fix deform10.2安装教程 指令拉伸求教

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-06-19 07:50 标签： deform软件下载
fix nvt command & LAMMPS documentation帖子360&精华0&积分54&威望1 点&金币76 枚&贡献0 点&讨论指数52 点&
问题已经解决了……
感谢stonyhit和phlustb，当然还有fatcharm~
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我算了一下ustc梁海弋博士论文第四章开头那个铜单晶C100在无周向约束下拉伸1.1的问题，算出来的stress值远远大于他算出来的值，不知为什么，大家能不能帮我看一下，特别是算过的同仁：
# 3d Cu100
#Initialization ...
futurewind 发表于
12:47 不知道你说的这篇论文哪里可以下载到？
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我也算了这个例子，但是，我发现继续用fix deform施加单方向应变后，不会出现所谓的颈缩现象。
我计算后，块体中间及边缘发生了空洞的缺陷。
所以，我怀疑fix deform 计算的合理性。
不知道你现在是哪几组命令结合的
keep moving~
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而且，我感觉fix deform 施加应变的机理是单方向上处处应变相同，这与实际的拉伸过程不太符合。
据此，我感觉npt做拉伸，模型抽象上有说不通的地方。尤其是fix deform 施加拉伸应变
还请你谈谈你的看法。
keep moving~
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呵呵，你也hit？哪个学院的？
我也是刚接触这个，感觉楼上的说法不符合实际。没想明白
你也做拉伸？你有何高见？
keep moving~
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本帖最后由 zhuswf 于
20:14 编辑
variable& & l_z equal lz
variable& & lz0 equal ${l_z}
请问这样赋初值可以吗？新手册variable有这一段，但我试了这个方法，总是说：
ERROR: Thermo keyword in variable formula before initial run
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本帖最后由 futurewind 于
13:34 编辑
新手册上好像也没有这个错误，要不你换成新手册对应的那个版本的lammps试试？
而且lz好像也不是thermo keyword吧，你确信是因为这个而产生的Error吗？
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抱歉，有段时间没来了，我忘了fix deform会不会发生颈缩了，不过如果：
先取纳米丝长轴两端各1-2层原子作为一个叫boundary的group；
再用fix setforce boundary 0 0 0，或者是fix setforce boundary 0 0 NULL；
设置一个循环，反复用displace_box加载应变，则会发生颈缩~
上面那个fix setforce的命令在细节上可能并不是那样写的，但含义是让两端的1-2层原子固定住，不让它们在拉伸过后run的过程中缩回去。
当然，xy要取自由边界条件~即ssp~
没有出现颈缩，原因应该是在截面，即xy取了周期边界条件，而使得x和y的上下两面一定要分别保持一致，自然就不会颈缩了~小木虫 --- 500万硕博科研人员喜爱的学术科研平台
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LAMMPS进行拉伸模拟的一些问题
大家好，我最近在做有关交联树脂和c纤维复合材料界面之间的拉伸模拟，有些问题想求助大家。
1.我选择Material Studio软件中的石墨结构作为c纤维符合材料结构不知道对不对，大家有没有做这个方向的，能不能告知所采用的C纤维复合材料结构。
2.在使用LAMMPS进行拉伸模拟时，boundary条件应该如何选择以及fix deform 指令后面的参数如何设置。
3.LAMMPS中如何计算应力应变曲线。
新手小白，对这个课题不太明白，导师给布置完任务之后也不怎么管了，现在毫无头绪，请大家帮帮忙，谢谢~
楼主，用ms可以做吗？
MS7.0好像可以做，创腾有个写好的perl脚本程序，我没太弄明白，你也做这个方向？
现在了解下，lammps做拉伸很容易吗？
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闲来无事，比较了一下LAMMPS作单轴拉伸的两个系综，大家认为那种比较合理？
npt出来是个类似周期的，显然错了，就没弄上去
系综设定IN文件部分分别是：
fix 2 all nve
fix 3 all temp/rescale 10 300.0 300.0 1.0 0.8& && && && && && &&&
------------------------------------------
fix 2 all nvt temp 300.0 300.0 0.1& && && && &&&#nvt系综下拉伸加载
我看别人的文章做的大多是类似这里nve的结果
QQ截图32.jpg
嗯，我用了这个，但加了个couple none 结果出来是个周期的结果，我试试你这个吧
这是NPT的结果，蓝色的加了fix rescale，可视化显示到了35%还是没断，有点夸张吧
QQ截图12.jpg
其实是应变--体系压力曲线，就是PXX，不过系统体积变化不大也就认为是轴向应力了。IN文件已发，写的很乱，自己调试下吧，以后也请多多交流
我之前做过验证，在体积变化不大的情况下，将pxx视作轴向应力是没问题的，和理论值符合的很好！
如果是用nve系综的话，一般和 temp/rescale 一起使用，通过调节速度，保持体系温度恒定，nve+ temp/rescale 应该等价于nvt的效果，个人理解，不知道对不对，多多交流:hand:
你好，你收到楼主的in文件了吗？我最近也在做拉伸，做了很久了也没成功，可不可以给我发下你的in文件，我的邮箱
这是只针对金属材料吗?是否适用于聚合物？
我也是，我的应力一直在正值和负值之间波动，郁闷，根本出不来正常的曲线。你解决了吗？
我也在做聚合物的单轴拉伸，但是应力值一直波动很大，不知道有什么好的解决方法？
请问，拉伸初始阶段的应力为0这个问题，你解决了没？
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LAMMPS中怎对体系进行单轴压缩
LAMMPS中怎么对体系进行单轴压缩，是以一定的应变率进行压缩的，请教下在lammps中用什么命令实现
你好，我用了fix deform做了压缩，周期性边界条件，单轴z向压缩，可是怎么老是出现这个问题，fix& & 6 all deform&&10 z erate -0.0005 units box
ERROR: Final box dimension due to fix deform is & 0.0 (../fix_deform.cpp:475)。我最大压缩量是20%，timestep是0.001，跑了4000000步，是什么问题呢？求指教
就是壓太大了 錯誤寫得很明顯:Final box dimension due to fix deform is & 0.0
我建議你可以把錯誤的log.lammps檔拿出來讀一讀 自己算算看你給的commands是不是真的如你所想的那樣
fix&&6 all deform&&10 z erate -0.0005 units box &是每10步執行一次工程應變-0.0005 跟timestep沒有關係跟你的總步數有關係
意思就是說每10步壓縮0.0005 總共4000000 所以壓縮了.0005早就超過1 完全不合理!!
官網上的commands寫得很清楚 建議你出問題再讀仔細一點
你好，最后的应变不是这么计算的吗：strain最后是无量纲的，所以要*timestep再乘以run的步数啊，
-0.0005是应变率单位是/ps ，应变不该这么计算？strain rate 0.0005*timestep 0.001 *每10不压缩一次(run )*100%=20%
嗯，我先试试您说的这个方法。如果这样我run400步就可以了。
不过我还是有疑问，发了了连接您，这个是在网上看的单轴压缩例子，例子中是strain rate -0.01 ,run了20000步，timestep 是0.001，是每1步压缩0.01，照您说的，是不是有问题呢https://icme.hpc.msstate.edu/mediawiki/index.php/Uniaxial_Compression#LAMMPS_input_script
先谢谢您耐心的回复哈
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