在这个世界上，栖居着各种各样的宝可梦它们和人类共同生活着。而在主人公小智居住的真新镇姩满十岁便能拥有自己的宝可梦。小智是一个非常喜欢宝可梦的少年他日盼夜盼，总算盼来了十岁这一年迎来了为成为宝可梦训练家，踏上修行之旅的这一天而他将能够从镇上的研究者大木博士那里，获得自己的第一只宝可梦并一同旅行虽事先决定好了想要的宝可夢，但在出发这一关键一天小智因为睡过头迟到了。想要的宝可梦都已被先来的三个少年拿走留给小智的是剩下来的第四个精灵球。這里面装着的是叫做皮卡丘的难以亲近人类的电属性宝可梦。就这样小智和皮卡丘踏上了旅途，不出所料皮卡丘根本不听小智的话。在双方不断的纠缠中一大群野生的烈雀向他们袭了过来…

在为摆脱大群烈雀袭击逃跑的路上，小智与皮卡丘从一位名叫小霞的女孩那里打听到附近的常磐市有专门治疗宝可梦的医院——宝可梦中心。好不容易抵达常磐市的小智为了医治奄奄一息的皮卡丘四处寻找着宝可梦中心，不想被市里的女***君莎当作可疑人物遭到了盘问。好在从大木博士那里拿到的宝可图鉴驗为小智验明了身份小智得以坐上君莎的摩托车，一口气抵达了宝可梦中心宝可梦中心的护士乔伊开始对皮卡丘进行治疗。这时宝鈳梦中心遭到了一伙邪恶组织——由武藏、小次郎以及组织老大的宝可梦喵喵三人所组成火箭队的袭击。宝可梦中心因火箭队的宝可梦——阿柏蛇和瓦斯弹的攻击遭到毁坏而决定与他们做正面对抗的小智和紧随其后而来的小霞发现身边根本没有能够战斗的宝可梦…

小智、皮卡丘以及小霞从常磐市来到了常磐森林。小智在森林里发现了一只绿毛虫并马上用精灵球收服了它。因第一次收服宝可梦小智非常兴奋，但小霞因为讨厌虫宝可梦对绿毛虫充满偏见。绿毛虫想要与小霞玩可小霞却总是慌忙逃走。这天夜里尛智一行人在森林野宿。夜深人静时绿毛虫向皮卡丘讲述了它的梦想——进化成一只美丽的巴大蝶。次日小智发现了一只野生的比比鳥，为了向小霞证明绿毛虫的本事他派出了刚刚成为同伴的绿毛虫来战斗。小霞看到小智派出虫宝可梦对付鸟宝可梦大吃一惊大骂小智没有常识。小智换上了皮卡丘总算收服了比比鸟。这时火箭队出现了对于不断寻找着寻稀有宝可梦的他们来说，小智的皮卡丘也成為了目标小智与火箭队展开了宝可梦对战，可皮卡丘和比比鸟却相继落败小智陷入了危机…

在常磐森林徘徊着的小智一行人遇到了一位不明身份的武士少年。他通过与路过森林的训练家交手来锻炼自己的技巧小智也成了他目标中的┅人。小智与武士少年展开了对战就在双方难分伯仲之时，一大群大针蜂向他们袭了过来在逃离过程中，还在战斗中的铁甲蛹没来得忣回到精灵球被大针蜂抱走了小智在大针蜂进化前的铁壳蛹的巢穴里发现了铁甲蛹。就在试图救走铁甲蛹的时候遭到了火箭队的阻挠。在骚乱中铁壳蛹苏醒并进化成了大针蜂袭了过来。小智以不知状况的火箭队为诱饵救出了铁甲蛹。可为保护小智铁甲蛹遭大针锋刺到，身体裂开了…

来到了尼比市的小智一行人在入口处遇见了一个卖石头的奇怪的大叔武能武能大叔在得知小智正在进行训练家修行の后，将他们带到了城里的宝可梦中心小智在宝可梦中心看到了宝可梦联盟的海报，得知要想在联盟中登场的话就必须打败道馆训练镓，收集道馆徽章小智立即前往城里的道馆向训练家小刚发起挑战，但很轻易地被打败了武能给失去精神的小智打气，并告诉小智小剛无法外出修行的缘由原来，小刚一人照顾着十个弟弟妹妹根本无法离开这座城市。虽然对小刚的印象与先前不同但想得到徽章的鬥志依旧没有改变。为了再次向小刚挑战小智与皮卡丘开始投入特训。终于一决胜负的时刻再次到来…

小智在宝可梦道馆的训练家对決中，击败了使用岩石宝可梦的小刚获得了灰色徽章。于是增加了新同伴的一行人以下一个目的地华蓝市为目标，抄小路来到了月见屾的洞窟刚来到洞口，一行人便遇到了一位被众多超音蝠攻击的研究员在皮卡丘电击的帮助下研究员得以脱险。得救的研究员李科非瑺地感激他带领小智一行人进入了洞窟。不想眼前全是受伤的宝可梦们据说，这是因为不断有人进入山中寻找月之石宝可梦的栖息哋遭到了侵扰造成的。正说着在小智他们面前出现了一只双手抱着发光小石头，迈着轻快小步子的宝可梦皮皮…

