日前，《Cell》中的新研究揭示了克服液态活检检测范围局限性的新方法，开发出了依赖于核小体中DNA折叠的新型血液检测技术，可扩大液态活检的诊断范畴。
血浆游离DNA（cfDNA）存在于循环血浆、尿液和人类的其它体液。cfDNA包括双链DNA片段，绝大多数是短链，而且通常浓度很低。在健康人体中，血浆cfDNA被认为来自于正常的造血细胞。cfDNA的循环半衰期很短，这提示它需要在细胞凋亡时被持续的释放。在特定的生理条件或疾病过程中，有相当一部分cfDNA会与在健康的时候不同，基于这一结果，近年来cfDNA已被用于无创性诊断。在孕妇中，约有10%-15%的cfDNA来自于胎盘滋养层，现在cfDNA多用于在高危孕妇中筛查胎儿的遗传缺陷，这就是是当前火热的无创唐氏筛查的基础！在肿瘤病人中，通过cfDNA的量化突变来检测肿瘤已被越来越多的人认可。而在移植方面，移植排斥反应也与供体移植器官中的cfDNA水平相关。
cfDNA碎片示意图
研究人员们假设，cfDNA是细胞死亡的碎屑，在细胞死亡的过程中，DNA被酶切成很多块（切断核小体之间连接脆弱的DNA片段），先前研究指出，人类基因组核小体容易被切断的位置总共有1300万个。cfDNA的片段对应着染色体，其中还包含了很多蛋白质的损伤。
通过对血浆中的游离DNA进行深度测序，研究人员制成了有机体内核小体的全基因组图谱，同时发现cfDNA碎片蕴藏了转录因子的印迹。cfDNA核小体包含率与细胞中核体结构、基因结构与表达密切相关，并可揭示细胞类型的起源。每个细胞中含有大量的通过反复折叠的DNA。DNA盘旋缠绕着核心组蛋白八聚体形成了核心蛋白。核小体如珠子随着基因组延伸。人体内每个细胞的DNA折叠方式都有差异，这些差异可使cfDNA带上标记。不仅不同癌症有不同的核小体DNA标记，通过这些标记还能鉴别出肿瘤的解剖源。这还与5%的起源未知的转移性癌症尤其相关，这种测试可有助于诊断未知癌症的类型并给与治疗指导。利用癌症患者的血液样本，不同的癌症类型可以在游离DNA上产生不同的核小体标记，对于某些癌症患者而言，研究者就可以鉴别出肿瘤的解剖学来源。
那这cfDNA与之前说的ctDNA又有什么区别和联系呢？
&& &ctDNA是来源于肿瘤细胞的cfDNA，属于cfDNA的一种类型。两者为包含关系，ctDNA仅为cfDNA很小的一部分。ctDNA来自肿瘤细胞的体细胞突变，不同于遗传突变的是其存在于体内每个细胞。往往在提到循环肿瘤DNA的时候，大家往往简单的将它认为是肿瘤患者外周血中游离的DNA。其实不然，虽然ctDNA所占cfDNA的比例波动范围非常大，约0.01％～90％，但实际上，大多数ctDNA在cfDNA中的占比约为0.2%。
大多数的液体活检技术都会寻找机体中不同细胞间的特殊DNA错配，比如存在于肿瘤细胞但不存在于健康细胞的突变等，研究者认为这种新型检测技术的优势就在于其甚至可以对遗传特性相当的两个细胞进行有效区分；目前这种新技术可以对液体活检不能诊断的一系列疾病进行检测，而研究者希望新型检测技术可帮助进行诸如心脏疾病、中风及自身免疫等疾病的诊断。
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　　研究员、博士生导师，基因调控和表观遗传学科组负责人。2011年中科院“百人计划”引进人才。反绝缘子的发现者，已在Cell，Genes Dev.，PNAS，Molecular Cell，MCB，Development 等杂志发表多篇具有广泛影响的学术论文，文章被引用超过1000次。并应邀为Molecular Cell，Developmental Cell，MCB，PNAS， Development 等杂志审稿。 &　　2011.3-现在，中国科学院昆明动物所研究员。&　　2003-现在， 美国宾夕法尼亚大学 细胞分子生物学研究生部导师（University of Pennsylvania Cell and Molecular Biology Graduate Group， faculty member)。&　　2003-现在，美国宾夕法尼亚大学 医学院遗传学系（University of Pennsylvania School of Medicine Genetics Department) 兼职教授。&　　2008.1-现在， 美国宾夕法尼亚大学 威斯达研究所（Wistar Institute）基因表达与调控系 副教授。&　　2000.9-2007.12， 美国宾夕法尼亚大学 威斯达研究所（Wistar Institute）基因表达与调控系 助理教授。&　　1995.7-2000.8， 美国加州大学伯克利分校分子生物系（University of California at Berkeley，Department of Molecular Cell Biology)博士后(导师：Dr. Mike Levine)。&　　1990.9-1995.6， 美国德克萨斯大学医学博士MD安德森癌症研究中心（University of Texas MD. Anderson Cancer)生物化学专业博士（导师: Dr. Eric Olson)。&　　1986.9-1989.6， 中国科学院上海药物研究所。&　　1982.9-1986.7， 复旦大学生物系, 学士学位。
　　遗传学、基因组学和染色质生物学的发展已将我们对表观基因组学的认识带入了一个探索受高度调控的、复杂而有序染色质三维结构的全新时代。这为我们揭示人类发育和疾病的奥秘提供了契机。我们生存的环境与个体的发育和疾病的产生具有密切关系。外界环境可以通过组蛋白或直接对DNA的修饰而影响细胞的功能，最终导致基因表达的变化。我们主要对下面四个涉及发育和疾病的表观遗传机制进行研究：　　1.反绝缘子PTS (Promoter Targeting Sequence)。要激活一个基因，启动子和增强子是必不可少的，但是在复杂的基因组内，需要有更多的调控元件参与到这个过程中。绝缘子和反绝缘子就是这样一对相互作用的DNA元件。前者将不同基因或不同功能的染色质区域分开，而后者可使增强子远距离、跨越绝缘子激活启动子。我们在一个控制果蝇发育的重要基因复合体（Hox基因复合体）中发现了这两种调控元件。我们的首要目标就是揭示这些调控元件的作用机制。　　2.CTCF和DNA损伤修复。