《三体》第一部，贯穿小说的明线，是主流人类社会侦破地球三体组织背叛地球之罪，逐渐使三体危机呈现在世人面前。三体危机的直接起因，是叶文洁借助太阳向太空发射信息，亲身经历的丑恶使她对人类文明彻底绝望，这构成了小说的另一条重要线索。因此，三体危机就是人类因为“文革”受到的惩罚。那时候，包括叶文洁在内的人类还远远没有认识到黑暗森林状态，都是根据自己对生存的理解，来思考生死善恶。这一部的实质问题是，如何来面对普遍的人性之恶。
▍叶文洁的理论及内在矛盾
叶文洁和她的理论有着深刻的内在矛盾，还不仅体现在这个黑暗森林的死局上。她自己的生活也陷入了死局。以革命的名义背叛亲人，使她最初感受到人类之恶，但她在投入新的理想之后，却也无情地杀害了自己的丈夫。她对杨卫宁的无情，与绍琳对叶哲泰的无情，何其相似！唯一的区别是，绍琳为的是个人的利益，叶文洁为的是一个新的理想。她为新的理想投入的激情，乃至对它天真的幻想，与她的妹妹叶文雪也如出一辙。更不用说她所带来的这场运动，又激发出多少人类之恶！
这场运动带来的最大牺牲，大概要算叶文洁的女儿杨冬之死了。叶文洁应该没有主动告诉杨冬她的发现，更没有吸收她进入地球三体组织，但她对世界的认识，对人性的观察，却很难不让杨冬知道，所以说：“我对冬冬的教育有些不知深浅，让她太早接触了那些太抽象、太终极的东西。”（Ⅰ.52）但她仍然非常注意把女儿往回拉，警告她不要轻易进入那个世界。但杨冬的世界还是充满了各种空灵的理论，“那些东西一崩溃，就没有什么能支撑她活下去了（Ⅰ.53）。叶文洁也许始终不知道杨冬偷看了她的资料，但她应该清楚，杨冬之死与自己有莫大的干系。除了自己的教育对杨冬性格的影响之外，地球三体组织“扰乱研究者的思想”（Ⅰ.206）的计划，是包括杨冬在内的许多科学家自杀的直接原因——无论杨冬是被他们有意还是无意伤害的，这个事实都太恐怖了。无论如何，杨冬都是继杨卫宁之后，叶文洁理想主义的又一个牺牲品。如果说，杨卫宁之死还有些偶然，对于杨冬之死，叶文洁难辞其咎。
当叶文洁知道自己的理想主义已经彻底破灭，她也应该立刻想到了杨卫宁和杨冬的死，这不再是为了伟大事业而不得不付出的牺牲，而是为一个荒谬的理想付出的巨大代价，使叶文洁与她所憎恨的那些恶人没什么两样。
当她用尽最后的生命爬上红岸时，叶文洁的心情应该是非常复杂的。现在，红岸基地遗址已经不再是一项伟大事业的开端，而是她为之奋斗了多半生的荒谬理想的开端。这里，还有杨卫宁和雷志成的墓地，记录着她自己的罪。爬上红岸这个行为，或许就是人类难得能有的“道德自觉”和“忏悔”，叶文洁经过这么多年，才比她所鄙视的那些人，多走出了这一步。但对于她对人类犯下的巨大罪行，叶文洁是无力忏悔的，因为，她给整个人类带来了最后的落日。
直到小说的第二部，我们才知道，叶文洁的忏悔还不止这些。在“走向她那最后的聚会”（Ⅱ.6）之前，叶文洁在杨冬墓前将黑暗森林理论最关键的部分告诉了罗辑，从而为人类最终战胜三体入侵，奠定了非常宝贵的理论基石。这个重要的细节提示我们，叶文洁虽然到最后才向自己承认其理想的内在问题，但就像许多口头上拒绝认错的人一样，她的内心早已涌动着深深的不安。
但就像三体人一样，叶文洁应该知道，掌握了黑暗森林的基本原理，人类就可以抓住三体人的命门，因而，本来以消灭人类暴政为目标的叶文洁，在这一刻，面对死去的女儿，不仅对那场聚会的结局没有把握，对地球三体运动的使命也已经产生了怀疑，尽管可能只是无意识的。
在叶文洁遥望人类的落日的时候，她也把目光投向了齐家屯，那个曾经让她获得家的感觉的东北小村庄。她没能在三体文明找到战胜人性之恶的道德，唯一能暂时化解人性之恶的，是这个小村庄，但她在报复全人类的时候，已经把这个村庄里的所有人也一并报复了。叶文洁超越黑暗森林的努力无可避免地失败了，她将三体危机带到了地球上，也将地球带进了更加无边的黑暗森林。但也是叶文洁留下了克服这场危机的线索。她倔强地相信，能有什么东西克服人性之恶，黑暗森林应该有个边界，尽管她不知道这边界在什么地方。
