蛋白

**叉上的解螺旋酶,沿双链DNA前进,产生单链区,大量的单链DNA结合蛋白与单链区结合,阻止重新生成双链和保护单链DNA不被核酸酶降解。即**中维持模板的单链状态并保护单链的完整。

通过形成磷酸二酯键,连接在互补基础上的双链DNA上的切口。

三、DNA生物合成过程

DNA解旋、解链、形成**叉

参与酶:拓扑异构酶、解链酶(解螺旋酶)、单链结合蛋白(SSB)

**起始点:DNA**在DNA特定的位点起始,叫**起始点。原核生物只有一个**起始点,真核生物可有多个**起始点。

(1)**叉在**DNA双螺旋分子的分叉处。

(2)引物酶按着单链碱基互补合成RNA引物。

原核生物**时的RNA引物较长,真核生物的引物较短。

(3)引发体将与**有关的基因命名为Dna,

DnaB是解旋酶,DnaG是引物酶。

DnaA,DnaB,DnaC,DnaG和其他一些**因子组成聚合体,再和DNA结合组成引发体。除去DnaG的聚合物叫引发前体,前体可反复和引物酶结合,合成引物。

**需同时满足两条链反向平行、新链从5’→3’延长、边解链边**。

**的延长指在DNA-pol催化下,dNTP以dNMP的方式逐个加入引物或延长中的子链上,即按碱基互补原则新链不断的延长。

1.新合成链的延长方向:5’端→3’端。

2.碱基配对双链反向平行:A—T,T—A,G—C,C—G。

3.半不连续**:先导链(领头链)连续合成、随从链分段合成。(写字板)

**时两条链分别作模板,但方向相反。

新链合成方向与母链解链方向相同—连续合成—领头链

新链合成方向与母链解链方向相反—不连续合成—随从链,合成冈崎片段。

4.冈崎片段:**中不连续片段被命名为冈崎片段。随从链中的DNA片段。

原核生物的冈崎片段较长,真核生物的冈崎片段较短。

是环状DNA,单**子**。从起始点开始进行双向**各进行1800,同时在终止点上汇合。

去除引物,填补空隙,连接冈崎片段形成完整DNA分子

(1)染色体线性DNA分子末端有端粒结构,需端粒酶完成终止。

(2)端粒酶:由RNA和蛋白质组成,RNA作为模板,蛋白组分催化末端DNA合成,故端粒酶实质上属于一种特殊的反转录酶。

反转录是指以RNA为模板,即按照RNA中的核苷酸顺序合成DNA的过程。

这与通常转录过程中遗传信息流从DNA到RNA的方向相反。

(一)反转录病毒和反转录酶

1.RNA病毒的基因组是RNA而不是DNA,其**方式是反转录,也称反转录病毒。

2.反转录的信息流动方向:RNA--DNA

RNA依赖的DNA聚合酶活性、DNA依赖的DNA聚合酶活性、RNA水解酶活性。

揭示了反转录病毒的致癌机制;

为基因工程提供工具和思路。

第二节RNA的生物合成

一、RNA的生物合成(转录)的概念

转录是以DNA的一条链为模板,4种NTP为原料,在DNA指导的RNA聚合酶(DDRP)作用下,按碱基配对规律生成RNA链。

二、转录体系的组成及转录过程

1.原料、RNA聚合酶及其他蛋白因子。

转录是以DNA的一条链为模板。

(1)模板链(Watson链):是双链DNA中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链。

(2)编码链(Crick链):与模板链互补的单链,其碱基序列与mRNA基本相同(只有T和u的差别)。

转录的碱基互补规律:A-U、T-A、C-G

在DNA分子双链上,一股链用作模板指引转录,而另一股链不转录;

模板链并不总是在同一单链上。

原核生物的RNA聚合酶可被利福平抑制

(2)真核生物RNA聚合酶

有多种,不同RNA由不同聚合酶催化生成。

1)RNA聚合酶I………………转录生成rRNA

2)RNA聚合酶Ⅱ………………转录生成mRNA前体

3.模板与酶的辨认结合:

原核生物以RNA聚合酶全酶结合到DNA的启动子上来启动转录,其中由σ亚基辨认启动子,其他亚基相互配合。

转录过程包括起始、延长、终止。

原核生物和真核生物的RNA-pol种类不同,结合模板的特性不一样,转录起始过程有较大区别。

(1)s因子辨认转录起始点,RNA聚合酶与模板结合

转录起始部位也称启动子。

启动子是在转录起始点上游的特殊碱基序列,一般包括RNA聚合酶识别、结合、起始转录的特殊序列,如TATA盒。

(2)DNA双链解开,按碱基互补掺入核苷酸

第一个磷酸二酯键生成,s亚基脱落。

(3)真核生物转录起始前复合物(PIC):

