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关于系统进化树的一些问题，请大家帮忙
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这个帖子发布于6年零221天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
各位大虾，我刚接触分子进化，就想问一下有那种软件能将两个基因（例如：18S,28S)的进化关系用一棵树反应出来？听别人说好像MrBayes可以，但就是不知道用哪个命令？先谢谢了！:):)
不知道邀请谁？试试他们
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首先，仅仅两个基因的关系只能是一条线。要想反映出两个基因的进化关系，必须将这两个基因放在一个进化树中进行考察。那么就必须要收集与这两个基因同源的一系列基因，然后将他们一起构建系统进化树。简单说一下流程：1.收集这两个基因的同源基因，越全面越好。在NCBI或专业物种数据库上blast就好，建议采用蛋白序列2.将多序列进行比对，有软件clusterW，muscle等3.将比对结果进行人工修整--本步非常关键，高质量的进化树分析文章基本都要经过这一步。有软件genedoc可以做。不过如果只是随便做做的话，可以跳过。4.将经过调整的比对结果进行进化树构建，有软件MEGA,phyML,还有你说的MrBayes等。其中MEGA有图形用户界面（GUI），并且最易上手，它可以构建NJ树，一方面比较可信另一方面速度也非常快，几分钟就好。MrBayes是采用马尔科夫蒙特卡洛方法进行建树（mcmc），这个方法效果很好，但是速度非常非常的慢，有些甚至要10天到半个月。
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同意楼上的观点，下面简单介绍一下MrBayes的具体操作步骤，附件是详细的使用方法，希望对LZ有所帮助。首先是序列的比对，然后将比对好的序列转化成.nex格式，并用ModelTest软件确定进化模型，最后运行MrBayes，简单步骤如下：（依次输入命令，完成简单也最常用的分析）：Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributed rate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改，不过一般无须更改。mcmc ngen=10000 samplefreq=10，保证在后面的可能性分布中probability distribution至少取到1000个样品。默认取样频率：every 100th generation。如果分裂频率分支频率split frequencies的标准偏差standard deviation在100,000代generations以后低于0.01，当程序询问：“Continue the analysis? (yes/no)”，回答no；如果高于0.01，yes继续直到该值低于0.01。sump burnin=250（在此为1000个样品，即任何相当于你取样的25％的值），参数总结summarize the parameter，程序会输出一个关于样品（sample）的替代模型参数的总结表，包括mean，mode和95 % credibility interval of each parameter，要保证所有参数PSRF（the potential scale reduction factor）的值接近1.0，如果不接近，分析时间要延长。sumt burnin=250，总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posterior probabilities的树以及一个具有平均枝长mean branch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
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关于丁香园查看: 505|回复: 20
关于abu磁力刹车系统的问题，请各位大师帮忙解答
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我有个abu的水滴轮是磁刹系统，之前给轮子的轴承上油的时候，把轮子的侧盖打开了，结果不小心侧盖的磁刹系统碰到了铁质的桌腿，磁刹系统的磁石吸到了桌腿上。。。。{:soso_e140:}我把侧盖拿开的时候磁石和侧盖分离直接吸在了桌腿上。。。{:soso_e105:}悲催的我这时候我只能把磁石一个一个从桌腿上扣下来再放回侧盖里，但是把第二颗磁石往回放的过程中磁石貌似翻了一个个和之前的磁石吸在了一起，这时候我已经不知道之前磁石哪面朝上了，只好硬着头皮把其它的磁石继续放回去，过程中又有两个磁石互相吸在了一起。。。所以今天发帖咨询下各位大师，有没有人知道abu的磁刹系统的磁石正负极排列有没有什么规律？还是说随便怎么放都行呢？此贴版权最终归属路亚之家 挪威 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心 15:32签到天数: 106 天连续签到: 1 天[LV.6]老钓叟II
一反一正 拿个磁铁试试！此贴版权最终归属路亚之家 越搞越大 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情牛气 09:51签到天数: 2 天连续签到: 0 天[LV.1]初来乍到
磁力豆刹车没有固定规则。自己按照需要的刹车量调节就好。
基本原则：
磁力豆装的越多，刹车越大；
磁力豆正反正极性排列，比同极性相邻排列刹车大；