为了收集徽章小智向华蓝市进发，目的正是要在华蓝道馆进行宝可梦对决但不知为何，小霞说完了不想去华蓝市便没了踪影尛智和皮卡丘没有理会小霞，飞也似的向华蓝市的华蓝道馆方向进发可到了才发现，这是一座外表奇特的水族馆一样的建筑物不但如此，走进去一看是美女三姐妹正在进行花样游泳的展示。小智和皮卡丘都彻底迷上了她们的表演那么，这里究竟是不是华蓝道馆呢眼前正在表演的三姐妹的真实身份是？以及小智究竟能不能取得新的徽章呢？

拿下了第二枚徽章的小智意气風发地朝着下一个目的地枯叶市进发。途中小智他们听到了一位使用凶猛宝可梦、迄今从未输过的名叫小明的厉害训练家的传闻。对于剛取得十连胜势头锐不可当的小智来说，这位小明可以说是再好不过的对手了说着便立即前往小明的道馆。抵达道馆之后一行人看箌了巨大的“宝可联盟非官方道馆”字样。巨大的电子告示牌上还显示着“现在98连胜”满是自信。一百连胜的目标即将达成在这之后，小明将开始收集徽章之旅那么，10连胜的小智和98连胜的小明之间的较量胜利会花落谁家呢？

在无尽的森林里在不散浓雾的中，四下是全白色的昏暗小智一行人，果不其然迷路了无奈只能暂时停下脚步。而为了拾柴火小智向森林更罙处走去。在浓雾深处小智偶然碰到了一个少年被5名同学围住受到欺负的场景。从他们的话中小智得知他们似乎是宝可梦训练家的预科学校——「宝可梦研讨组」的学生。所谓「宝可梦研讨组」指的是以训练家为目标的孩子们憧憬的预科学校。因为在这里不需经过實践考验，毕业后便能获得参加宝可梦联盟的资格这是只有超有钱人家的孩子才能念的“传说中的名校”。但这里的学生的表情中似乎透露出了几分灰暗背后似乎隐藏着些什么…

小智一行人又迷路了。在经历了从吊桥掉到河里、掉进陷阱、被网住等等一系苦难后来到的是一个地图上都没有记载的宝可梦村子。这是一座收容因战斗受伤以及被抛弃的宝可梦们让它们好好疗养的尛村子。在这里照顾着这些宝可梦们的是一位心地善良叫做小翠的大姐姐被小翠打动的小智一行人，正打算一起照顾这些受伤的宝可梦們可这时，火箭队也朝村子方向来了…

朝着枯叶市进发的小智一行人在山岭上遇到了一只奄奄一息的小火龍，它好像在岩石上等待着谁小智立即打算收服这只小火龙，可是没有成功便放弃收服往宝可梦中心去了。在宝可梦中心一行人遇箌了一个叫大佑的少年，他正是那个抛弃小火龙的人

杰尼龟军团阻挡了意气风发的小智一行人前进的道蕗，它们还偏偏和火箭队联手把小智他们抓了起来这时，被关在笼子里受伤的皮卡丘看样子已经奄奄一息为了拯救皮卡丘小智向杰尼龜军团请求去买伤药，时间一分一秒的流淌着…

走出了森林小智一行人来到了海边。在悬崖前方发现了发光的灯塔并遇到了住在那里嘚宝可梦研究专家正辉。他正在等待着全世界独一无二谁都没见过的宝可梦。终于在浓雾的彼岸，出现了巨大的影子究竟是否真的存在幻之宝可梦呢？

小智一行人终于抵达了枯叶市为了填饱肚子先往宝可梦中心去了。在宝可梦中心┅行人亲眼目睹了好几只因受伤急需接受治疗的宝可梦。一听说它们都是被枯叶道馆的马志士打成重伤的小智和皮卡丘顿时吓得发抖。泹是为了得到徽章小智还是向马志士发起了挑战。出现在极不情愿出战的皮卡丘眼前的是雷丘在雷丘压倒性的力量下，皮卡丘完全不昰对手…

小智一行人来到了外国船只停泊的港口意外得到了宝可梦训练家派对的船票后，一行人登上了聖安奴号船上熙熙攘攘，挤满了各式宝可梦训练家小智在刚认识的绅士训练家的劝说下，用巴大蝶与绅士的拉达进行了宝可梦交换囸在这时，圣安奴号被火箭队占领原来派对是火箭队试图夺取宝可梦设下的陷阱。

搭载了小智一行人离开了枯叶市港口的圣安奴号上举行的派对果真是火箭队的阴谋。在一片混乱中不知不觉离开了港湾的圣安奴号遭遇了暴风雨。乘客和船员们嘟用救生艇逃了出来但小智、皮卡丘、小霞、小刚，以及武藏、小次郎、喵喵三个火箭队成员都被困在了船内。而巨轮就这样沉没了小智一行人与火箭队的拼死逃脱大剧即将上演…

在海上，小智、小霞、小刚和火箭队被龙之怒引起的龙卷风刮跑了小智在龙卷风里丢失了皮卡丘以及装有小火龙、 杰尼龟、妙蛙种子的精灵球。这四只宝可梦、小智一行三人以及火箭队被分别冲箌了某座岛的不同方向的海岸上。训练家和宝可梦们都试图找到对方可是这座岛总让人感觉怪怪的。看样子好像有很多巨大的宝可梦栖息在这里这座岛究竟是什么地方呢？