这和伊文斯的方案是截然不同的。伊文斯对世界的审判是彻底的，他以完全否定的方式对待人性之恶，三体文明只是一个抽象的符号，三体世界究竟与人类有什么不同，他根本就不关心。他只想毁灭人类，美好的天堂仅仅存在于他的心里，或者说，仅仅存在于对人类世界的毁灭行为中——人类之恶，其实也只是一个抽象的概念，并不是哪个人、哪种行为的恶，他并不想拯救哪种具体的生命，只想毁灭充满了恶的生命。这种态度看似极端，却是一种更简单、也更容易理解的解决方案。在无处可逃的黑暗森林中，除了对它的彻底否定之外，还有什么办法呢？像叶文洁那样，希望在现实生活中找到一条拯救的道路，不仅是最终不可能的，甚至会使自己难免沾染上这充塞天地的罪恶。
黑暗森林中的生命是深不见底的，如果说有更多的维度，似乎也只是有更复杂的罪恶，有更多种罪恶的可能性。叶文洁小心翼翼地潜入到人性深处，虽然触手可及无处不恶，但黑暗森林中也曾闪过微茫的光芒，那就是齐家屯的点点灯火。既然有那样的村庄，既然有那样的温暖，又怎么能说黑暗森林中都是暗无天日的呢？这应当就是叶文洁不肯赞同伊文斯的根本理由。尽管齐家屯这弱小的光芒不足以战胜四周无处不在的黑暗，这却决定了叶文洁不会采取彻底毁灭的态度来对待人类文明。生活中又何尝没有更多的光芒？杨卫宁的爱、与杨冬的相濡以沫、学生们的感恩、孩子们的天真，这是黑暗森林中不时闪出的一些亮光，叶文洁随时都可以感受到。但这些亮光，就像潜藏在黑炭下的火星，虽然几乎无处不在，但很难形成燎原之势。叶文洁刚刚捕捉到一点点火星，瞬间就又被无边的黑暗吞噬了，这使她非常无助。就在这时候，她得到了三体人的回复，于是幻想着三体人能够帮她带来熊熊大火，照亮这黑暗的世界，但没想到的是，三体人却是带着更加无边的黑暗而来的。
▍生活的尝试，生命的尊严
在三体危机带来的恐慌中，只有一个人真正表现出了生命的尊严和对生命本身的尊重，那就是史强。在小说第一、第二部中都有重要表现的史强，是一个非常值得关注的形象。他在小说开头的形象是：“长得五大三粗，一脸横肉，穿着脏兮兮的皮夹克，浑身烟味，说话粗声大嗓。”（Ⅰ.1）
但这个一开始让汪淼非常厌恶的警察，很快就显示出其过人之处：“这个外表粗俗的家伙，眼睛跟刀子一样。”（Ⅰ.6）史强虽然级别不高，但在与地球三体组织的斗争中，他却是个决定性的人物：是他在地球三体组织的聚会时成功地将对方一网打尽，也是他想出了有效策略，杀死伊文斯，而又能截获“审判者”号上的三体信息。这两次行动使地球三体组织遭到重创。但最重要的还不是这些，而是，当那些高级知识分子被突如其来的危机吓傻了的时候，只有史强还保持着生活的常识。他根本不去仰望星空，根本不考虑那些所谓终极的哲学问题，他关心的是买房子、孩子上学，以及一个又一个案子，他真正的看家本领是：“把好多看上去不相干的事串联起来，串对了，真相就出来了。”（Ⅰ.97）能把这些表面上无关的事串在一起，除了天才的想象力之外，更重要的是生活的常识感，即常伟思看重的“经验”。正是靠了这种常识感，史强对事情的判断不仅远远超过汪淼、丁仪这些专家学者，更成为叶文洁和伊文斯的真正克星。
这也正是叶文洁和伊文斯最缺的东西。他们关心的是抽象的生命、形而上的善恶、作为集合名词的人类，却几乎没有真正的日常生活，甚至以刻意远离日常生活为荣。无论红岸基地、“审判者”号，还是充满终极问题的哲学著作，都距离生活极其遥远。本来有着日常生活的汪淼，在倒计时面前也完全乱了方寸。而叶文洁虽然有丰富的人生阅历，但也并不甘于沉溺在日常生活中，她对杨冬教育最大的失败，就在于没有教给她日常生活。她之所以觉得在齐家屯的那几天最温暖，是因为她暂时被拉回了日常生活。多年生活在黄土高原的伊文斯，与日常生活近在咫尺，却根本无兴趣进入。要不然，为什么大兴安岭的小村庄充满了温暖，黄土高原上的村民就都成了魔鬼呢？日常生活，便是那黑炭下的火星，其实无处不在，完全可以燎原，但是，火星必然会烧出黑炭来，没有独立存在的火星。在叶文洁和伊文斯那抽象的概念中，善恶永远对立，他们试图从人类的生活中消灭恶，保留善，就如同消灭身体保留灵魂一样，是不可能完成的工作。
