小木虫 --- 600万学术达人喜爱的学术科研平台
热门搜索：
&&怎样找一个基因的CpG岛序列？
怎样找一个基因的CpG岛序列？
我现在在做DNA甲基化方面的实验，我想问一下，怎么样找一个基因的CpG岛的序列？我从NCBI上可以找到基因的序列，但是就是找到启动子区域的CpG岛序列?大家可以帮助一下我吗？
比如一个基因的名字是DNMT1，物种是Macaca mulatta，
学术必备与600万学术达人在线互动！
扫描下载送金币如何找一个基因的启动子序列呢？_图文_百度文库
两大类热门资源免费畅读
续费一年阅读会员，立省24元！
如何找一个基因的启动子序列呢？
&&如何找一个基因的启动子序列呢？
阅读已结束，下载文档到电脑
想免费下载更多文档？
定制HR最喜欢的简历
下载文档到电脑，方便使用
还剩16页未读，继续阅读
定制HR最喜欢的简历
你可能喜欢扫二维码下载作业帮
拍照搜题，秒出答案，一键查看所有搜题记录
下载作业帮安装包
扫二维码下载作业帮
拍照搜题，秒出答案，一键查看所有搜题记录
如何确定基因启动子区cpg岛的数量
扫二维码下载作业帮
拍照搜题，秒出答案，一键查看所有搜题记录
有网站可以预测.然后用实验证实,可以用bisulfite sequencing来比较处理前后的不同,找到甲基化位点
为您推荐：
其他类似问题
扫描下载二维码识别含TATA盒的启动子；PROMOTERSCANhttp://thr.c；根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将；PromoterInspectorhttp://；另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测；初来乍到，发个技术贴了！！；1、获取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的；2、截取转录起始点为中心，上下约各1000bp，；http://
识别含TATA 盒的启动子。
PROMOTER SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/
根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA 盒的权重矩阵(weight matrix) 结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3 ] 。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER 210 每23kb 出现一个假阳性;PRO2MOTER SCAN 平均每19kb 出现一个假阳性。
PromoterInspector http://www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html
另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector 从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置
初来乍到，发个技术贴了！！ 1、获取目的基因的mRNA序列，并且在NCBI的数据库中查获转录起始点 2、截取转录起始点为中心，上下约各1000bp，若在此范围内出现CDS，可到翻译起始点终止 3、利用在线软件进行分析 PromoterInspector http://www.genomatix.de/software_services/online_access/free_accounts.html
PromoterScan http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan
Promoter 2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter
NNPP http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
EMBOSS Cpgplot http://www.ebi.ac.uk/servicestmp/04.html
CpG Islands Prediction http://www.ualberta.ca/~stothard/javascript/cpg_island.html 本人是采取多种软件结合的方法，由于proscan和promoter 2.0的假阳性率较高，仅作为参考，而promoterinspector的特异性较高，结果比较可信。同时，利用CpG岛预测，作为辅助参考 4、最后，可以找到小鼠的同源区，进行同源性比较，启动子区域一定是高保守区 5、到此，可以初步预测启动子区域的范围了。 请高手多多指教！！
启动子预测：http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ 转录因子预测：http://www./pub/programs.html 此处亦有好多，自己挑吧！ http://www.bioinformaticsonline.org/links/ch_09_t_6.html 以下内容转自/post.802157.html 启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具 PROMOTER FINDING AND ANALYSIS PROGRAMS ON THE INTERNET
--------------------------------------------------------------------------------
TRANSPLORER (TRANScription exPLORER)
Dnanalyze (TF mapping)
Dragon Promoter Finder 1.2 (TSS finder and promoter region analysis)
FunSiteP 2.1
HCtata (TATA signal prediction)
McPromoter Ver.3
MatInspector (Search for TF binding sites)
ModelGenerator and ModelInspector
NNPP2.1 (TSS finder)
PromoterInspector (Strand non-specific promoter region finder)
Promoter2.0 (TSS finder)
Promoter Scan II (Promoter region prediction)
RGSiteScan
Signal Scan (Search for Eukaryotic Transcriptional Elements)
TESS (Search for Transcription Elements)
TFSEARCH (Predicts TF binding sites based on TRANSFAC data)
TRANSFAC (TF database and a number of associated programs)
TSSG and TSSW