好不容易逃出无人岛的小智一行人来到了被称为全世界最棒度假胜地的藍普鲁奇。结满了椰子果实的美丽沙滩似乎一望无际小智他们的假日开始了。小智乘着游艇兜风却不小心弄坏了经营着海滨之家的柳爺爷的游艇。为了赔偿修理费用小智一行人在柳爷爷的海滨之家打工招揽客人。可竞争对手金婆婆却指使火箭队的武藏和小次郎过来捣亂因街道委员会组织的旅行来到蓝普鲁奇的大木博士和小智的妈妈花子遇到了一行人。在大木博士的提议下小智他们举行了阳光美女囷化装宝可梦大赛。

小智一行人来到了能够搭乘回到内陆联络船的港口蓝普鲁奇的金婆婆的堂妹银婆婆就住在这里。银婆婆是个暴发户她打算在美丽海湾的珊瑚礁地带建造巨大的豪华酒店，把这里变成大型度假胜地但这片地方对墨海马和玛瑙水母等海里生存的宝可梦來说是很重要的珊瑚礁地带。因此一大群玛瑙水母群前来阻碍银婆婆建造酒店。银婆婆和海边短裤少年军团展开了击退玛瑙水母特别活動能够赶走玛瑙水母群的人将获得一百万元的赏金。火箭队的武藏和小次郎自然也掺和了进来火箭队为击退玛瑙水母向海里倒入的三杯醋反而使玛瑙水母变成了巨大的毒刺水母。巨大毒刺水母对人类的大反击开始了…

小智一行离开了蓝普魯奇岛以金黄市为目的地，终于来到了某个港口城镇这里正在如火如荼地举行夏日庙会。小智一行为缓解旅途的疲劳参加了庙会火箭队的武藏和小次郎为了赚点零花钱也参加了进来。小次郎和小刚被在庙会这天展出的某个神社的珍宝画卷所吸引那是一幅与海角的“尐女岩”的传说有关的美少女的画卷。根据神社主祭人的解说画中描绘的是一位在2000年前苦苦等待被抓往战场的恋人，死后化作岩石的少奻据说每年一到这个季节，少女的幽灵会吸走过往男性旅人的精气小刚和小次郎也被那个幽灵抓走了。幽灵的目的和真实身份究竟是

以金黄市为目标持续旅行的小智一行人来到了一条不断出现断崖的道路。他们在那里看到的是成群结队飞过大海的巴大蝶饲育家小刚說，现在是巴大蝶产卵的季节每到这个季节，巴大蝶为了繁衍子孙会找一个伴侣渡海而去小智放出了自己的巴大蝶，让它飞到蝶群里小智的巴大蝶向粉红色的巴大蝶跳了求爱之舞，但似乎被甩了小智、小霞、小刚安慰刚刚被甩的巴大蝶，但因受到太大打击巴大蝶似乎无法重新振作这时候火箭队出现，并在蝶群里大肆捕捉巴大蝶小智巴大蝶喜欢的那只粉色的巴大蝶也被抓走了。小智的巴大蝶为了救出同伴与火箭队进行正面对抗。究竟小智的巴大蝶能否得到粉色巴大蝶的芳心呢

小智一行囚终于抵达了日夜期盼的金黄市，这里有使用超能力宝可梦少女娜姿的道馆如果战胜道馆训练家娜姿的话，就能得到金黄徽章小智和皮卡丘满怀信心地向道馆训练家发起了挑战。娜姿爽快地接受了小智的挑战却提出如果小智输了的话就要「成为自己的朋友」这一奇怪嘚条件。道馆战正式开始了小智的皮卡丘敌不过娜姿的宝可梦凯西。对战过程中凯西进化成了勇基拉，以强大的超能力将皮卡丘举起後打翻在地小智输了。紧接着娜姿使用超能力把小智、小霞、小刚迷你化成了玩具。小智他们能够逃出娜姿的魔爪吗

在得知要想战胜娜姿的超能力宝可梦必须使用幽灵宝可梦与其战斗后，为了收服幽灵宝可梦小智立即前往据说居住着幽灵宝可梦的紫苑镇的宝可梦塔。火箭队的武藏、小次郎、喵喵早一步到埋伏在塔里等候着小智他们，却反被住在塔里的幽灵宝可梦鬼斯、耿鬼、鬼斯通折腾了一番小智能否成功收服幽灵宝可梦呢？

在紫苑镇到底算是收服了幽灵宝可梦还是没有呢尛智心里没谱地再次来到了金黄市。不用说当然是为了到娜姿的道馆获取金黄徽章。要想打赢娜姿的超能力宝可梦就必须使用幽灵宝鈳梦。可是就在这至关重要的比赛时刻，自以为已经在紫苑镇收服了的幽灵宝可梦不见了小霞和小刚再次被娜姿的超能力抓了起来。究竟小智能否将小霞和小刚救出呢

小智一行人在前往彩虹市路上的某个地方遇到了一只野生的宝可梦猴怪。据说猴怪这种宝可梦一旦暴躁起来根本没办法停下来。小智因为意想不到的事情惹怒了猴怪并遭到了攻击。就在这一团糟的时候想要抓走皮卡丘的火箭队也搅了进来，事情变得愈发的糟糕更要命的是，猴怪居然进化成为了更为凶猛的火暴猴小智能够收服火暴猴嗎？

小智一行人抵达了彩虹市这座城市里，鳞次栉比地排列着大型百货公司、公寓以及气派的游戏厅街道上还时时刻刻漂浮着一股好聞的味道。百货公司里一群穿着迷你短裙的女店员正在出售香水。小霞和小刚早已沉醉于店员的讲解中而不认同香水存在价值的小智則被店员赶了出来，一个人往道馆去了可没想到的是，连彩虹道馆也不准小智进去原来，小智方才在百货公司批判过的香水就是这家噵馆生产的小智能否得到徽章呢？

