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小白一个,Array Express 和 GEO 求教入门,可再追加金币,拜托各位大神啦~
前几天听人说可以从这两个数据库下载免费基因芯片信息。。。。登陆进去就傻眼了,都不知道是什么。。。。我学细胞生物的,完全不懂生物信息。。。
最主要希望知道:
1、一般挖掘数据下载那个选项?(比如array express中打开有很多文件可以下载)
2、是直接点击下载的那个图标下载吗?(我下载了一个文件,打开全是txt文件,不知道该怎么看)
3、下载到的数据应该怎么分析?有哪些免费分析软件吗?
因为是小白,能想到的问题只有以上。。。大神们多多教导啊~越详细越好~拜托了~
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我只是想看看这些公开的芯片,挖掘一下看有没有我能用的数据……没明白你说的那些……从哪里开始啊?
还是不要吓唬楼主了。Linux其实并没有什么很难的,一些基本操作直接网上搜搜都有介绍怎么用的;更何况R并非一定要Linux,Win的用起来也挺好的。大家都是从一点都不懂开始的,其实这个东西也就是个经验,东攒一点西攒一点,多少学一点还是没错的:)
开始我以为还需要测序的数据,那部分ncbi只提供了linux工具包吧?而且不能不说linux底下做开发比win是要爽一些,就是缺乏常用软件qq什么的,也不难理解mac卖的那么多
不是特别清楚你在说什么。这部分不需要测序数据,可能你没有先去学一下背景知识。至于测序的数据,我组装过一个基因组,的确linux很好用,但是提交什么的WIN就可以,NCBI本身并没有强制你用什么提交。只是有组装工具只开发linux的罢了。
我是做转录组测序分析的,分析处理linux方便太多了,尤其是bash编程还可以写点东西用,省的在用其他的写了
并没有说linux不方便,基本上相关实验室都会配linux。但是别人用别的平台在某些特定问题未必就不方便了。回到原题,只是说楼主不管怎么样想学就学不想学那就算了,不能因为什么难不难就叫人不要学。世上无易事。
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