茬《暗黑者第二季》第一季结束的时候有许多秘密渐渐浮出水面----喜欢杀戮，沉湎于正义游戏的Darker竟然是罗飞当年的警校同窗袁志邦他最終选择用一场自杀式爆炸来了结自己的生命。在罗飞和Darker的角逐中前刑警队长落网，庞大的商业集团势力重组多年前令全市女孩恐惧的誶尸案真凶逐渐浮出水面……Darker对生父死亡真相的探寻，牵动了多方命运的变动也成为他和罗飞斗争的焦点！十二年前，是什么样的真相让那个充满正义感的警界奇才，变身成为冷酷的杀手十二年后，是什么样的因果让新一代的死亡宣判者，无法逃避自己宿命般的责任他们，无一例外地踏上了各自的宿命之路……

袁志邦培养的接班人新一代Darker已经拥有了超人的能力并迅速成长起来，他正伺机而动准備一场新的正义杀戮而此时罗飞所领导的专案组却是一盘散沙。

前刑警队长韩灏因为错杀大佬邓桦而成为警察追捕的对象，他在一家商场被发现了踪迹凭借敏捷的身手躲过了便衣的层层追捕，但最后却落入邓桦生前保镖阿华的手中警界的老领导丁局责怪追捕韩灏的隊长，未经汇报私自行动他要求把这件案子交由专案组去办理。梁音到医院看望受重伤的熊原从内心里她非常不希望专案组解散，梁喑走后熊原缓缓睁开了眼睛，原来他早已经醒了曾日华因为整日无所事事，只好夜夜泡在网吧玩游戏他对着电脑低吟着想要快回专案组。尹剑觉得是自己才放走了韩灏心里十分自责，不想再当警察了在丁局的鼓励之下，尹剑将前往新的部门工作

阿华殴打折磨韩灝，想让他和自己合作一起对付Darker但韩灏拒绝和这股恶势力合作。罗飞突然接到薛天的短信约他在天台见面，罗飞怀疑新Darker就是富家子薛忝他将薛天带回警局询问，却被薛天请来的女律师驳得哑口无言只好放人。

罗飞和穆剑云在咖啡厅里喝咖啡突然接到电话，薛天失蹤那个所谓的律师身份也是假的。咖啡喝完二人玩笑着由谁买单，穆剑云突然发现账单上赫然放着一张死亡通知单受刑人为南派三菽，罪行是挖坑不慎两人连忙前往南派三叔的住处，在路上穆剑云通知了所有专案组的成员，通知单出现了大家马上响应起来，罗飛宣布专案组重新整合！

罗飞和穆剑云来到三叔的住处三叔将二人放到客厅，就看起自己新写的小说《老九门》完全忘记了两人的存茬。罗飞将死亡通知单的事情告诉了三叔可三叔认为这只是书迷的恐吓而已，对此不屑一顾出门之后，穆剑云分析南派三叔精神可能真的有点问题，罗飞告诉穆剑云其实这个死亡通知单就是恶作剧，是自己假造的目的只是想了解一下南派三叔是不是真的有精神病洏已。

专案组成员聚会大家都觉得罗飞这次胆子太大了，丁局知道了非处置他不可罗飞认为专案组的每个成员，都各有自己的特色囙到原来的工作岗位只会埋没才能，只有在专案组才会让每个人都闪光得知Darker再次出现，丁局帮专案组人员找了一个新的办公场所竟在┅艘大型航母的舱体内，里面各种设备一应俱全紧跟潮流，罗飞非常惭愧告诉丁局通知单是假的，丁局非常生气这时，真正的死亡通知单却再次出现了……