PROMOTER 2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA 盒、CCAAT 盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER 2.0, 用神经网络方法确定TATA 盒、CCAAT盒、加帽位点(cap site) 和GC 盒(GCbox) 的位置和距离, 识别含TATA 盒的启动子。
PROMOTER SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/
根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA 盒的权重矩阵(weight matrix) 结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3 ] 。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER 210 每23kb 出现一个假阳性;PRO2MOTER SCAN 平均每19kb 出现一个假阳性。
PromoterInspector http://www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html
另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector 从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置
FirstEF http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/
近来还有一些程序将上述方法与CpG 岛(CpG islands) 信息相结合。CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G + C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含量的50 %以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ ) 搜索通过5’UTR 定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(first splicing donor site) ,结合CpG 岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。
TRRD 数据库 http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息,每个条目对应一个基因。
应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括
SIGNAL SCAN http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
MatInspector http://www.genomatix.de/products/index.html
转录因子搜索程序( transcriptional factor search ,
TF2 SEARCH ) http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html
等等。尽管基于PWM 的搜索比较敏感,但它最大的缺点就是假阳性率过高,在预测的结果中有很多结合部位并不真正具有生物学功能。
COMPEL 数据库 http://compel.bionet.nsc.ru/new/index.html
经实验确定的复合元件不多,COMPEL 数据库中收录了近200 条经实验确定的复合元件的信息。如果转录因子结合部位的预测结果中包含复合元件,显然比单个元件更有可能具有生物学功能。Co - Bind 程序通过建立两个转录因子结合部位的PWM 及其复合作用的模型,可以预测序列中的复合元件。还有一些程序利用COMPEL 数据库中已知的复合元件去搜索基因组序列。
Consensus ftp://beagle.colorado.edu/pub/consensus/
AlignACE http://atlas.med.harvard.edu/cgi-bin/alignace.pl
等是用来搜索高含量基序(overrepresented motif finding) 的一些算法,可以对一组基因簇中的基因调控区进行比较,以发现其中存在的高含量的基序,调控元件可能就存在于这些基序之中。
在UCSC查找可能的启动子 1、进入网站 http://www.genome.ucsc.edu/index.html 。
2、点击Tables菜单，在position后面的搜索框内写入待查的基因名称，点击getoutput。 9
3、出现一系列候选序列。当搜索用词不特异的时候会出来太多的结果，只显示500条。 10
4、点击自己目的基因的结果链接，会出现该基因在染色体上的位置 (有时候会直接跳到选择genome，protein，mRNA那一页面，可能是在搜索词比较特异的情况写)，继续getoutput。
三亿文库包含各类专业文献、文学作品欣赏、行业资料、各类资格考试、高等教育、专业论文、生活休闲娱乐、幼儿教育、小学教育、如何找一个基因的启动子序列呢？90等内容。　
　搜试试 3 帮助 全部 DOC PPT TXT PDF XLS 百度文库 专业资料 医药卫生 基础...如何快速查找基因的启动子序列---(一)_基础医学_医药卫生_专业资料。如何快速查... 　如何查找一个基因的启动子序列_理学_高等教育_教育专区。定义:启动子是参与特定...基因为例,查找查找该基因的启动子区域,首先要找到该基因的基 得票 因组序列。... 　如何查找一个基因的启动子序列_生物学_自然科学_专业资料。如何查找一个基因的启动...Acembly 程序试图找到 mRNA 与基 因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接... 　怎么查找一个基因的启动子序列_农学_高等教育_教育专区。定义:启动子是参与特定...基因为例,查找查找该基因的启动子区域,首先要找到该基因的基 得票 因组序列。... 　搜试试 3 帮助 全部 DOC PPT TXT PDF XLS ...怎样查找一个基因的启动子区域_理学_高等教育_教育...这时右下角会出来一堆序列,红色字母区域为外显子,... 　NCBI如何查找序列_基础医学_医药卫生_专业资料。1、利用 Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子(Promoter) 下面以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下... 　我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用: Part Part Part Part one 如何查找...这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人 不是很... 　了启动子的概念,利用 UCSC 如何查找一个基因的启动子序列,以及外显子和内含子序列的显示。有很多 关于此方面的文章由于写作在早期,近年来查询数据库网站的改版使得...