真核生物的转录起始上游区段比原核生物多样化,转录起始时,RNA-pol不直接结合模板,需要先和转录因子结合。

转录因子TFⅡD的TBP亚基结合TATA,在TFⅡA和ⅡB的促进和配合下,形成ⅡD-ⅡA-ⅡB-DNA复合体。TFⅡF结合RNA-polⅡ进入启动子的核心区TATA,、接着TFⅡE和TFⅡF进入而完成PIC的装配。

链延长方向:5’端--3’端

RNA聚合酶在模板链的移动方向:3’端--5’端

碱基配对:A—U,T—A,G—C,C—G

σ因子从全酶上脱离,余下的核心酶继续沿DNA链移动,按照碱基互补原则,不断聚合RNA。

1)酶和DNA结合较松,向前滑动,按与模板碱基配对不断合成RNA。

2)转录泡:RNA聚合酶所在区,有17个碱基对解链,有12个碱基对形成DNA-RNA杂交链,前后DNA都是双链。

3)RNA聚合酶核心酶、DNA和RNA组成的复合物,也叫转录复合物。

4)为多顺反子转录(1个启动子,数个结构基因)。

5)转录后一般不需特别加工。

1)真核生物RNA聚合酶不能直接与DNA结合,需与TFⅡD等因子结合形成复合物。

2)为单顺反子转录(1个启动子,1个结构基因)。

1)依赖ρ因子(终止因子)的转录终止:ρ因子与转录产物结合,结合后ρ因子和RNA聚合酶发生构象改变,从而使RNA聚合酶停顿。

2)非依赖ρ因子的转录终止:转录产物的3’端有多个连续的u,在连续u的5’上游可形成发夹结构。

(2)真核生物mRNA在修饰点处被切断。

转录终止的修饰点:读码框架下游的AATAAA序列,及再下游有相当多的GT序列。

三、真核生物转录后修饰

转录生成的RNA是初级转录产物。真核生物mRNA转录后,需进行首尾修饰,以及对mRNA链进行剪接。

“戴帽”:5’端添加mGpppG一结构。

“加尾”:3’端添加多聚腺苷酸(polyA)结构。

2.剪接去除“内含子”和连接“外显子”

(1)内含子:隔断基因的线性表达而在剪接过程中被除去的核酸序列。

(2)外显子:在断裂基因及其初级转录产物上出现,并表达为成熟RNA的核酸序列。

3.化学修饰甲基化等。

4.RNA编辑:是遗传信息在转录水平发生改变,由一个基因产生不止一种蛋白质。

一、蛋白质的生物合成体系

氨基酸的“搬运工具”:tRNA

酶与蛋白质因子:氨基酰tRNA合成酶、转肽酶

起始因子、延长因子、终止因子

(一)翻译模板mRNA及遗传密码

1.mRNA是遗传信息的携带者,是蛋白质合成的直接模板。

(1)顺反子:遗传学将编码一个多肽的遗**位称顺反子。

(2)多顺反子:原核细胞中数个结构基因常串连为一个转录单位,转录生成的mRNA可编码几种功能相关的蛋白质。转录后一般不需特别加工。

(3)单顺反子:真核结构基因的遗传信息是不连续的,mRNA转录后需要加工,成熟才成为翻译的模板,一个mRNA只编码一种蛋白质。

2.mRNA上存在遗传密码。

密码子:mRNA中每3个核苷酸组成一组,代表相应的氨基酸或翻译起始、终止信号。

起始密码:5’端AUG,编码甲酰甲硫氨酸(细菌)或甲硫氨酸(高等动物)。

终止密码:UAA,UAG或UGA(不编码相应的氨基酸)。

(2)密码数量:64个,表示氨基酸的密码有61个。

编码蛋白质氨基酸序列的各个三联体密码连续阅读,密码间既无间断也无交叉。

多个密码可编码同一种氨基酸,即一种氨基酸可由多个密码表示

编码同一种氨基酸的多个密码称同义密码。

其原因是由于密码子与反密码子之间存在不稳定配对(摆动性或摇摆性)。

蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用。

反密码与密码间不严格遵守常见的碱基配对规律,称为摆动配对。

主要发生在密码子的第3位(3’端)与反密码子的第1位之间(5’端)。

tRNA反密码子第一个核苷酸(5’端)与mRNA密码子的第三个核苷酸(3’端)配对时,除A—U、G—C外,还可有U—G、I—C、I—A、I—U等。

(二)核糖体是多肽链合成的装置

(1)原核生物中的核糖体大小为70S,可分为30S小亚基和50S大亚基。由16SrRNA,5SrRNA,23SrRNA和蛋白质组成。

核糖体的大、小亚基分别有不同的功能。

(1)小亚基可与mRNA、GTP和起始氨基酰tRNA结合。

(2)大亚基具有转肽酶活性;具有两个不同的tRNA结合点

A位——受位或氨酰基位,可与新进入的氨基酰tRNA结合;

