如何用emboss预测cpg岛的分布作用

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用SignalP（神经网络方法）分析P05019序列前导肽的结果
用SignalP（隐马尔可夫方法）分析P05019序列前导肽的结果
五、蛋白质的卷曲螺旋—coiled-coil
卷曲螺旋是蛋白质空间结构中的一种，它是由2 ～ 7个α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构的总称。卷曲螺旋区域一般由7个氨基酸残基为单位组成，以a、b、c、d、e、f、g位置表示，其中a和d位置为疏水性氨基酸，而其他位置的氨基酸残基为亲水性。许多含有卷曲螺旋结构的蛋白质具有重要的生物学功能，例如基因表达调控中的转录因子。
含有卷曲螺旋结构最知名的蛋白质有原癌蛋白（oncoprotein）c-fos和jun，以及原肌球蛋白（tropomyosin）。 利用COILS分析蛋白质的卷曲螺旋
COILS是由Swiss EMBNet维护的预测卷曲螺旋的在线工具，该软件是基于Lupas算法，将查询序列在一个由已知包含卷曲螺旋蛋白结构的数据库中进行搜索，同时也将查询序列与包含球状蛋白序列的PDB次级库进行比较，并根据两个库搜索得分决定查询序列形成卷曲螺旋的概率。COILS也可以下载到本地进行运算。
其网址为：/software/COILS_form.html COILS在线网页 用COILS分析GO45_HUMAN卷曲螺旋的图形显示结果
用COILS分析GO45_HUMAN卷曲螺旋的文本显示结果
六、蛋白质序列分析软件包：Antheprot
对蛋白质的研究是生物化学领域一个非常重要的部分。随着人类基因组计划的实施和完成，得到了大量的蛋白质序列数据，但是，面对如此众多的蛋白质序列数据，其分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，进行蛋白序列分析是唯一的方法。蛋白序列分析软件包Antheprot正是这样的一个程序。 蛋白质序列分析软件包：Antheprot
Antheprot是位于法国的蛋白质生物与化学研究院用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包，它包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。Antheprot的原始网站：http://antheprot-pbil.ibcp.fr/，我们可以到这个网站上下载软件包，软件包为一个自解压执行文件，文件名为Antheprot.exe，大小为51.3M。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthepro，双击主程序名就可以打开Antheprot_2000的主窗口。通过主程序，我们可以输入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设置等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。
Antheprot主窗口 Antheprot主窗口中各按键的含义 Open file，打开文件；
Change text font，更改字体、字型和大小；
Change text color，更改选定区域内字的颜色；
Sequence information，序列信息，计算蛋白质序列的分子量、比溶、各氨基酸残基的百分比组成； Titration curve，滴定曲线，计算蛋白质序列滴定曲线与等电点；
Helical wheel projection，选定序列的一个片段后，绘制Helical wheel图；
Antheprot主窗口中各按键的含义 Prediction of cleavage site for signal peptide，预测信号肽的剪切位点；
Secondary structure prediction by all，预测蛋白质序列的二级结构；
PROSITE site / signature detection，在蛋白质序列中查找符合PROSITE数据库的特征序列；
Physico-chemical profiles， 绘制蛋白质序列的理化特性曲线；
Pridict transmembrane region，预测跨膜区；
Similarity search with Blast，用Blast方法在选择的数据库中查找相似序列；
Antheprot主窗口中各按键的含义 Similarity search with Fasta，用Fasta方法在选择的数据库中查找相似序列；
Dot Matrix Plot，进行点阵图分析；
Multiple alignment，多序列比对；
Binary alignment（BINALIGN），在当前蛋白质序列中查找符合Prosites数据库的特征序列；
Help，打开一个简单的帮助文件；
Quit，推出程序。
Antheprot基本功能
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第4章 序列特征分析特征,数列,序列,第四章,第4章,数列分析,特征分析,特征序列,序列特性,序列分析
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第4章 序列特征分析
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CPG岛预测：CpG Island（/cpgislands2/cpg.aspx）CpG finder(/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter)CpG islands revealing(http://l25.r.it/cgi-bin/wwwcpg.pl)CpGPlot/CpGReport/Isochore(http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html)启动子结合位点分析工具:Promoter Scan(www://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/)BDGP(www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html)TFsearch(www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.HTML)Promoser(http://biowulf.bu.edu/zlab/PromoSer)Sigscan(http://biosci.cbs.umn.edu/software/sigscan.html)
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