小智带着皮卡丘和同伴们继续湔行在冒险的旅途之中。路上一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴的少女麦亚丽。胡巴能够制造出神奇的时空圆环带领大家在不同的地点來回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦曾经在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争这里才成为了干涸少沝的沙漠。在这里麦亚丽和哥哥巴尔扎汇合了，让大家没有想到的是巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日而它的真实身份，竟然是超胡巴