CTCF是通过绝缘子来起作用的关键蛋白, 它也是组织染色质高级结构的核心蛋白，而且它的功能从果蝇到人类，包括一些人类的病原体，如EBV、KSHV、HSV等都是很保守的。我们最近的研究发现CTCF具有保护基因组稳定性的重要功能。CTCF的敲低引起染色体DNA断裂的增加和DNA损伤修复程度的降低，同时使细胞停顿在G1期。利用免疫荧光和ChIP方法，我们发现CTCF被招募到双链DNA断裂末端，并参与修复。这一发现使基因组的高级结构和DNA损伤修复有了功能上的联系。今后研究的重要方向将聚焦在CTCF被招募和参与修复的机制。　　3.DNA损伤与修复蛋白和DNA病毒复制的关系。Ⅰ型单纯疱疹病毒(HSV－1)可以起口腔和生殖器疱疹以及婴幼儿脑炎，因此研究其复制机制十分重要。HSV-1复制能够激活宿主细胞的DNA损伤应答（DNA damage response, DDR)，并招募相关蛋白，但是部分DDR相关蛋白对病毒是不利的。我们发现HSV-1通过招募CTCF而保护病毒基因组不受其它DDR相关蛋白的抑制。今后的研究将集中在CTCF与病毒复制相互作用机制上。　　4. 病毒与宿主相互作用机制和疱疹病毒潜伏感染机制。疱疹病毒感染导致复杂的病毒和宿主的相互作用，其中包括病毒引起的细胞凋亡和对凋亡的抑制、病毒引起的DDR和对DDR的利用和抑制、细胞内在的抗病毒机制和病毒的免疫逃逸。我们利用RNA-seq和ChIP-seq等方法研究了此过程中转录组和表观遗传学变化规律，发现了包括MiR433和H1.2在内的免疫逃逸和抗凋亡机制。今后我们将探索这些分子的作用机制。
承担科研项目
目前承担的科研项目：
承担项目任务名称
已到位经费
中科院专项
利用树鼩模型研究绝缘子的功能
疱疹病毒树鼩模型的建立
海外百名人才计划
国家自然基金
组蛋白甲基化酶复合物COMPASS催化的H3K4me2,H3K4me3对果蝇发育调控的研究
中科院“一三五”专项
树鼩模型的建立
中科院国际人才交流计划
中科院国际人才交流计划
中科院重点部署项目
染色质高级结构和细胞命运决定分子机理
省科技厅重点项目
单纯疱疹病毒树鼩模型的建立及感染机制的研究
国外承担的科研项目：
研究起止年月
资助金额（万元）
美国国立卫生研究院 PO1 (NS 33768)
The mechanism of the latency of the Herpes Simplex Virus
出生缺陷基金会
Identification and characterization of the proteins interacting with the PTS element
美国国立卫生研究院 R01 GM
Dissecting the Functions of a Novel Cis-Element PTS
出生缺陷基金会
Facilitating Long Range Enhancer-Promoter Interactions by the PTS Element
爱德华?马林克罗特JR. 基金会
Regulating Enhancer-Promoter Communications in the Hox Gene Cluster by the PTS Element
关心基金会
Regulating Enhancer-Promoter Interactions by a Novel Cis Element, PTS
W. W. Smith 慈善责任机构
Regulation of long Range gene activation by the Promoter Targeting Sequence
美国国立卫生研究院，国家癌症研究所,Cancer Center New Investigator Award
Study specialized regulatory DNA element in development
联邦全球研究强化项目
Pennsylvania Department of health
2001-present
白血病研究基金会
Regulating Enhancer-Promoter Interactions by a Novel Cis Element, PTS
在美国总研究经费约415万美元(Total Cost)
研究员，百人计划
获奖及荣誉
1. Lin Q, Lin L, and&Zhou J. (2010). Chromatin Insulator and the Promoter Targeting Sequence modulate the timing of long-range enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo.&Developmental Biology，15;339(2):329-337.&&2. Smith S, Wickramasinghe P, Olson A, LouKinov D, Lin L, Deng J, Xiong Y, Rux J, Sachidanandam R, Sun H, Lobanenkov V, and&Zhou J. (2009). Genome wide ChIP-chip analyses of dCTCF reveal important roles for insulator proteins in Drosophila genome organization.&Developmental Biology，&15;328(2):518-28.&&3. Chen Q, Lin L, Huang J, Smith S, Planck J, Berger S, and&Zhou J. (2007) A CTCF dependent boundary exists in the LAT HSV-1 genome to separate latent and lytic specific genes.&J Virology，&81(10): .&&4. Lin Q, Chen Q, Lin L, Smith S, and&Zhou J. (2007). The Promoter Targeting Sequence mediates enhancer interference in the Drosophila embryos.&PNAS，&104: .