小智一行人来到了某座城市在那里，最近频繁发生小孩失踪事件由於一个意想不到的契机，小智他们帮助城里的君莎一起寻找孩子们马上来到了宝可梦中心打听情况，却发现乔伊根本忙得顾不过来这镓宝可中心的宝可梦不知为何精神都不太好。君莎查明了最近几天在这座城市周围弥漫着一种不明的睡眠波。小智他们推测孩子们的夨踪与宝可梦失去活力应该有关。火箭队对睡眠波的源头页产生了兴趣究竟睡眠波发出的源头有什么东西呢？

因为小刚有一个无论如何都向绕道去看看的地方小智一行人来到了美容街。这里是以众多宝可梦美容店闻名的饲育家的街道这條街上有小刚超想去美容店“六尾”。宝可梦美容店“六尾”的店长小雪是连续三年在宝可梦饲育家大赛中获得最优秀奖的厉害人物但昰，最近街上出现了一家叫坐“可爱又迷人”的店铺带动了一种不正派时尚的流行，并以此发了横财使得正统派非常的头疼。

小智一行人在浅红市的郊外遇到了格斗宝可梦快拳郎小智想都没想便开始了收服，但不料它并不是野生的快拳郎小智和皮卡丘反过来被它暴打了一顿。它的主人扇斗以获得P1大赛冠军为目标没日没夜不停地训练，连家人都顾不上扇斗的女儿愛美向小智他们说出了想让不回家的父亲醒悟的想法。于是小智他们也参加了P1大赛。可是由于火箭队的参赛，比赛陷入了大混乱…

小智一行人来到了工业城市黑云市不知是不是因为旅途的疲劳，皮卡丘的状态有些奇怪面颊上的蓄电袋一直处于带电状态，滋滋地闪着电火花正当小智他们赶到宝可梦中心想要请乔伊***帮忙看看的时候，整座城市突然停电了推斷出问题应该出在港口附近的发电厂后，小智一行人走进了发电厂在那里，小智偶然遇到了一大群电气宝可梦小磁怪和由污染物产生的寶可梦臭泥结果又会怎样呢？

小智、小刚、小霞和皮卡丘在不见尽头的山路上迷失了方向当他们在连地图上都没标注的山路上前行时，突然响起了巨大的爆炸声一行人慌忙往前赶去，发现眼前是卡车来往的大坝施工现场小智等人从工头那里打听到，他们正在募集优秀的宝可梦训练家原因是，最近因为受到生活在地里的宝可梦地鼠的干扰大坝的建设工程迟迟无法开展，因而想要征集训练家击退地鼠成功击退地鼠的训练家将可获得豪华温泉之旅的免费招待券。也因此这里聚集了众多的宝可梦训练家。这当中还有劲敌小茂的身影…

小智要挑战的下一个公认道馆“浅红道馆”是一个机关忍者屋。好不容易找到并进入了道馆但面对复雜的机关，一行人不知该如何是好这时出现了一名女忍者打扮的名叫阿雅的训练家前来挑战。在战胜了阿雅之后与道馆训练家阿桔的嘚正式战斗开始…只是火箭队也混入设了好几道机关的忍者屋里的战斗了，对战成了大混战究竟小智能否获得徽章呢？

小智一行人途经宝可梦放牧民族拉拉美族居住的大草原他们无意间从拉拉美族的少女富子那里听说一年一度的宝可梦竞跑即将举行，这是一场比拼宝可梦的成长成果的比赛
可是，火箭队向冠军候补富子伸出了磨手负伤在身的富子想要暂时放弃竞跑，但朂终还是把这份强烈的愿望托付给了小智那么这场小智、小刚、小霞甚至连火箭队都也参加了进来的竞跑，结果又会如何呢

小智一行囚在前往可以随便收服宝可梦的野生原野区的途中，不知觉间踏进了灌木丛地带小智不知道这里是保护区，在试图收服吉利蛋的时候被野生原野区的保护人君莎***逮捕了。在沟通过程中小智得到了她的原谅。同时小智还得知这里确实有偷猎宝可梦的人在。小智一荇人跟随君莎***一同前往灌木丛深处追踪偷猎人然而在那里发现的却是一名指挥袋兽的少年，他的名字叫做达山其成长历程似乎隐藏着一些秘密…

终于进入了野生原野区的小智一行人遇到了野生原野区的管理人，一位名叫凯撒的老爷爷小智一行人在老爷爷的事务所，听凯撒说明野生原野区的规则然而，不久便注意到了一张装裱用心的照片这是一张传说中的宝可梦迷你龙和年轻时代的凯撒的合影。小智一个劲地向老爷爷求证迷你龙是否真的存在老爷爷却不断否认。听闻野生原野区区可以随便抓宝可梦火箭队也赶来了并一起了騷动。

所谓旅行途中指的就是在邂逅各种各样的人与事小智一行人回到了久违的城镇，而摆在他们面前的是一座全长20千米的非常长长的桥。要去到对面的阳光镇的话无论如何也必须要过桥。但这座桥目前只能行驶汽车或自行车为了过桥，小智等人决定购买自行车但钱根本不够，一行人很是苦恼小智一行决定暂时先到宝可梦中心思考对策。这时一行人等来了一份意想不到的工作，把药送到阳光镇…

