【转】高斯优化过渡态的经典总结
一般地，优化所得驻点的性质（极小点还是过渡态）要靠频率来确定；而对过渡态，要确定反应路径（即到底是哪个反应的过渡态）必需要做IRC了，不然靠不住的（往往用QST找到的过渡态并不一定就是连接输入反应物和产物的过渡态）。
在我们用QST2或QST3来优化过渡态时，需输入反应物和产物，实际上反应物和产物的输入顺序是没有关系的。就是说，先输反应物后输产物和先输产物后输反应物得到的是同样的过渡态。这也好理解，QST2里对过渡态的初始猜测实际上是程序自动将输入的反应物和产物的各变量取个平均，所以输入顺序是没有关系的。对QST3和TS，需人为指定过渡态的初始猜测。
上面说的反应物和产物的输入顺序没有关系，有个前提条件，就是反应物和产物的自旋多重度一致。对QST3，因为是人为指定过渡态的初始猜测，所以没有影响；而对QST2，过渡态的自旋多重度默认和后面输入的一致。如果反应物和产物的自旋多重度一致，那随便先输哪个都没关系；而如果反应物和产物的自旋多重度不一致，这时该怎么办？？？&&&&当反应物基态多重度为1，产物基态多重度为3时，到底将过渡态的多重度定为1还是3？还是两个都试，哪个能量低取哪个？假如取1，在下来做IRC验证时，Reverse还好办，Forward却是按多重度为1做的，这样怎么能和多重度为3的产物连接起来？&&&&要将其关联起来，需有一个为激发态，这样才能在自旋多重度上保持一致。可这种处理对吗？还有更好的思想吗？另外，我觉得IRC难用得很，很难控制，也不知自己钻进了哪条死胡同！！ 一直对此很迷茫，希望各位大侠援助啊！对于这点确实很迷茫，我觉得好像得用cas解决，有看过类似的文献，上面有用cas得出过反应物基态经激发态再回到基态得出产物的反映路径。我没有试过，对于cas我很是头疼，理论和实践都一无所知。
作&IRC&能说明哪些问题？
irc做完，就说明我们完成了这个反应路径地计算，在SUMMARY&OF&REACTION&PATH&FOLLOWING:，我们可以看到分子过渡态的键长键角与能量随着反应坐标的变化而变化，如果你将反应坐标与能量作图，就可以得到一条过渡态曲线，由于irc计算是结构沿着反应路径的方向，在每个点进行优化的，所以如果你找的过渡态是正确且优化是成功的话，TS确实是连接两个minimum的。一般IRC的两个终点并不恰好就是反应物和生成物，除非不断加大Maxpoints。然而此时IRC又往往会出错，或者并不能达到指定的Maxpoints，例如，我想正反两个方向各算20各点，IRC计算正常完成，但结果中并没有41个构型。如果这时作能量-反应坐标曲线，如何确定反应物和生成物的反应坐标？如果你的过渡态确实做得漂亮，那么就一定可以成功地由过渡态找到与之对应的反应物、生成物。可这只是理论上的东东，现实中，由于反应的势能面实在太复杂，你千辛万苦所得到的过渡态是很难天衣无缝地连接反应物、生成物的。不断加大Maxpoints&简直是Kill&time。一般地，我们可以将IRC最后得到的两个结构的所有数据分别与你做QST时所用的两个结构进行对比，只要结构数据的差别、能量差别比较小，就可以基本认定（因为反应的势能面太复杂）你IRC是成功的了。
说得好！取点越多越好，但我发现往往作不到这一点，所以我也是将IRC最后得到的两个结构的数据分别生产物态和产物态的两个结构进行对比。而且我发现，作IRC时频率计算给出的讯息很重要，呵呵！
过渡态寻找小结刚刚做了一段时间的过渡态，期间碰到了许多的困难。寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。&&1.
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&【求助】求助高手一个做过渡态输入文件的问题
【求助】求助高手一个做过渡态输入文件的问题
作者 logsh
小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
# opt=(gdiis,ts,CalcFC,noeigentest) freq b3lyp/6-311g pop=nbo geom=connectivity scfcyc=200
C& && && && && && &1& && && && &&&1.
C& && && && && && &2& && && && &&&1.& & 1& && && && &&&118.
C& && && && && && &3& && && && &&&1.& & 2& && && && &&&118.& & 1& && && && &&&-0.
C& && && && && && &4& && && && &&&1.& & 3& && && && &&&118.& & 2& && && && &&&0.
N& && && && && && &1& && && && &&&1.& & 2& && && && &&&123.& & 3& && && && &&&0.
H& && && && && && &3& && && && &&&1.& & 2& && && && &&&107.& & 1& && && && &&&122.
H& && && && && && &1& && && && &&&1.& & 6& && && && &&&115.& & 5& && && && &&&-180.
H& && && && && && &2& && && && &&&1.& & 1& && && && &&&120.& & 6& && && && &&&179.
H& && && && && && &4& && && && &&&1.& & 3& && && && &&&121.& & 2& && && && &&&-179.
H& && && && && && &5& && && && &&&1.& & 4& && && && &&&120.& & 3& && && && &&&179.
N& && && && && && &3& && && && &&&r& && && && & 2& && && && &&&107.& & 1& && && && &&&-122.
O& && && && && &&&12& && && && &&&1.& & 3& && && && &&&118.& & 2& && && && &&&-23.