P位——各位或肽酰基位,可与延伸中的肽酰基tRNA结合。

(三)tRNA与氨基酸的活化

tRNA在蛋白质合成中携带氨基酸并保证氨基酸准确就位。

一种tRNA可携带一种氨基酸;而一种氨基酸可有数种tRNA携带,参与蛋白质的合成。

1.氨基酸的活化:氨基酸的羧基与特异tRNA结合形成氨基酰一tRNA,连接位置是tRNA的3’-C-C-A-OH,此过程由氨基酰一tRNA合成酶(特异识别氨基酸、tRNA)催化。

2.起始肽链合成的氨基酰一tRNA

原核生物:起始密码只能辨认甲酰化的甲硫氨酸。

真核生物:与甲硫氨酸结合的tRNA至少有两种。

3.通过密码和反密码的不稳定配对使氨基酸运到准确的位置。

包括启动因子、延长因子、终止因子。

二、蛋白质生物合成过程

翻译过程从阅读框架的5’一AUG开始,按mRNA模板三联体密码的顺序延长肽链,直至终止密码出现。整个翻译过程可分为起始,延长,终止。

指mRNA和起始氨基酰一tRNA分别与核糖体结合而形成翻译起始复合物。

该过程需要多种起始因子和GTP参加。(参与该过程的多种蛋白质因子称为起始因子)

1.原核生物翻译起始复合物形成

(1)核糖体大小亚基分离。

S—D序列:原核生物mRNA起始密码AUG上游约8—13个核苷酸部位,存在4—9个核苷酸的一致序列,富含嘌呤碱基,如一AGGAGG一,为核糖体结合位点。

(3)起始氨基酰一tRNA的结合(甲酰蛋氨酰-tRNA)。

(4)核糖体大亚基结合。

2.真核生物翻译起始复合物形成

(1)核糖体大小亚基分离。

(2)起始氨基酰一tRNA与小亚基结合(蛋氨酰tRNA)。

(4)核糖体大亚基结合。

根据mRNA密码序列的指导,依次添加氨基酸从N端向C端延伸肽链,直到合成终止的过程。

肽链的延长也称为**白体循环。

**白体循环:肽链延长在**白体上连续性循环式进行,每次循环增加一个氨基酸,包括以下三步:进位、成肽、转位。

指根据mRNA下一组遗传密码指导,使相应氨基酰-tRNA进入**白体A位。

碱基配对除A—u、G—c外,还可有u—G、I—c、I—A、I—u等。

是由转肽酶催化的肽键形成过程。

肽链合成方向N端→C端。

3.移位需要消耗GTP

核糖体沿mRNA从5’→3’移动一个密码的距离

肽链长度预测:起始密码AUG到终止密码之间的密码子数目。

1.当核糖体A位出现mRNA的终止密码后,终止因子(释放因子)与其结合,多肽链合成停止。

2.转肽酶起水解作用使肽链从肽酰一tRNA中释放

3.mRNA、**白体大、小亚基等分离等分离,重新利用。

释放因子RF功能:识别终止密码和诱导转肽酶改变为酯酶活性起水解作用。

进而使合成的肽链脱落并促进mRNA与核糖体分离。

在体内合成多肽链时是多**白体循环。

多肽链合成后还需要剪切、侧链修饰、亚基聚合等加工修饰才能成为有功能的蛋白质。

三、蛋白质生物合成与医学的关系

蛋白质生物合成是很多抗生素和某些毒素的作用靶点。它们通过阻断真核、原核生物蛋白质翻译体系某组分功能,干扰和抑制蛋白质生物合成过程而起作用。

抑制剂:抗生素、干扰素、毒素。

表1-1-10-1抑制蛋白质生物合成的抗生素类

抗生素抑制对象作用环节作用原理

氯霉素原核生物50S(大)亚基抑制转肽酶

四环素(金霉素等)原核生物30S(大)亚基阻碍AA-tRNA与小亚基结合

链霉素原核生物30S(大)亚基抑制起动,造成误译

***真核生物60S(大)亚基抑制转肽酶

嘌呤霉素(AA~tRNA类似物)原核、真核生物竞争结合A位促使肽链提前终止

在一定调节机制控制下,大多数基因经历基因激活、转录及翻译等过程,产生具有特异生物学功能的蛋白质分子的过程。基因表达赋予细胞或个体一定的功能或形态表型。

即基因表达就是基因转录及翻译的过程。

2.蛋白质生物合成不需要的物质是

3.关于翻译叙述正确的是

A..64个密码都可代表氨基酸

B.多肽链合成过程需要CTP参与

C.真核生物起始阶段小亚基首先与mRNA结合,

D.原核生物起起始作用的是蛋氨酰tRNA

E.每增加一个氨基酸需要进位、成肽、移位

4.蛋白质生物合成的起始密码是

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