《幽灵行动：尖峰战士 2》游戲故事将延续前作剧情在玩家扮演的美国精英特潜部队“幽灵”小队解决掉墨西哥内乱之后，恐怖份子仍不死心的继续策划阴谋于是幽灵小队便开始了全新的冒险任务。

　　故事发生在2014年墨西哥叛军在企图以核武器威胁美国的阴谋失败后，分散开来秘密潜入美国本土打算直接在美国南部的德州厄尔巴索市直接策动阴谋，引发暴动玩家在游戏中依旧扮演“幽灵”小队队长Scott Mitchell，接受美国政府的指派而率領小队成员来到厄尔巴索市展开全新的反恐战斗任务。

　　“Cross-Com”战斗系统在本作中有更先进的强化不但游戏中伙伴AI更聪明，而且还有铨新的作战单位、喷射机火力支援以及“医护兵”等全新设定。在画面表现上也使用更强化的3D引擎不但光影表现更突出，在“烟雾灰塵”的表现上也更为真实以呈现瞬息万变的真实气候。当然前作中大好评的网络合作模式也会继续保留并加强能让玩家通过联网合作來打击恐怖份子。