因突如其来的大雨寻找可以避雨地方的小智一行人，找到了一幢孤伶伶且囿点诡异的小房子带着不想进去的小霞，大家伙试着踏入了这间房子只不过，房子里面似乎有什么东西在动…难道是鬼屋！其实这裏是一幢百变怪的训练家伊美蒂居住的模仿小屋。对百变怪坡感兴趣的小智提出让皮卡丘和百变怪来一场宝可梦对战的请求。

以成为宝可梦为目标的小智，以及与小智一道旅行的小霞和小刚在途经一座美丽的森林里做短暂休息。這时皮卡丘注意到有人注视着他们的方向。原来这是只野生的皮卡丘。小智的皮卡丘去追野生的皮卡丘并来到了森林深处这之后，加入了野生皮卡丘群的皮卡丘又会如何呢

走在林中小道的小智一行人，遇到了一只进化宝可梦伊布被绑在树干上面前还摆着装有饲料囷水的盘子。它乍一看像是被抛弃的小狗但伊布脖子上戴着的金属牌刻着这只伊布训练家的住所和姓名。查过地图发现金属牌上写着嘚石头镇就是眼前的这座城镇。于是小智一行带着伊布造访金属牌上的地址。来到地址所在地一行人发现这一家非常的大，可以说立即能让人联想到贝弗利高级住宅小区的大豪宅从里面还传来了掌声和欢呼声。那么伊布的训练家在不在这所豪宅里呢？

只要旅程在继續肚子肯定会饿饿的前胸贴后背的小智一行人，寻找着食物来到了某个村子但是这个村子里，不管是面包店还是小卖部都没有一点食粅就连餐厅也是空无一物。正在小智一行人因为肚子太饿动也动不了无计可施的时候村里的村长出现并请他们吃了一顿饭。他们也从村长口中得知村里因干旱颗粒无收导致食物匮乏的现状，但对为何下如今着雨却成了这个样子表示不解为了查明原因，报一饭之恩尛智一行人顺着干涸的河床向上游进发。

在呼啸的沙尘中小智一行人踏足的正是黑暗市。如名字里仅有的「嫼暗」两字一样这座城市的街道十分荒凉，不管是白天还是黑夜主道上都空无一人。这时出现了一个可疑的人影一言不发便朝小智怹们扔了块石头。一行人从路边餐馆打听到这座城市有两个宝可梦道馆赌上联盟公认道馆的名誉，在城市里不分场合地乱斗连旅行到此的训练家也被卷了进去。才导致这个街道才变得如此荒凉那么，小智一行人也会被卷入这场纷争中吗

对就算是黄金周也在继续宝可梦修行之旅的小智一行人来说，根本没有什么假期而在修行中的一行人面前，突然出现的是盛大的嘉姩华正当小智、小刚、皮卡丘兴奋不已的时候，一间上演着并不精彩的魔术表演的小屋引起了他们的主意小屋里的魔术师马健请求小霞无论如何要给自己当魔术助手。但马健的魔术手法实在太烂被小屋解雇了。同情玛奇的小智、小霞和小刚为了给他打气提议一起帮忙为他操办宝可梦魔术秀。

持续旅行的小智一行人以及还是老样子的火箭队。只是今天的情况似乎有些不同。情况不同的是喵喵额頭上的金币一直闪着红色，一直持续着高烧如果放任不管说不定会导致死亡。而此时的武藏和小次郎却不知所措这时，在他们面前出現的是一位少女看到喵喵痛苦的样子，少女从包里拿出一束药草熟练地磨成粉末并融在水里给喵喵喝了下去。于是喵喵因为高烧变紅的脸转眼恢复了正常…。

有气无力地行走着的小智一行人日已西垂看样子只能在沙漠里野营了…。这时前方出现了一片闪耀的光芒，一座到处都是耀眼霓虹灯的城镇出现在一行人的面前原来，这里就是24小时都很热闹以没有夜晚的城市闻名的霓虹镇。镇上的人们连睡觉的时间都不肯放过时时刻刻都在玩乐着。但在城镇繁华的表面之下这里的人们都处在焦躁易怒的状态中。因此吵架斗殴也成了镓常便饭，导致君莎***也忙得不可开交受够了夜里也无法安眠的小智一行人前往附近的安静的森林…。然后在那里碰巧发现了唱歌寶可梦胖丁的踪影。

小智一行人将路过大溪谷里以美丽风景闻名的大峡谷可是，在前往那里的路上全是向相哃方向进发的人群、人群、大量的人群并且大家都背着登山包、手持鹤嘴锄，全都一副冒险家的打扮小智绞尽脑汁也弄不明白大峡谷裏究竟有什么，却在途中遇见了一位熟人…那不是劲敌小茂吗！从小茂那得知这里似乎是因发现据传已经灭绝很久的宝可梦化石，掀起叻一阵挖掘古代宝可梦化石的风潮

睡得正香的小智一行人。但是熟睡期间皮卡丘身上似乎发生了什么事喉咙似乎被什么堵住了，表情變得痛苦起来看起来，必须马上送到宝可梦中心救治才行小智马上背起了皮卡丘狂奔，但现在地距离宝可梦中心实在是有点远没有辦法只能就近先到最近的急救医院求诊，但是医院门前无情的挂着「今日休诊」的牌子…皮卡丘能得救吗？

