如何从血浆提取中提高提取cf dna的产量

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3种血浆游离DNA提取方法的比较
作者单位:
吉林大学中日联谊医院中心研究室,吉林 长春 130033
吉林大学基础医学院病理学教研室,吉林 长春 130021
母体文献:
第十三届中国体视学与图像分析学术会议论文集
会议名称:
第十三届中国体视学与图像分析学术会议
会议时间:
会议地点:
主办单位:
中国体视学学会
在线出版日期:
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万方数据知识服务平台--国家科技支撑计划资助项目(编号:2006BAH03B01)(C)北京万方数据股份有限公司
万方数据电子出版社液态活检技术之血浆游离循环肿瘤DNA ctDNA
在2015年的CSCO大会中,精准医疗当仁不让的成为吸引近2万名与会者讨论的热门话题,而热门中的热门又当属“液体活检”。液体活检是相对于组织活检而言,利用高通量测序来测定人体血液中的肿瘤细胞或游离的DNA片段。液体活检在肿瘤早筛、肿瘤用药、疗效评估和复发监测方面的研究进展无不让大家拍手叫好。正常细胞和肿瘤细胞都会破裂,细胞破裂之后,细胞中的DNA就会被释放到体液当中,其中进入血液的这部分DNA,就被称为血浆游离DNA,或者cell free DNA, 简称cfDNA.cfDNA里来源于肿瘤细胞的那部分DNA,携带肿瘤特异突变, 叫循环肿瘤DNA, 或者circulating tumor DNA,简称ctDNA。它可以减少病人开刀的痛苦,只需要抽血,不必开刀就可以做检测。同时因为它只要抽血(而不必开刀),所以取样方便,可以应用于肿瘤病人的病情随访,并可以多次取样。抽管血就知道这个病人的肿瘤突变信息,从而指导临床用药。首先由于ctDNA的含量低,只占cfDNA很小的比例,大约是几万分之一到千分之一。而且不同的病人,ctDNA含量差别很大,一般来说,癌症越晚期的病人,ctDNA的比例越高。其次是血液中的游离DNA量很少,大约每一毫升的血浆中,只有十几纳克(ng)的游离DNA.数字PCR(DigitalPCR)常被用于ctDNA的研究,它的特点是敏感性高,但是只能针对确定的SNP位点,每个病人都要设计个性化探针,且可同时检测位点的通量较低。运用高通量测序技术,可以同时检测几十甚至几百个基因的各种突变类型,通量大。肿瘤实时监测,以ctDNA作为肿瘤标志物,通过多次取样测序监测肿瘤负荷,反应药物疗效信息等。肿瘤进化、耐药,取治疗前后的血浆样本,通过ctDNA测序鉴定药物治疗过程中产生的耐药突变。复发风险预测,检测手术后的ctDNA,根据是否能检测到突变以及ctDNA丰度变化预测复发的风险。 诺禾癌症基因组事业部已具有丰富的ctDNA项目研究经验,使用血浆DNA提取专用试剂盒QIAGEN, QIAamp Circulating Nucleic Acid kit提取cfDNA, 采用Agilent SureSelectXT Custom捕获目标区域,并在HiSeq 4000 PE150平台测序,通过信息分析找到血浆DNA的肿瘤突变标志物。我们提供包括研究方案的设计咨询、候选基因区域的评估和确定等服务项目。文案:袁江迪(癌症基因组事业部)编辑:贾红丽
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赞!血浆游离DNA测序可预测基因表达
时间: 18:17  来源:测序中国
摘要:最新发表在《Nature Genetics》上的一项研究表明,血浆中循环游离DNA(cfDNA)可以为基因表达的预测提供线索。 奥地利研究人员利用有活性和失活的转录起始位点上游的核小体差异,开发出一种利用cfDNA的测序深度模式 ......
最新发表在《Nature Genetics》上的一项研究表明,血浆中循环游离DNA(cfDNA)可以为基因表达的预测提供线索。
Michael Speicher“DNAcfDNA”
cfDNADNADNA
1795054IlluminaMiSeqNextSeqpaired-end sequencingDNAsingle-end sequencingMNaseENCODEFANTOM5cfDNA
minimal residual diseaseMRDDNA
Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA.
NatureGenetics (2016) doi:10.1038/ng.3648
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作者:小小测序君
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