&&5. Chen Q, Lin L, Smith S, Lin Q，and&Zhou J. (2005). Multiple Promoter Targeting Sequences exist in Abdominal-B to regulate long-range gene activation.&Developmental Biology，&286, 629-36.&&6. Moon H, Filippova G, Loukinov D, Pugacheva E, Chen Q, Smith ST, Munhall A, Grewe B, Bartkuhn M, Arnold R，&Ohlsson R,&Zhou J,&Renkawitz R,&Lobanenkov V. (2005). CTCF is conserved from Drosophila to humans and confers enhancer blocking of the Fab-8 insulator.&EMBO Rep，&6, 165-70.&&7.&ZhouJ，and Berger SL. (2004). Good fences make good neighbors: barrier elements and genomic regulation. Molecular Cell，16, 500-2.&&8. Lin Q, Chen Q, Lin L，and&Zhou J. (2004). The Promoter Targeting Sequence mediates epigenetically heritable transcription memory.&Genes Dev,18, 2639-51.&&9. Lin Q, Wu D, and&Zhou J. (2003). The promoter targeting sequence facilitates and restricts a distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo.&Development,&130, 519-26.&&10.&Zhou J, and Levine M. (1999). A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embryo.&Cell,&99, 567-575.&&11.&Zhou J, Ashe H, Burks C, and Levine M.& (1999). Characterization of the transvection mediating region of the Abdominal-B locus in Drosophila.&Development,&126, .&&12.&Zhou J, Zwicker J, Szymanski P, Levine M, and Tjian R. (1998). TAFII mutations disrupt Dorsal activation in the Drosophila embryo.&PNAS,&95, .&&13.&Zhou J, Cai HN, Ohtsuki S, and Levine M. (1997).& The regulation of enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo.&Cold Spring Harbor Symp Quant Biol, LXII: 307.&&14.&Zhou J, Barolo S, Szymansky P, and Levine M. (1996). The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo.&Genes Dev, 10: .&&15. Staudinger J,&Zhou J, Burgess R, Elledge SJ, and Olson EN. (1995). PICK1: a perinuclear binding protein and substrate for protein kinase C isolated by the yeast two-hybrid system.&J Cell Biol, 128, 263-71.&&16.&Zhou J, and Olson EN. Dimerization through the Helix-loop-helix motif enhances phosphorylation of the transcription activation domains of myogenin. (1994).&Mol Cell Biol,&14, .&&17. Li L,&Zhou J, James G, Heller-Harrison R, Czech M, and Olson EN. (1992). FGF inactivates myogenic helix-loop-helix proteins through phosphorylation of a conserved protein kinase C site in their DNA binding domains.&Cell, 71, .
工作人员：&肖　裕　博士 副研究员，yuxiao-&&陈桂俊　硕士 秘书、技术员，Chen &杨丽萍　硕士 秘书、技术员，&郑文海　硕士 技术员，&研究生：&郎丰超；李卓然；李丽红；鲁丹枫；李欣；杨睿；高海霞；张秋平；胡本霞；俞亚芬；付锦林&小木虫 --- 500万硕博科研人员喜爱的学术科研平台
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磁珠法提cf-DNA
做了两个月的核酸抽提，发现没有想像中的好。对于石蜡样本来说，离心柱法的比磁珠法的早2-3个CT；
提cf-DNA的效果一直不太理想，一开始使用300ul血浆提
老板叫我算得率，查了很多文献，发现血浆里的游离DNA含量根本就没有一个确切，连一个大概的范围也没找到
有谁能告诉我血浆含dna的一个大概范围吗
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