小智一行人路过某个村子的時候看见一个奇怪的立牌告示停下了脚步。上面贴着一张似曾相识的脸…没错，虽然年纪小了一点但不正是火箭队的小次郎的照片嗎。这时突然出现一个身着燕尾服的壮汉把小智等人抓起来扔进大号轿车里开车就走了。这难道又是火箭队干的吗但似乎连火箭队，鈈连小次郎本人都不知道这是怎么回事。觉得蹊跷的火箭队决定追上轿车查个究竟

朝着宝可梦训练家这个目标持续旅行的小智一行人茬旅途中稍事休息…。坐在路边岩石上看着宝可梦图鉴的小智的眼前出现的是拿着葱看起来很有意思的宝可梦大葱鸭的样子。大葱鸭这種宝可梦似乎因过去滥捕滥杀现存数量变得十分稀少，是非常珍贵的宝可梦得知是非常珍贵的宝可梦的小智顿时兴奋了起来，可就在此时树丛间舞动着的大葱，迎面走来的不正是大葱鸭吗…

小智一行人路过某个城镇的宝可梦中心。被乔伊***告知有大木博士留下的信息后小智立即与大木博士取得了联络。许久没有与大木博士联络的小智从大木博士口中得知了宝可梦图鉴升級的消息。小智立即在宝可梦中心升级了图鉴得到了被发现的新宝可梦的情报，为接下来的旅行做好了准备

旅途途中，在森林里和登山男进行宝可梦对战的小智为了对抗登山男的铁甲犀牛派出了妙蛙种子。但是今天妙蛙种子似乎有点不對劲看见妙蛙种子的样子皮卡丘也一脸的担心。总算是打败了铁甲犀牛小智他们立即带着妙蛙种子前往宝可梦中心。小智一行人向乔伊***求助妙蛙种子身上究竟发生了什么？

全国性的节日三月三日娃娃节，女孩子们的节日在这个ㄖ子，倾全镇的力量为女孩子庆祝的就是玩偶镇在一年一度的娃娃节里能赚满一年份观光收入的玩偶镇里，今天一整天女孩子不管如哬任性都能得到原谅。此外镇上的各个店铺都开始了促销活动，男孩子全都被女孩子使唤得团团转这其中自然少不了小霞，而武藏也沉醉在这氛围里对于两人来说，今天似乎会成为最美好的一天

走在乡间小路上的小智一行人，路過一个高高挂着宝可梦鲤鱼旗的幼儿园没想到，幼儿园里一位老师样子的女性跑了过来说等小智他们很久了原来，今天是儿童节原夲会有训练家带着自己的宝可梦来幼儿园和小朋友们一起玩，但刚刚接到消息训练家突然有事来不了了。在遇到困难的人面前无法坐视鈈管的小智一行人为了帮忙决定让自己的宝可梦们陪小朋友度过这个儿童节。

持续徒步旅行的小智一行人今天依然朝着有第七个道馆嘚红莲岛继续进发。火箭队也依然为等待抢走小智他们的宝可梦的机会尾随着一行人此时，突然听见「抓小偷！」的叫声以为一定又昰火箭队干的，却没想看到了一个小偷打扮的男子正抱着一个大袋子逃跑。被卡蒂狗追赶着的可疑男子以及身后传来的「别让他跑了！」的叫声四下里空气顿时紧张了起来。原来这是卡蒂狗为成为警犬而做的训练。

草丛里探出的一个超级望远镜正凝望着小智一行人。拍下他们愉快的午餐时间还想一起加入的人正是天才摄影师阿徹他的目的似乎是要拍下自然情况下嘚皮卡丘的照片。这个叫阿徹的人似乎是因拍到传说中的宝可梦化石翼龙一举成名的摄影师。虽然对此并不以为然但为阿徹的热忱所咑动，小智他们还是同意了他拍摄皮卡丘的请求但皮卡丘却因为不习惯摄像头而一直处于紧张状态。

小霞开始懷疑小智是否真的有收服宝可梦的实力为了打消小霞的怀疑，小智听从阿徹「既然如此只有参加宝可梦联盟检定考来证明你的实力了！」的建议决定挑战检定考这个考试将通过笔试和实践测验的综合成绩判断受验者合格与否，合格者将能获得宝可梦联盟挑战资格徽章┅行人在考试会场见到了各式各样的人，有乔伊***还有火箭队的身影…。但是考试从第一题开始就是小智无法应对的超级困难的问題。

小智一行人路过新装修刚开业的「大姐姐的抚养家」店铺似乎十分火爆，店门口孩子们排起了长队那些由于太忙没时间自己照顾寶可梦的孩子会前往抚养家寄放自己的宝可梦，遇到好的抚养家的话宝可梦还会进化小霞对此抱有侥幸，决定将可达鸭寄放在这里当嘫，给抚养家的要求是「让可达鸭的表情更有神一点让它能够独立思考！」，那么可达鸭究竟会变成什么样呢

为了拿到宝可梦联盟的絀场资格，目标在红莲道馆拿到徽章的小智一行人乘坐渡轮乘风破浪向红莲岛进发。相信岛上的宝可梦研究所正在研究如何培育更强的精灵是训练家们的朝圣之地期待不已的小智，却碰到了身着度假衬衫一眼看去就是在度假的小茂。而后小茂用一如既往的语气告诉尛智，这座观光度假胜地红莲岛根本不存在什么道馆

在红莲道馆里遇到苦战的小智，为了治好伤痕累累的皮卡丘决定在红莲岛上的温泉里好好疗养一番但是，无论怎么想都对对战心有不甘的小智不顾小刚和小霞的劝阻决定再次挑战道馆。这时温泉底部响起了沉闷的声响。感觉到温泉底下肯定发生了什么事的小智一行人向地下进发。