如果有空位，磁力豆集中装在一起，比分散装刹车大。此贴版权最终归属路亚之家 funder 钓友，未经允许请勿转载！
您的意思是磁力豆——正、负、正、负、这样排列要比——正、正、正、正或者负、负、负、负这样排列的刹车力要大对吗？&
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TA的每日心情开心昨天&07:04签到天数: 1047 天连续签到: 3 天[LV.10]伴钓终生III
路过顶起此贴版权最终归属路亚之家 抚州－侧卫 钓友，未经允许请勿转载！
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一反一正 拿个磁铁试试！
多谢多谢此贴版权最终归属路亚之家 挪威 钓友，未经允许请勿转载！
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磁力豆刹车没有固定规则。自己按照需要的刹车量调节就好。
基本原则：
磁力豆装的越多，刹车越大；
您的意思是磁力豆——正、负、正、负、这样排列要比——正、正、正、正或者负、负、负、负这样排列的刹车力要大对吗？此贴版权最终归属路亚之家 挪威 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情牛气 09:51签到天数: 2 天连续签到: 0 天[LV.1]初来乍到
您的意思是磁力豆——正、负、正、负、这样排列要比——正、正、正、正或者负、负、负、负这样排列的刹车 ...
正确& && && && &&&此贴版权最终归属路亚之家 funder 钓友，未经允许请勿转载！
多谢，多谢&
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多谢，多谢，又涨知识了此贴版权最终归属路亚之家 挪威 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情牛气 20:24签到天数: 630 天连续签到: 5 天[LV.9]伴钓终生II
同极的一面记号笔涂黑……此贴版权最终归属路亚之家 badman_dc 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情愉快 11:46签到天数: 84 天连续签到: 1 天[LV.6]老钓叟II
{:soso_e179:}此贴版权最终归属路亚之家 风云霸主 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情愉快3&天前签到天数: 882 天连续签到: 1 天[LV.10]伴钓终生III
学习了。此贴版权最终归属路亚之家 淡水抽铁板 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心5&小时前签到天数: 711 天连续签到: 12 天[LV.9]伴钓终生II
涨知识了此贴版权最终归属路亚之家 咦羞歌 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心3&小时前签到天数: 1277 天连续签到: 11 天[LV.10]伴钓终生III
谢谢分享，以前还没注意此贴版权最终归属路亚之家 oxford1027 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心 00:00签到天数: 729 天连续签到: 1 天[LV.9]伴钓终生II
badman_dc 发表于 4 小时前
同极的一面记号笔涂黑……...
淫才啊!!!来自: iPhone客户端此贴版权最终归属路亚之家 风语者1982 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心 16:38签到天数: 1252 天连续签到: 1 天[LV.10]伴钓终生III
谢谢楼主分享了.此贴版权最终归属路亚之家 路亚者老胡 钓友，未经允许请勿转载！
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TA的每日心情开心 13:45签到天数: 7 天连续签到: 0 天[LV.3]偶尔看看II
{:soso_e144:}{:soso_e179:}此贴版权最终归属路亚之家 山水钓客 钓友，未经允许请勿转载！
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UID6927833帖子威望10 多玩草99 草
刚开亲传系统那会我拿了个28级小号拜一个朋友做亲传师傅玩，然后解除关系了。现在我账号里的另外2个角色状态都是不可拜亲传师傅也不可收亲传弟子
现在我想拿我大号做亲传弟子也不给....
朋友说得我那28级的小号出师了才行，可是我不想练那小号啊~~要到80级~~好难啊
我删号的话也要等7天，~~有木有什么其他解决方法啊~~？~求解！~
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这应该是个BUG吧。。。解除了关系就能立即拜师的，找下客服吧。。。
大日观世音
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UID3238976帖子威望0 多玩草140 草
不可以，出师吧，选择亲传弟子和师傅要慎重，不要开玩笑
大日观世音
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亻尔 女 未
好吧，我说粗口了
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做了亲传师傅是不能做亲传弟子的，你去主城新手村的敬师堂看看是不是能改为亲传弟子吧
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