O& && && && && &&&12& && && && &&&1.& & 3& && && && &&&118.& & 2& && && && &&&156.
r 2.2 s 10 -0.05
1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 1.5 9 1.0
3 4 1.5 7 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 11 1.0
12 13 2.0 14 2.0
我是先用GaussianView画出结构，自己改的内坐标
放入高斯中能跑，在计算的结果中也没有发现说有列出键长与能量的表的
麻烦诸位了
引用回帖:Originally posted by logsh at
小弟最近在做吡啶硝化的过渡态计算，查了好多资料仍旧不清楚计算过渡态的输入文件该是什么样的，输入文件如下，请诸位高手帮忙指教。ps：我想使用扫面的方法找过渡态
%chk=3.chk
# opt=(g ... 改正如下：
1加上Opt=Z-matrix关键字
2分子坐标全换成符号化的内坐标形式
引用回帖:Originally posted by
改正如下：
1加上Opt=Z-matrix关键字
2分子坐标全换成符号化的内坐标形式 劳烦，请问是这样加吗？
opt=(Z-matrix，gdiis,ts,CalcFC,noeigentest)
还有，请问什么是符号化内坐标呢？
引用回帖:Originally posted by logsh at
劳烦，请问是这样加吗？
opt=(Z-matrix，gdiis,ts,CalcFC,noeigentest)
还有，请问什么是符号化内坐标呢？
麻烦你了 对头。
符号化内坐标以水分子为例
h,1,B2,2,A1
引用回帖:Originally posted by
符号化内坐标以水分子为例
h,1,B2,2,A1
A1 104.5 谢谢您的指点，我想请教一下，我是想用扫面的方式寻找过渡态的，请问我设定的r放在哪里呢？麻烦您了
引用回帖:Originally posted by logsh at
谢谢您的指点，我想请教一下，我是想用扫面的方式寻找过渡态的，请问我设定的r放在哪里呢？麻烦您了 根据你的描述你是扫描N-C键
你可以写成
N&&3& &Bn 。 。。。
Bn&&1.46320&&s 20&&0.05
各人觉得你原来的坐标如果全都符号化了，也是可以的，只是到2.2为止，是不是扫描距离太短了，
引用回帖:Originally posted by
根据你的描述你是扫描N-C键
你可以写成
N&&3& &Bn 。 。。。
Bn&&1.46320&&s 20&&0.05
各人觉得你原来的坐标如果全都符号化了，也是可以的，只是到2.2为止，是不是扫描距离太短了。 呵呵，太感谢您了
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【求助】TS过渡态总是L301错误，我要哭了~~~
要做一个羟基自由基夺取2,4,5三氯酚上羟基氢的过渡态
这是我的输入文件
%chk=ts1-2
%mem=150MW
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxcycl=200) freq mp2/6-311+g(d,p)
scrf=(solvent=water) guess=read geom=connectivity optcyc=200
iop(1/11=1,2/16=1,5/13=1)
C& && && && && && &1& && && && &&&B1
C& && && && && && &2& && && && &&&B2& & 1& && && && &&&A1
C& && && && && && &3& && && && &&&B3& & 2& && && && &&&A2& & 1& && && && &&&D1
C& && && && && && &4& && && && &&&B4& & 3& && && && &&&A3& & 2& && && && &&&D2
C& && && && && && &5& && && && &&&B5& & 4& && && && &&&A4& & 3& && && && &&&D3
H& && && && && && &2& && && && &&&B6& & 1& && && && &&&A5& & 6& && && && &&&D4
H& && && && && && &5& && && && &&&B7& & 4& && && && &&&A6& & 3& && && && &&&D5
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H& && && && && && &9& && && && &&&B9& & 4& && && && &&&A8& & 3& && && && &&&D7
Cl& && && && && &&&3& && && && & B10& & 2& && && && &&&A9& & 1& && && && &&&D8
Cl& && && && && &&&1& && && && & B11& & 2& && && && & A10& & 3& && && && &&&D9
Cl& && && && && &&&6& && && && & B12& & 5& && && && & A11& & 4& && && && & D10
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& &D9& && && &&&179.
& &D10& && && &-179.
& &D11& && && & -31.
& &D12& && && & -52.
1 2 1.5 6 1.5 12 1.0
2 3 1.5 7 1.0
3 4 1.5 11 1.0
4 5 1.5 9 1.5
5 6 1.5 8 1.0
United Atom Topological Model (UA0&&parameters set).
UA0: Hydrogen& &10 has 2 bonds. Keep it explicit at all point on the
UA0: potential energy surface to get meaningful results.
Error termination via Lnk1e in /public/soft/Gauss03/g03/l301.exe at Thu Apr 14 10:33:26 2011.
Job cpu time:&&0 days&&0 hours&&0 minutes&&8.2 seconds.
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L301是生成基组信息的步骤，应该是命令行的问题，报错也说了H10有两个键，显然不对，建议楼主再检查一下体系的结构。
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&TS2计算中如何寻找过渡态
TS2计算中如何寻找过渡态
作者 小罗008
本人接触高斯计算一段时间了，在用TS2寻找反应的过渡态的时候有输入的这两个结构中的原子顺序必需一致，请问怎么样实现一致呀，反应物中有好几个碳氢产物中也有，有没有合适的操作实现这一点呀
就是你反应物输入中是按什么顺序的，产物中也要按此顺序排列。比如反应物中的1号C，在产物中还是1号C
引用回帖:: Originally posted by 枪下游魂 at
就是你反应物输入中是按什么顺序的，产物中也要按此顺序排列。比如反应物中的1号C，在产物中还是1号C 你好，我是高斯计算的初学者，有些问题想请你帮助，我的QQ是，希望多多帮助，
引用回帖:: Originally posted by 小罗008 at
你好，我是高斯计算的初学者，有些问题想请你帮助，我的QQ是，希望多多帮助... 有问题先站内信吧，不好意思
用GV画好反应物之后，将反应物改成生成物，这样得到的坐标是一致的
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