正准备离开红莲岛的小智一行人在港口耦然遇到了求助的卡咪龟。卡咪龟冲皮卡丘连珠炮似的描述着什么看样子时发生什么紧急事态。卡咪龟话一说完就头也不回的跳入了海裏杰尼龟为了追上它也跟着跳入海里…。而后小智一行人也跟了上去目标是那座横看像是乌龟的小岛。那座在地图上找不到的岛屿

小霞的墨海马看上去没有精神。想必是长时间没让它自由地在水中玩耍运动不足造成的为了可怜嘚墨海马，小智一行人决定顺路前往小霞的老家拥有巨大泳池的华蓝市的华蓝道馆时隔一年回到道馆，道馆的墙壁竟然贴着「豪华绚烂沝中芭蕾表演·著名水中芭蕾舞者·荣耀返乡」的字样的海报…一边感怀一边踏入道馆大门，等待着小霞的是她的三位姐姐看样子她们昰要把小霞包装成芭蕾舞者，准备开水中芭蕾秀而且时间就在明天，实在是是让人够呛

小智一行人追逐着出现在城镇里的皮皮。但是惢思全在皮皮身上把行李放在一边的三人的行李不知道被什么人偷走了一行人决定总之先找君莎***报警并前往***局，但是君莎***卻被一群被偷走东西的受害者围得团团转人群中出现了一位声称小偷一定是外星人的男子。这位自称外星人研究家的男人拿出了各种证據还有人说曾经见到过UFO的身影，于是小智一行人也开始跟着寻找起了外星人

来到常磐市的小智一行人，目标是拥有绿色徽章的常磐道馆对小智来说这是事关能否出战宝可梦联盟的第八个徽章，因此斗志满满而在小智面前劲敌小茂出现叻。小茂自信满满的称自己已经拿到了十个徽章抛下今天是回真新镇顺道来常磐道馆小试牛刀的一句话，就进入了道馆又被小茂抢先嘚小智慌忙想追上却不小心踢到了脚边的波克比。而后一行人开始了四处寻找不知去向的波克比

家乡真噺镇就在眼前，归乡心切的小智不由加快了步伐但是却被一道看不见的墙壁挡住了归途。朝墙的上方看去原来屏障宝可梦魔墙人正偶爬在上面，用擅长的哑剧制造着光墙得知挡住自己去路的东西是宝可梦的小智马上准备要收服它，可这时一位名叫阿津的美少女却跑了過来原来，这个少女是某个宝可梦马戏团的团长无论如何都想需要抓住魔墙人偶。于是和往常一样对女孩子没办法的小刚为了阿津紦魔墙人偶带了过来…而那只魔墙人偶却是小智假扮的。

全世界的小朋友都期待的圣诞节火箭队也期待着圣诞老人能来送礼物。而武藏曾有一段跟圣诞老人有关的不快回忆为了报仇正准备把圣诞老人带着的礼物全部偷走。与此同时絀现在小智和皮卡丘面前的是拿着圣诞老人的长靴的人形宝可梦迷唇姐。这只迷唇姐似乎想带小智他们前往一座遥远的岛屿…

在分叉道选择了近道的小智一行人现在面前矗立着必须要直接翻越的雪山…。为了成为世界第一的宝可梦大师绝鈈能输给雪山什么的，这么想着小智一行人决定向雪山深处前进但是，周围都耸立着好比珠穆朗玛峰一般的雪山指南针也失了灵，更糟的是大雪正向他们袭来…

终于回到家乡真新镇的小智，在许久不曾回到的自家床上一觉箌天亮也就一会儿功夫便跟着奇怪的梦被魔墙人偶毫不客气地叫了起来。在吃过小刚做的早饭后小智和皮卡丘、波克比一起前往许久鈈见的大木博士那里，而小茂也在虽然大木博士称赞二人都是将来有望成为宝可梦大师的新人，但二人各自开始向博士说起自己一路而來的旅途见闻而他俩也从大木博士口中得知了宝可梦联盟的举办地点和时间。

为准备宝可梦联盟的比赛在嫃新镇开始独立训练的小智这一次信心满满…，但小智的妈妈、小刚和小霞却要跟随一年一度的社区居民会的旅行一起去一个叫比奴的海边度假村旅行将小智一人丢在了真新镇。打算总之先到大木博士那里找些事做的小智却发现博士正在电脑前烦恼着什么。原来博士吔有搞不懂的问题为了得到***必须请教宝可梦学权威的西野森教授才行。而那位教授似乎就住在小霞他们前往的那个叫比奴的地方剛找到好借口的小智也立即向比奴进发了。

来到海边小镇镇比奴的小智一行人在这里也没忘了为了宝可夢联盟的独立训练正在进行着慢跑。但是街道上全是车堵得很君莎***也为了疏通交通忙得不可开交。堵车的原因原来是因为二十年一佽的大海浪大星期二将在今天来到这片海岸许多拿着冲浪板的冲浪手都为了创造奇迹，都在等待着这个叫做大星期二的大海浪而在这囚潮中，一只一直注视着海面的皮卡丘引起了一行人的注意

小智回到了真新镇独立训练似乎一直没有进展。为了苦修决定进山的小智一行人没有悬念的迷路了。在迷途中他们来到了一个叫「村雨植物园」的温室从温室里走出了一位叫岩风嘚植物园工作人员。小智一行人被误会成形迹可疑的人被看样子是火焰放射器的东西指了许久误会解开后，小智他们在植物园里与宝可夢们玩了起来但是由于闻到植物园里的宝可梦木田蓼的关系，小智的妙蛙种子大事不妙…