人性善还是人性恶，这个古老的命题本就充满了争议。人们诉诸的理由往往是，多少人在作恶，多少人在行善，这样争论下去，这个问题永无答案。然而，在更深的世界文明传统中，叶文洁的这种人性论是非常靠不住的。伊文斯之所以认为人性恶，并不仅仅是因为他看到了多少动物被杀害，多少物种在灭绝，而是因为一个更深刻的理由：人类不可能做到对所有物种一视同仁，不可能接受物种共产主义，一句话，人没有上帝那么好，所以就是恶的，这就像黑暗森林一样，无可反驳。所以，人类应该遭到灭种的惩罚。但史强诉诸的，是一种非常古老的中国智慧：生之谓性。没有抽象的人性，人性就是生命的深度展开。只有尊重生命本身，珍视日常生活，才谈得上善恶问题。谁也无法否认浩劫中的作恶，谁也无法认可物种灭绝的正当，但因为这些恶行就去随意杀人，甚至灭绝人类，本身就是最大的恶。而人性的力量，也正在生命本身。
当汪淼和丁仪陷入极度绝望中的时候，史强带着他们到华北平原去看铺天盖地的蝗虫，告诉他们：“把人类看作虫子的三体人似乎忘记了一个事实：虫子从来就没有被真正战胜过。”（Ⅰ.296）虫子不可能被真正战胜，不是因为它们有什么技术，而就在于生命本身的力量。于是，“三个人沐浴在生命的暴雨之中，感受着地球生命的尊严”（Ⅰ.297）。史强不懂科学，也不懂哲学，但他懂得生活，这就是他的一切力量之所在。
史强不会去问那些有关善恶的哲学问题，因为在生活本身面前，善、恶都只是概念。二百多年之后，罗辑对史强讲清楚了善恶的问题：“下面要定义两个概念：文明间的善意和恶意。善和恶这类字眼放到科学中是不严谨的，所以需要对它们的定义加以限制：善意就是指不主动攻击和消灭其他文明，恶意则相反。”（Ⅱ.443）最早发现黑暗森林理论的叶文洁并没有理解这一点，她天真地认为三体文明一定更善良，因为经历过太多恶的她，也把善抽象化了，伊文斯更是如此。但罗辑明白，生命才是第一级的概念，善、恶并不是。生命为了保存自己而攻击其他生命，虽然是恶的，却也是生命的必然要求；生命不需要攻击其他生命也可以活下去，从而不发动攻击，那就是善的。但若生命在面临威胁时仍然不攻击，甚至邀请其他生命来攻击自己，那就是愚蠢了，因为如果连生存都得不到保障，就根本谈不上真善美。而地球三体组织做的，就是这样的事，因而对于地球上的生命而言，是邪恶的背叛，比叶文洁和伊文斯所经历过的所有恶都更罪恶。黑暗森林的可怕之处在于，生存的需要会使生命必然攻击其他生命。但地球上的人类通过社会和政治制度，使人们之间不必相互攻击也能生存下去，并且认为不相互攻击是理所当然的，这才是黑暗森林中最大的奇迹。叶文洁和伊文斯都是出于这种理所当然，而无法容忍人类当中一些没有按照这种生活方式做的人，并对他们充满了愤慨。
竟然有这么多地球人“憎恨和背叛自己的物种”（Ⅰ.239），这一点本身就是文明过于发达的一个结果，因为文明的自我修正能力，是在道德观念相当牢固的文明中才能产生的。正如但丁在地狱中的各种罪人身上可以看到人性的闪光之处，地球三体运动这样大规模的背叛运动，恰恰证明了地球文明的尊严。当然，这种尊严会阻碍人类去认识黑暗森林，这个简单得不能再简单的道理。黑暗森林，就是由生命最低的维度构成的社会。人类沉在深度文明中过久，以致不能看到生命那最简单的现实。最早接触外星人的叶文洁花了大半辈子才认识到，要找过着“正常人的生活”的罗辑，来传承她的宇宙社会学，但史强从来就没有离开过这个层次。从深度文明中浮到表面上，获得生命的常识感，会使人类有更明晰的理性和力量，但只有深入文明当中，才能有更丰富的生活。这两个方面，都是文明生活所不可缺少的。