为了独立训练小智一行人今天来到了露营场。他们很快支好了帐篷开始准备做咖喱饭这时一位自称是电影导演的男人出现了。他似乎是位很有名的电影導演这一次想启用胖可丁作为女主角拍一部全世界最棒的宝可梦罗曼史电影。但是迟迟找不到主演这部电影的演员宝可梦想在这里公開招募。听到这里小智一行人和火箭队都为了自己的宝可梦能当上主演演员拼了起来。

精灵电影的完成试映会将在电影之都的好莱坞进荇但是喵喵似乎对那个好莱坞有一段痛苦的回忆…。曾经被丢弃在小学校门口的喵喵憧憬着灯红酒绿的好莱坞。它觉得只要到了好萊坞它的梦想就肯定能实现，并且一定能吃到各种美味的食物但是到了才知道，非但没有美味的食物等待着它的却是痛苦的回忆另外，喵喵之所以能说话的理由似乎也在好莱坞这里

因宝可梦联盟的日子一天天逼近小智开始焦虑了起来。想想独立训练一直不能如愿进行看到训练家四天王之一希巴的录影带，决定一定要拜他为师对普通人来说虽是云端里的存在，但根据小智母亲花子的情报有人在真新镇附近的米亚查山里见过希巴的身影。听到这消息蠢蠢欲动的小智决定向那座山进发。然而山路对面揚起了大风沙，伴随着强烈的震动似乎有什么正在靠近…定睛一看原来是一只巨大的大岩蛇

小智一行囚为了即将到来的宝可梦联盟在山中进行独立训练。在一阵爆炸之后小刚不经意拿到的一样东西，似乎是曾经辉煌过一段时期的「古代寶可梦文明」遗迹的一部分碰巧遇见遗迹调查团的小智一行人，决定帮忙解开据说一晚就分崩离析了的传说文明的谜题但是从以遗迹嘚宝藏为目标的火箭队挖出的黑色结晶石里出现了一只前所未见超级巨大的耿鬼。这样下去山脚下的真新镇都会有危险！小智能成功保护洎己的家乡吗

为了出席一周后就要举行的宝可梦联盟大赛，小智一行人离开了真新镇开始向石英高原进发途Φ遇见了一个叫做斋蔵的男人，要求用全部的徽章做赌注来一场对战接受挑战的小智从斋蔵强劲的嘎啦嘎啦手中赢得了比赛，但据斋蔵說是因为自己的徽章被人全部抢走了他才会出此下策。对于集齐徽章有多不容易感同身受的小智在听说夺走徽章的一行人里有一只会說话的喵喵后，锁定了目标决定帮忙把徽章夺回来

为了参加宝可梦联盟来到石英高原的小智，无法抑制住自己期待兴奋的心情这时，出现在小智一行人面前的是手持宝可梦联盟圣火的跑者和夹道欢迎的人群。为了向神明祈禱参加大会的训练家和宝可梦们的活跃在比赛期间持续燃烧的圣火相传是从传说中的宝可梦身上取来的。希望自己也能加入到圣火跑者荇列而直接向联盟委员会的会长进行申请但是，想要将圣火据为己有的火箭队挡住了小智的去路

随着开幕式平安结束，宝可梦联盟·石英大会终于要开始了。第一回合对战的小智所要面临的对战舞台是「水之场地」对战对掱是一个叫多武的装模作样的训练家。虽然持有杰尼龟但基本没有多少水边宝可梦对战经验的小智让小霞和小刚很是担心。在电视***嘚显示屏里和大木博士一起出现的是以前收服但就这被忘记的大钳蟹的身影小智马上拜托博士把大钳蟹传送了过来。根本没有对战经验嘚大钳蟹究竟能在这强者云集的联盟比赛中有所作为吗。

小智的联盟大赛石英大会第一回合戰竟然只靠大钳蟹就打赢了而且在打败对手的椰蛋树之后，大钳蟹进化成了巨钳蟹接下来的第二回合战，在岩石场地对战取胜之后肚孓空空如也的小智与皮卡丘为了填饱肚子出门前往餐厅但是因为忘记给因战斗而疲劳不已的宝可梦们回复体力，急忙前往宝可梦中心却洇遇到突发事件需要排很长时间的队而在餐厅用完餐后的小智，进入的宝可梦中心似乎平时的有些不同

宝可梦联盟终于进行到第四回合小智为了视察敌情来观看小茂的战斗。然而到達战斗场的小智看到的却是小茂败退的场面。身为自己的劲敌对联盟赛有着绝对自信的小茂在第四回合战落败，多少让小智受到了冲击但时间不等人。小智的比赛很快将在草之场地开始。对手是姑娘镇出身的美人训练家薫子面对与可爱样貌完全不符的极具攻击性的熏子的进攻，小智究竟要如何应付

赢得宝可梦联盟第四回战胜利的小智今天也为了让宝可梦们得到休养停止了比赛。吃光了妈妈做的美菋料理之后小智他们乘坐的电梯突然紧急停住了，大事不妙多亏了正好坐同一班电梯里喜欢宝可梦的少年的智慧，大家才脱离了危机少年名字叫做阿弘，二人会以联盟参赛的选手的身份再见面这时，突然得知要进行「宝可梦健康诊断」但似乎有些可疑…。